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推荐一个绘制“万水千山图”的在线工具

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发表于 2021.11.29 09:45:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
你们要的“万水千山图”绘制工具终于开发完成啦,这是我主导开发的第一个OmicShare小工具! 开发一个全新的小工具,远比想象的要复杂很多,涉及图标设计、各种参数的调整和细节优化,并且还要准备中英文说明文档和范例教程。感谢我们技术超牛的开发小伙伴,把我提出的各种需求都成功实现了,先给大家看看出图效果。

分组山峦图:


无分组山峦图:


工具链接:
https://www.omicshare.com/tools/

山峦图(Ridgeline plots),本质上是多个核密度曲线图的相互重叠组合,也可以看作是只有半个“小提琴”的横向小提琴图,主要用于展示和比较数据(比如基因的表达量、物种的丰度等)的分布情况。适用于各类常规实验、转录组、代谢组、蛋白组、微生物等丰度数据,可以用箱型图、小提琴图展示的数据都适用于山峦图。下面就一起看看如何使用吧~

无分组山峦图绘制

#1 准备数据

绘制无分组山峦图只需准备1个表格,数据可以为基因在不同样本、细胞亚群的表达量,不同环境下微生物的丰度等。关于表格的整理方法,建议先下载示例文件,然后将示例文件中的数据替换成自己的数据。表格样式如下,注意这里包含表头(不同的样本或细胞亚群),而第1列为不同基因或物种的名称或id。


点击选择文件按钮上传数据文件,绘图类型保持默认,是否有行名选择是,然后点击提交按钮。


#2 参数调整

点击左侧导航栏“我的项目”查看任务进度,任务完成后点击跳转查看按钮查看绘图结果。我个人的习惯上是先点下载按钮,调整图形的宽和高,之后再做进一步调整。调为最舒适的比例后,点击图形预览按钮完成比例调整。


接着,点击绘图窗口右上角的齿轮图标进入设置窗口,在基本设置的文本样式选项下可设置字体样式,我这里保持默认的Arial。


此外,我这里删掉了Y轴标题,将X轴标题自定义为“Expression levels”。


同时,通过坐标轴系选项,我关掉了网格线。如果想修改坐标轴的范围还可以取消轴刻度自适应,手工指定坐标轴范围。由于本案例不包含分组数据,图例其实也可以关掉,我这里暂不作修改。


图形设置选项下,可以调整核密度曲线的光滑程度和“山峰”的高度。我这里将山峦缩放值设为1.8,使部分“山峦”相互遮挡,实现“重峦叠嶂”的效果。同时,适当降低密度曲线的平滑程度。中位线和密度线都可以显示或隐藏,密度线的粗细和长短也可以调整。


Tips:
山峦缩放,用于整体调整山峦的高度,数值默认为1,此时最高的山峦恰好与上方的山峦没有重叠部分;当数值小于1时,不同层的山峦没有重叠部分;当数值大于1时,部分层的山峦出现重叠;建议数值设为0~2之间。

光滑程度,用于调整平滑参数,而平滑参数也被称为“带宽” (bandwidth,也写作bw),可简单理解为直方图的“组距”,带宽越大曲线越平滑。滑块向左滑动可降低密度曲线的光滑程度,同时一定程度上可去掉密度曲线两侧的“尾巴”。

图形颜色选项区域可自定义图形的配色方案,注意,这里的每种颜色都可以更改,包括每种颜色的透明度(默认60%),我们也可以通过修改色号指定任意颜色。


#3 图片保存

调整满意后,在下载选项窗口中点击下载图形按钮将图形保存到本地。OmicShare支持3种格式(SVG、PDF和PNG)图片的保存。


导出后的效果如下,整体来看,不同细胞亚群的基因表达量分布有明显的差异;从中位线的位置来看,范例数据HSC细胞亚群的基因表达水平稍高于其他亚群。


分组山峦图的绘制

绘制分组山峦图需要准备2个表格。第一个表格的格式和整理方法同上,常见为基因的表达量矩阵、物种的丰度矩阵等。


第二个表格为分组文件(上传前需要将绘图类型选为分组山峦图),如下,其中第1列为一级分类标签,对应纵轴分类标签;而第2、3列则为二级分类(分组),与图例相对应。


比较简单的数据准备方法是将绘图类型设为分组山峦图,下载相应的2个示例文件,使用Excel将表格中的数据替换为自己的数据。点击选择文件按钮上传数据文件,是否有行名选择是,然后点击提交按钮。


同样,点击左侧导航栏“我的项目”查看任务进度,任务完成后点击跳转查看按钮查看绘图结果, 同样先点下载按钮设置图形的宽高比例,然后进行图形预览。


接着,点击绘图窗口右上角的齿轮图标进入设置窗口对图形进行个性化调整,比如可以自定义横轴范围、山峦的高度、密度线的长度等,方法同上。


最终的效果如下:


好啦,今天的分享就到这里啦~


本文作者:基迪奥-莫北

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Nice!
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顶!!!!!!!!!!!!!!!!!
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帝王蝶

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