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[转录组] 拿到一份miRNA测序的报告,应该从哪里入手?

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  • TA的每日心情

    2017.11.1 11:08
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    发表于 2016.5.17 09:10:20 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    发表于 2016.5.17 11:19:18 | 显示全部楼层
    同学,你这个问题好大好大,你可以先说说你自己的看法, 我们鼓励大家一起探讨分享,不要拿来主义啊喂~~~
    事在人为~
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  • TA的每日心情
    好棒
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    发表于 2016.5.17 11:43:47 | 显示全部楼层
    我是被标题吸引过来,楼主你奥币那么多,可以悬赏200奥币,我觉得不会没人回答~嘎嘎
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  • TA的每日心情

    2016.9.1 08:09
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    发表于 2016.5.17 12:40:19 | 显示全部楼层
    本帖最后由 Eric_Young 于 2016.5.17 12:42 编辑

    先看懂结题报告吧。   
    比如分析的整个流程是什么,用了哪些分析工具、参数是什么,不懂的概念或参数上网或者看文献了解它们到底是什么,有什么用等等等。。。
    多看文献,多逛论坛~这问题确实不好回答




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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.5.18 00:28:18 | 显示全部楼层
    从你的目的入手。
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.5.19 14:40:50 | 显示全部楼层
    先可以从测序结题报告看,随后再去找差异表达的,找你感兴趣的基因及其对应的miR,随后看kegg,GO 主要在什么通路上,这样你在验证完靶基因之后,就在对应的通路上做文章,如此,一个完整的故事,欧拉,,
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  • TA的每日心情

    2017.11.1 11:08
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     楼主| 发表于 2016.5.19 15:19:17 | 显示全部楼层
    zhaogan364 发表于 2016.5.19 14:40
    先可以从测序结题报告看,随后再去找差异表达的,找你感兴趣的基因及其对应的miR,随后看kegg,GO 主要在什 ...

    谢谢,还有几个问题想请教,问题一:如果找到相关通路及基因,基因对应的mirna很多,有没有好的筛选办法,而且我没有做转录组,只做了mirna,假阳性会不会很高。问题二:找到了基因和mirna,是直接合成mirna的颈环引物,提取相关组织rna后进行qpcr看mirna的表达量的变化,根据mirna变化,就可以说明相对应的基因产生了和通路上相关的功能吗?
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  • TA的每日心情

    2017.5.28 15:56
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    发表于 2016.5.19 15:43:52 | 显示全部楼层
    eason MA 发表于 2016.5.19 15:19
    谢谢,还有几个问题想请教,问题一:如果找到相关通路及基因,基因对应的mirna很多,有没有好的筛选办法 ...

    第一:miR与mRNA 之间本来就是多对一或1对多的,但是 测序结果往往会罗列很多,那个你就要去筛选与之成负相关的,其次运用tagetscan,miranda等软件预测,去重叠部分,这样就会少很多,最后再设计颈环或者加尾法引物,
    第二:光跑个定量只能是验证测序结果,并不能说明什么,而且,定量的结果只是反映表达量的变化,并不一定就是靶基因和mir结合了,这个还得挑出来做结合验证,再确定研究的mir与靶基因结合后,再通过抑制或过表达,观察靶基因的变化,及其下游分子,乃至表观变化,这样才能说明问题,以上就是常规的mir研究思路。你可以多看看文献,祝实验顺利
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  • TA的每日心情

    2017.11.1 11:08
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     楼主| 发表于 2016.5.19 15:48:36 | 显示全部楼层
    zhaogan364 发表于 2016.5.19 15:43
    第一:miR与mRNA 之间本来就是多对一或1对多的,但是 测序结果往往会罗列很多,那个你就要去筛选与之成负 ...

    受教了,谢谢
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  • TA的每日心情

    2016.8.21 23:36
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    发表于 2016.8.16 12:52:47 | 显示全部楼层
    一样在学习中,楼主进展如何?
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  • TA的每日心情
    yes!
    2018.4.11 20:06
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    发表于 2016.9.12 16:19:29 | 显示全部楼层
    才发现大家都好有钱
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  • TA的每日心情

    2017.12.19 13:25
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    发表于 2016.11.1 10:00:54 | 显示全部楼层
    常来看帖学习。。
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  • TA的每日心情

    2016.6.28 19:44
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    发表于 2018.2.12 18:16:15 | 显示全部楼层
    学习了,一头雾水
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    发表于 2018.2.25 18:55:57 | 显示全部楼层
    学习了
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  • TA的每日心情
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    发表于 2018.9.15 16:27:01 | 显示全部楼层
    报告,也没啥用,就能提供材料方法,有什么不懂,可与我交流
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  • TA的每日心情
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    4 天前
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    发表于 2019.11.29 23:38:29 | 显示全部楼层
    学习了到了吗
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    4 天前
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    发表于 2019.12.17 23:20:34 | 显示全部楼层
    常来学习
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    发表于 2019.12.19 15:18:51 | 显示全部楼层
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