钵水母
 
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发表于 2022.10.13 15:03:55
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整理了个简单的代码:网络构建所需系数,正好最近要用到~在文献:Specialized metabolic functions of keystone taxa sustain soil microbiome stability (Xun et al.)里面还有随机森林之类的机械学习
data <- read.table("gene_abundance.txt",header = TRUE,row.names = 1,sep ="\t")
data <- t(data)
library(psych)
occor=corr.test(data,method="spearman",adjust="fdr")
occor.r=occor$r
occor.p=occor$p
occor.r[occor.p>0.01|abs(occor.r)<0.75]=0
write.table(occor.r,"pvalue.csv",sep=",",quote=F,col.names=NA) |
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