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[软件使用] 如何绘制漂亮的通路示意图?

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迅猛龙

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本帖最后由 基迪奥-Jt桃 于 2021.6.11 09:29 编辑

平时,我们做KEGG富集分析得到的Pathway maps往往都非常丑,而且还是非常小且非常模糊的位图,无法直接用到文章中。而我最近在文献中看到的一个代谢通路图,就非常好看,如下。

(Encarnación-Rosado,et al. 2021)

那么,这么好看的通路图如何绘制呢?仔细观察可以发现,图中只是绘制了细胞膜和线粒体,主体部分是箭头和文字,很容易绘制。下面我就借这个案例,分享一下如何用Ai(Adobe illustrator)绘制这类通路示意图

绘制线粒体

先创建画板,宽约20cm,然后绘制草图,大致确定图形元件的大小和位置,只需用简单的图形和线条表示即可。


然后开始绘制线粒体,先绘制3个叠放的椭圆,使用不同亮度的橙黄色使所绘线粒体更具有立体感。


选中上层的椭圆,使用橡皮工具“擦”出线粒体的内膜皱褶,如下。


使用变形工具和钢笔工具箱中的锚点工具调整转角弧度,将变形工具的简化值调大一些,让转角更加圆滑一些,效果如下。


绘制好的线粒体如下:


绘制细胞膜

接下来,分别使用椭圆工具、矩形工具和曲率工具绘制膜蛋白的小亚基,如下,使用直接选择工具(小白工具)和锚点工具可调整矩形边的弯曲程度,使用曲率工具可绘制不规则的图形。


使用渐变工具为图形添加线性渐变,具体的渐变设置方法如下。


选中哑铃状的亚基图形,通过对象菜单中的扩展命令,对图形的填充颜色和描边进行分离。拓展图形后,右键,然后取消编组。


接着选中右侧“亚基”的中间区域(填充色部分),使用网格工具为图形添加高光,如下,点击高光处(交叉点)的锚点可设置高光颜色。


接下来,选中右侧的亚基图形,双击镜像工具再复制一个,注意这里的对称轴选择“垂直”。然后调整图形之间的叠放次序和位置,满意后“Ctrl+G”组合图形。


使用选择工具(小黑工具)选中一个膜蛋白后,按住“Alt”键拖动,可快速复制出一个膜蛋白。选中这个膜蛋白后,点“重新着色图稿”按钮,可快速调整图形的配色,如下。


接着绘制细胞膜。首先,绘制单个磷脂分子,使用直线段工具绘制疏水结构,选中直线后,通过效果/扭曲和变换/波纹效果实现弯曲效果,当然,你也可以使用铅笔工具直接绘制波浪曲线。


在波纹效果窗口,可通过修改参数设置波纹的外形,具体如下,修改完成后,再复制一条曲线出来。


然后选中整个磷脂分子,双击镜像工具进行水平对称复制,具体参数如下。


接着选中两个磷脂分子,“Ctrl+G”编组,按住“Alt”键拖动,可快速复制出一个,然后使用快捷键“Ctrl+D”(重复上一操作)快速复制出更多的磷脂分子,如下。将画好的2个膜蛋白置于磷脂双分子层上,细胞膜就完成了。


添加箭头和文字

使用椭圆工具和直线段工具绘制箭头,使用剪刀工具“剪断”线条,实现圆弧曲线的绘制,如下。


选中线条后,点击“描边”,可设置虚线效果和添加箭头,通过缩放参数,修改箭头的大小。


使用圆角矩形工具,绘制文本标签的文本框,如下。


最后,使用文字工具加上文本标签,点击快速调整栏中的“字符”,如下,可设置字体的样式和大小,还可以设置上下标。


最终的绘制效果如下:


好啦,今天就分享到这里啦,更多Ai相关的课程可以到OmicShare观看视频教程。

视频链接:
https://www.omicshare.com/class/home/index/series?id=79

▼参考文献▼
Encarnación-Rosado, Joel, and Alec C. Kimmelman. "Harnessing metabolic dependencies in pancreatic cancers." Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology (2021): 1-11.


本文作者:基迪奥-莫北

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