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会用鼠标就会画“高大上”的桑基图?

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迅猛龙

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发表于 2021.3.3 09:15:58 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 基迪奥-Jt桃 于 2021.3.3 09:15 编辑

在之前《如何用ggalluvial绘制ceRNA网络图?》一文中,使用基于R语言的ggalluvial重现了文献中的ceRNA桑基图(Sankey plots),如下。

(Cancer Cell International, 2019)

可是,如果想绘制这般“高大上”的桑基图却不会R语言怎么办呢?这里推荐大家试试OmicShare最近上线的桑基图工具。

工具网址:


下面仍以《如何用ggalluvial绘制ceRNA网络图?》一文的范例数据为例,如下图,为大家演示如何绘制这样的桑基图。

数据整理

范例数据中的前3列为ceRNA网络的26个lncRNA,4个miRNAs,6个mRNAs之间的互作关系,第4列的“Freq”一般使用默认的1即可,主要用于设置条带单位宽度,数值越大,条带越宽,当然可将Freq与数据建立映射关系,类似于设置网络图“结点”之间“边”的粗细。


注意,把Excel中整理好的数据文件另存为“制表符分隔的”txt文件,如下, OmicShare和几乎所有的生信工具一样不支持Excel格式。另外,表格中避免出现中文、空格、特殊符号比如()、?、*、[ ]、$ 等。

参数设置

选择文件按钮,在弹出的选择文件窗口点浏览本地文件按钮,选择刚才准备好的表格(制表符分隔的txt文件)。如果数据需要反复使用,可将表格上传到我的数据,直接使用云端数据。需要注意的是,对于OmicShare所有的工具,大家都可以点击示例文件,进入范例数据页面,通过右键/另存为,将数据保存为文本文件,然后可上传示例文件用于作图练习。

配色这里选择“黄-绿-蓝”,由于初次绘制主要为了查看绘图效果,其他参数保持默认即可。


提交任务后,可到我的任务页面可以查看运行状态,大约1min左右刷新任务状态。任务完成后点预览按钮查看绘图结果,如果满意的话可点下载按钮将绘图结果下载到自己的电脑上。


解压后,我们可以看到绘图结果包含两类图片:pdf格式(矢量图)和png格式(位图)。png格式用于预览结果,pdf格式用于图表后期编辑和投稿,如下。而拓展名为“.os”的文本文件为上传的原数据,其余两个文本文件为运行日志文件。


初始的绘制效果如下:


通过初始绘制结果我们发现lncRNA和miRNA的标签比较长,超出了方格。接下来我们重新上传数据,将方格宽度由默认的0.15改为0.2,如下图;将条带的曲率改为0.5;点击色块,添加自定义颜色,我这里添加了6种颜色,然后提交绘图任务。


下图是重新调整参数(方格宽度、条带曲率、自定义颜色)后的绘制效果。


如果将条带的曲率参数设为0,会得到下图这般“刚直”的效果。


后期调整

当然,如果觉得自己设置的配色并不“和谐”,我们还可以使用Ai(Adobe illustrator)打开pdf格式的矢量图,快捷键“Ctrl+A”全选图形后使用重新着色图稿按钮重新调整配色(可调整颜色的数量、色相、明暗、饱和度、组合方式等),如下。


当然,如果觉得lncRNA“列“的方格太“碎”了,我们可以为每个lncRNA的方格添加统一的填充色,如下。更多关于Ai软件使用方法,可以在OmicShare观看免费的视频教程。

教程链接:


最终的调整效果如下:


好啦,今天就分享到这里啦~

参考文献
Long J, Bai Y, Yang X, et al. Construction and comprehensive analysis of a ceRNA network to reveal potential prognostic biomarkers for hepatocellular carcinoma[J]. Cancer cell international, 2019, 19(1): 90.

本文作者:基迪奥-莫北

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