分享一个基因结构分析小工具

基迪奥-Jt桃

Softberry开发了数百个免费的基因分析工具，有很多工具比较受欢迎，比如有些小伙伴可能知道的真核基因预测小工具FGENESH、细菌启动子预测工具BPROM等。通过谷歌学术搜索“fgenesh”发现目前引用量在4300左右，而BPROM的引用量在2200左右。

网站链接：
http://www.softberry.com/berry.phtml

下面主要为大家分享FGENESH（基于HMM）的使用方法，在首页点击Run Programs Online/Gene Finding in Eukaryota，第一个工具即是我们所需的。工具的界面很简单，主要包括一个核酸序列输入框、一个用于上传序列文件的“选择文件”按钮，以及用于提交任务的“search”按钮，如下。

下面，我以具体的DNA序列为例，为大家演示如何使用FGENESH查找、预测基因。为了方便大家练习使用，本文所用到的范例序列文件已上传到OmicShare 论坛上。

下载链接：
https://www.omicshare.com/forum/thread-6947-1-1.html

软件的用法很简单，将fasta格式的DNA序列复制粘贴到序列输入框，或者点击“选择文件”按钮，上传DNA序列文件，然后搜索并选择核酸序列所对应的物种，比如我这里的范例文件是人的序列，方法如下图，然后只需点击“search”按钮提交任务即可。

当然，如果你有特殊需求，也可打开Advanced options，添加更多的限定条件，比如限定查找序列的范围、exon的长度等，一般情况下保持默认即可。

提交任务后，数秒后会得到预测结果，如下图，从结果中我们可以看出从提交的序列（74293bp）共找到3个基因，正链2个，负链1个；找到外显子18个，正链16个，负链2个。

同时，下方也给出了蛋白翻译序列(mRNA)，如下。

点击“Show picture of predicted genes in PDF file”，以PDF格式打开预测结果，点击下载按钮可将pdf报告下载到本地，如下。

最终的预测结果如下，图中的TSS为转录起始位点（transcription start site），CDSf为起始外显子（First -Starting with Start codon），CDSi为中间外显子（internal exon），CDSl为末端外显子（last coding segment），CDSo为唯一外显子（only exon），PolA为末端polyA 尾区。

当然我也尝试提交酿酒酵母的整条Ⅰ号染色体序列，结果如下，共找到85个基因，篇幅所限，我这里只展示4个基因。

好啦，今天就分享到这里啦~

参考文献
Solovyev V, Kosarev P, Seledsov I, Vorobyev D. Automatic annotation of eukaryotic genes, pseudogenes and promoters. Genome Biol. 2006,7, Suppl 1: P. 10.1-10.12.

本文作者：基迪奥-莫北

kiz2011

收藏起来，谢谢大神

jack wang

非常棒！学习！

给祖国添麻烦了

wangyankun

周新运

2012csc

给祖国添麻烦了

2012csc

给祖国添麻烦了

wangyankun

liao

nice，感谢分享

zhangyifan

收藏起来！！

lxy1921

哇，学习学习！

2012csc

wangyankun

收藏了！！！

2012csc