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[软件使用] LDBlockShow 软件发布 LD倒三角图(LD heatmap)

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帝王蝶

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发表于 2020.7.6 10:27:39 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 hewm2008 于 2020.7.6 11:22 编辑

具体见软件的官方网址说明介绍,
https://github.com/BGI-shenzhen/LDBlockShow   当前板本1.25 为稳定公开的板本。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.14.151332v1 的相关文章可以引(预印非正式)


结果示意图  Example Result Show


软件相对之前的 两个软件的Haploview和 R:LDheatmap  都有极好的优秀和优点。
1    输入输出
[td]
Performance
LDBlockShow
Haploview
LDheatmap
Input


Calculation from VCF files directly
×
×
Support subgroup analysis
×
×
Output


Visualize additional statistics or genomic
×
×
annotation simultaneously
×
×
Compressed SVG
×
×
PNG file
×
Block region
×
LD measurement
R2/D'
D'
R2

2  速度更快快了一两百倍。 (之前几天,现在几分钟)
3 内存更小,在上1000个位点时,Haploview可能达到100G以上的内存,现在只须1G左右


4  结果一致。


5更多功能 如showRR  如inGwas  inGff功能等

6使用更简单
   具体见官方里面有中英文使用手册. 也有example例子和测试数据









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中华鲟

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灌水之王


发表于 2020.7.7 16:29:27 | 显示全部楼层
新的一天加油!
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帝王蝶

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发表于 2020.7.7 17:38:40 | 显示全部楼层
狂赞!!!
开心!
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