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[软件使用] LDBlockShow 软件发布 LD倒三角图(LD heatmap /LDBlocks)

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帝王蝶

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发表于 2020.7.6 10:27:39 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 hewm2008 于 2020.9.8 11:19 编辑

具体见软件的官方网址说明介绍,
https://github.com/BGI-shenzhen/LDBlockShow   当前板本1.25 为稳定公开的板本。 已经升级到1.35的了
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.14.151332v1 的相关文章可以引(预印非正式)

文章已经正式被 briefings in bioinformatics  (影响分子8.99)的杂志接收,很快就会正式online了

结果示意图  Example Result Show 如下


软件相对之前的 两个软件的Haploview, R:LDheatmap 和 gpart 都有极好的优秀和优点。
[td]
Performance
LDBlockShow
Haploview
LDheatmap
gpart
Input


Compressed VCF file
×
×
×
Uncompressed VCF file
×
×
Support subgroup analysis
×
×
×
Output


Visualize additional statistics
×
×
×
Visualize genomic annotation
×
×
Compressed SVG
×
×
×
PNG file
×
Block region
×
LD measurement
R2/D'
R2/D'
R2
R2/D'
[/td]

1    输入输出
输入:  支持多种读入格式。VCF, Plink [bed+bim+fam] , [ped+map]和genotype格式。 支持 压缩gz, 支持 子群体.
输出:  默认为矢量图svg。 其中位点多时可以选择png输出(可以自定义分辨率)  pdf输出等 2  速度更快快了一两百倍。 (之前几天,现在几分钟)
3 内存更小,在上1000个位点时,Haploview可能达到100G以上的内存,现在只须1G左右
4  结果一致。并且软件   可以自由选择用D' 还是R^2
5更多功能 如showRR  如inGwas  inGff功能等(结合GWAS和GFF画整合图
6使用更简单     具体见官方里面有中英文使用手册. 也有example例子和测试数据7 locusroom  的功能。

其它优点:

1 软件用了归并同颜色块,可以极大缩 小输出点,即使svg结果文件 相对其它 软件大大减少。
2  支持linux 和macOS系统。同时内置了SVG包,在系统找不到svg包时才去调用系统的。
3  支持 R^2和D' ,多种LD block算法可以选择,也可以自定义blocks区域
4  可以画上万个位点。






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中华鲟

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灌水之王


发表于 2020.7.7 16:29:27 | 显示全部楼层
新的一天加油!
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帝王蝶

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发表于 2020.7.7 17:38:40 | 显示全部楼层
狂赞!!!
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钵水母

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发表于 2020.9.10 14:44:18 | 显示全部楼层
显示错误 chromosome [4]  can't be found in the SNP dataset

我的代码:../software/LDBlockShow/bin/LDBlockShow -InVCF rice_sort.vcf -OutPut file -Region CHROM4:30722341:29722341 -OutPdf



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大小写 Chr4 不是4 也不是chr4 .确保和vcf里面的名字一致  发表于 2020.9.11 15:20
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钵水母

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发表于 2020.9.10 14:45:15 | 显示全部楼层
dddong 发表于 2020.9.10 14:44
显示错误 chromosome [4]  can't be found in the SNP dataset

我的代码:../software/LDBlockShow/bin/LD ...

代码:../software/LDBlockShow/bin/LDBlockShow -InVCF rice_sort.vcf -OutPut file -Region 4:30722341:29722341 -OutPdf
../software/LDBlockShow/bin/LDBlockShow -InVCF rice_sort.vcf -OutPut file -Region chr4:30722341:29722341 -OutPdf
也试过

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大小写 Chr4 不是4 也不是chr4 .确保和vcf里面的名字一致。  发表于 2020.9.11 15:21
打杂
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2020.9.11 15:19:30 | 显示全部楼层
本帖最后由 hewm2008 于 2020.9.11 15:21 编辑
dddong 发表于 2020.9.10 14:45
代码:../software/LDBlockShow/bin/LDBlockShow -InVCF rice_sort.vcf -OutPut file -Region 4:30722341 ...

是Chr4  看了你的输入文件   是大小写问题。  Chr4
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