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[软件使用] 48个实用的生信在线工具

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  • TA的每日心情

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    发表于 2019.9.30 09:43:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
    在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点,轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。之前,在基迪奥生物的微信公众号分享过32个常用的生信在线工具,广受欢迎,这里再补充16个。

    基因结构绘制

    1.Exon-Intron Graphic Maker 工具链接:http://www.wormweb.org/exonintron



    RNA二级结构

    2.Mfold
    工具链接:http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold



    3.RNAfold
    工具链接:http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi



    蛋白互作网络

    4.String
    工具链接:https://string-db.org/



    基因共表达网络

    5.Coexpedia:
    工具链接:http://www.coexpedia.org/



    序列Motif

    6.MEME
    工具链接:http://meme-suite.org/



    7.Weblogo
    工具链接:http://weblogo.threeplusone.com/



    基因信息查找

    8.Genecard
    工具链接:http://www.genecards.org



    序列展示

    9.ESPript:
    工具链接:http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi






    Gene ID转化

    10.BioMart
    工具链接:http://www.ensembl.org/index.html



    11.g:profiler
    工具链接:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert



    12.UniPort Retrieve/ID mapping
    工具链接:https://www.uniprot.org/uploadlists/



    13.bioDBnet
    工具链接:https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/



    韦恩图

    14.Venny2.0
    工具链接:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html



    15.OmicShare 韦恩图工具
    工具链接:http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn



    三元图

    16.Ternary plot maker
    工具链接:https://www.ternaryplot.com/



    基因结构分析

    17.FGENES
    工具链接:http://softberry.com/



    范例结果:


    系统发育分析

    18.iTOL
    工具链接:https://itol.embl.de/



    19.Evolview
    工具链接:http://www.evolgenius.info/evolview/



    启动子预测

    20.Promoter Scan
    工具链接:http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/



    蛋白一级结构预测

    21.PredictProte
    工具链接:https://www.predictprotein.org/home



    22.ProtParam tool
    工具链接:http://web.expasy.org/protparam/



    信号肽预测

    23.SignalP 工具链接:http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/





    跨膜结构域

    24.TMHMM Server v. 2.0
    工具链接:http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/





    亚细胞定位

    25.PSORT 工具链接:https://www.psort.org/



    蛋白三级结构预测

    26.SWISS-MODEL
    工具链接:https://swissmodel.expasy.org/



    27.Phyre2
    工具链接:http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index



    短序列拼接
    28.Cap3 工具链接:http://doua.prabi.fr/software/cap3



    GO富集分析


    29.OmicShare GO富集分析工具
    工具链接:http://www.omicshare.com/tools/home/report/goenrich.html



    KEGG富集分析

    30.OmicShare KEGG富集分析工具
    工具链接:http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html



    趋势分析

    31.OmicShare 趋势分析工具
    工具链接:http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/trend



    蛋白结构域预测

    32.Pfam  
    工具链接:http://pfam.xfam.org/search



    33.SMART
    工具链接:http://smart.embl-heidelberg.de/



    基因组杂合性评估
    34.GenomeScope
    工具链接:http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2



    圈图

    35.CIRCOS
    工具链接:http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/



    36.热图 Omicshare 热图工具
    工具链接:http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/heatmap



    注释工具

    37.Omicshare 注释工具
    工具链接:https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/getsoft/type/annotation



    细胞标记
    38.CellMarker  
    工具链接:http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.jspcircRNA数据库



    circRNA


    39. circBase  
    工具链接:http://www.circbase.org/



    40. CIRCpedia
    工具链接:http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/



    small RNA

    41. deepBase  
    工具链接:http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/



    42. sRNAanno  
    工具链接:www.plantsRNAs.org



    lncRNA


    43. TANRIC  
    工具链接:http://bioinformatics.mdanderson.org/main/TANRIC:Overview



    44. NONCODE
    工具链接:http://www.noncode.org/



    ceRNA

    45. starBase  
    工具链接:http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/



    46. miRSponge  
    工具链接:http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/



    序列翻译

    47. ExPASy Translate tool
    工具链接:https://web.expasy.org/translate/



    48. ORFfinder
    工具链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/



    最后,除个别工具没有详细教程外,以上工具的详细使用教程大都可通过 基迪奥生物 微信公众号菜单栏的“号内搜索”搜索到,嗯,赶快分享到朋友圈吧~
    想要了解更多?基迪奥10X单细胞线下培训课你值得拥有!点击图片查看详情,只有五十个名额,欲报从速哦~

    [url=https://www.omicshare.com/class/home/index/train][/url]




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    发表于 2019.10.2 08:33:40 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情
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    发表于 2019.10.4 15:45:09 | 显示全部楼层
    谢谢分享,好贴
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    发表于 2019.10.4 22:06:09 | 显示全部楼层
    好东西,值得收藏
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    发表于 2019.10.7 10:21:01 | 显示全部楼层
    我要怎么才能收藏呢

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    帖子最后,有收藏的按钮。  发表于 2019.10.7 22:14
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    发表于 2019.10.25 15:42:16 | 显示全部楼层
    楼主辛苦了!
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