查看: 1257|回复: 1

新书偷跑——m6A研究套路与项目设计(一)

[复制链接]
  • TA的每日心情

    2019.9.23 10:01
  • 签到天数: 101 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    392
    奥币
    1108
    积分
    5613
    注册时间
    2018.4.19
    在线时间
    895 小时

    推广达人宣传达人


    发表于 2019.9.19 09:51:52 | 显示全部楼层 |阅读模式
    基迪奥第六本新书《基因表达调控——新组学技术介绍与应用》即将于十月正式上线啦!本次推送为大家送上新书偷跑——关于m6A的系列介绍!文章较长,本次为第一部分内容。

    m6A调控的核心逻辑

    图1 m6A调控文章的框架逻辑

    组学调控文章背后的核心支撑,就是这些组学间的生物调控机制。这些调控机制理论上是一个线性的逻辑。如图1,从A到F就是m6A甲基化的调控通路的过程,从上上游(甲基化修饰酶的上一级基因)开始,直到最终的表型变化。这里说下我们的核心观点:

    (1)大部分文章的核心逻辑都是相似的
    大部分m6A调控的文章,背后的逻辑都符合图1框架。文章本质上是做填空题,将A到F填上自己的发现。拓展到更广的范围,大部分表观研究文章(DNA甲基化、组蛋白修饰)一般也采用图1的框架逻辑。

    (2)但不同文章的叙事逻辑是不同的

    在日常世界里,虽然事情的发展是沿着时间线的,但小说可能按时间线顺序叙事,也可能倒叙。科研论文类似小说,虽然m6A的调控过程应该符合以上A到F的过程。但如果我们看任何一篇文章,几乎都不会按照A到F展开论证过程,而是根据每个作者的科学发现过程来展开论述。

    例如,同一样的一份素材作者可能会有两种的不同的叙事逻辑:
    作者可能是先发现不同的疾病亚型甲基化酶表达有差异(B),然后发现甲基化酶的差异会导致癌细胞侵袭能力提高,导致生存预后变差(F)。然后再一步步去论证甲基化酶影响了哪些基因的m6A修饰(C)和转录(E),导致哪些通路变化才最终导致了病例预后的不同。那么这里的叙事逻辑就是:B→F→C→E。
    作者也可能上来直接用比色法m6A进行修饰水平的检测,发现不同疾病亚型m6A修饰水平不同(C1)。然后检测了甲基化酶的表达量,发现疾病亚型间的甲基化酶METTL3表达不同(B),然后往上游分析,发现是METTL3启动子甲基化差异导致其表达不同(A)。再用METTL3的敲低过表达论证METTL3会导致某些基因转录表达升高(E),导致某些通路变化,导致了细胞侵袭能力增高(F)。然后m6A-seq说明METTL3是通过改变靶基因的m6A修饰升高导致其转录表达升高(C2),进一步通过RIP-qPCR证明m6A变化的信号是通过reader蛋白HuR调控关键基因X的转录表达升高(D)。那么这里的叙事逻辑就是:C1→B→A→E→F→C2→D。
    从我举的这两个假设案例,可以看出对于m6A的研究论文:
    (a)逻辑可能会跳跃或者倒叙
    跳跃:使用类似从B→F 或B→D这种跳过中间机制的论述,留下逻辑链的空白点,然后在论文后面的章节里逐渐将逻辑链补充完整。
    倒叙:可能上来就把最终效应F(比如临床上的非常重大现象)给讲出来了,吊足你的胃口,然后再把上游的机制一点点挖开。
    (b) 反复穿插
    同样是m6A的检测,可能先用比色法初步定量(C1),发现线索后再上m6A-seq精确解析(C2),再用m6A-qPCR把关键基因的m6A修饰变化验证一遍(C3)。
    (c)不是每一篇那文章都会讲出完整的逻辑
    对于完整的逻辑链A→F,不是每一篇文章都会把每个层次开展研究。大部分文章只会对其中的某些部分开展解析。这也与文章的研究深度有关,我们在后文会继续讨论。

    今天的分享内容就到这里啦!本文后续内容将在后来的推送中放出,还请大家关注公众号推送消息~

    一篇文章不过瘾,想看更多很简单!基迪奥新书现在免费派送5000本!只要您关注了基迪奥微信公众号,并扫码填写您的真实意向,就可以获赠本书。
    填写意向后,将有专人联系您,确认意向后将有人亲自把新书在2019年10-11月送到您的手中!



    长按图片识别二维码填写意向信息


    本帖子中包含更多资源

    您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

    x
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    昨天 17:32
  • 签到天数: 10 天

    连续签到: 3 天

    [LV.3]偶尔看看II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    105
    积分
    101
    注册时间
    2018.10.19
    在线时间
    15 小时

    发表于 2020.1.19 10:18:33 | 显示全部楼层
    本帖最后由 zhuxingda 于 2020.1.19 10:20 编辑

    好书!推荐@!
    回复

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表