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高效获得细胞群体免疫特征的单细胞V(D)J测序来啦!

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    发表于 2019.8.21 09:20:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
    如今的单细胞测序简直太热了,高分文章频出!就在7月,nature就发表了6篇单细胞测序的相关文章。10x genomics的解决方案有,单细胞3'转录组解决方案、单细胞3'表面蛋白解决方案、单细胞CRISPR筛选解决方案、单细胞5'转录组解决方案、单细胞免疫组库解决方案、单细胞ATAC解决方案、单细胞CNV解决方案、以及smart-seq2单细胞转录组解决方案和MALBAC单细胞基因组解决方案。今天我们将跟大家介绍基迪奥的单细胞免疫组库解决方案,做相关研究的老师不容错过哦。

    基迪奥10xGenomics单细胞免疫组库测序(10x Genomics单细胞V(D)J测序),基于微流体平台,特异性提取富集TCR/BCR区域,通过比对、拼接、筛选、注释等对单个细胞进行免疫组库构建,分析得到TCR/BCR多样性序列,从而以高通量、高分辨率获得细胞群体的免疫特征。

    实验建库流程

    图1  10x Genomics单细胞免疫组库实验流程

    构建完成的文库如下图所示,从左到右(5'~3')分别是:Illumina P5接头、P5测序引物(黑色Read1处)、16bp 10x™Barcode、10bp UMI、13bp Template Switch oligo(TSO)序列、插入cDNA片段、P7测序引物(黑色Read2处)、样本Index(i7 index read)、Illumina P7接头。Read 1用来对16bp Barcode 和10bp UMI进行测序,Read 1和Read 2用来对插入片段进行测序。

    图2  10x Genomics单细胞免疫组库文库结构

    分析流程


    图3  10x Genomics单细胞免疫组库分析流程

    部分分析内容

    图4  V-J paired 频率Circos图


    图5  样本间overlapping clonotype丰度比较

    样本和测序要求样本类型:人或鼠单细胞悬液;样本来源:流式分选、磁珠富集、组织解离、新鲜外周血、冻存细胞;细胞活性:活细胞数在90% 以上;细胞大小:小于40μm;数据量:推荐每个细胞测5,000 read pairs。

    应用解析

    案例一  10x V(D)J联合10x scRNA-seq绘制乳腺肿瘤微环境单细胞图谱

    对来自8名从未接受过治疗的原发性乳腺癌患者的乳腺癌组织、及配对的正常血液、乳腺和淋巴结组织的47,016个免疫细胞进行10x 3’单细胞转录组分析,结果鉴定出了8例患者大部分免疫细胞类型,包括单核细胞、巨噬细胞、肥大细胞、T细胞、B细胞、树突状细胞和嗜中性粒细胞,并且免疫细胞组成个体差异性大。
    对另3名乳腺癌患者27,000多个CD3+分选的T细胞进行10x V(D)J和10x 5’转录组测序,联合分析TCR 免疫组库多样性和T细胞类型多样性。结果发现不同T细胞亚群有不同的clonotypes组成,并且每种clonotype只特异出现在少数亚群中,如clonotype20存在于高糖异生的亚群中。


    图6   T细胞clonotypes分型

    对10x单细胞免疫组库测序感兴趣的老师和同学可留言咨询,基迪奥生物有丰富的项目经验,提供专业的解决方案和一对一的个性化分析服务,技术团队会携带仪器上门服务!

    参考文献
    [1]Azizi E, Carr A J, Plitas G, et al. Single-cell map of diverse immune phenotypes in the breast tumor microenvironment[J]. Cell, 2018, 174(5): 1293-1308. e36.


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     楼主| 发表于 2019.8.21 11:49:33 | 显示全部楼层
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