read count 转 FPKM 和cuflinks计算的值不一样

大裤衩 · 发表于 2019.7.16 20:43:59

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请各位高手看下我哪里是不是出错了，先谢过。
read count 文件如下形式
geneid exon_Len sampleA sampleB sampleC
1 124 66 55 34
2 866 65 43 23
3 649 34 76 88
我的perl脚本如下：

[Perl] 纯文本查看 复制代码

use strict;

open A,"$ARGV[0]";

<A>;
my @colsum;
while(<A>){
        chomp;
        my @line=split;
        shift @line;
        shift @line;
        for(0..$#line){
                $colsum[$_]+=$line[$_];
        }
}

open B,"$ARGV[0]";
my $head=<B>;
chomp($head);
print "$head\n";
while(<B>){
        chomp;
        my @line=split;
        my $gene=shift @line;
        my $length=shift @line;
        print "$gene\t";
        for(my $i=0;$i<@line;$i++){
                my $fpkm=$line[$i]*1000000*1000/($colsum[$i]*$length);
                print "$fpkm\t";
        }
        print "\n";
}