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Omicsmart助力5个月同时发表2篇5.8分文章!

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推广达人宣传达人


发表于 2019.4.19 09:26:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
从送样到2篇高分文章一起on line,我们的合作客户仅仅用了5个月的时间!是不是很好奇,如此高效高质量的产出,怎么做到的呢?

这样的速度离不开小伙伴们专业的科研能力、勤奋的科研精神……还离不开集数据挖掘和图形美化于一身的动态交互平台Omicsmart。2篇文章51个样本数据的分析绘图,工作量很大的样子,但是借助Omicsmart就可以轻松高效完成,节省下时间专心解读数据写文章,当然快呀!

由此可见,高效高质量的文章产出离不开专业的知识背景和好用的工具。来微生物培训班既可以学习数据挖掘技巧,还可以免费使用Omicsmart分析挖掘自己的数据哦!

2篇高分文章的10幅图形均为Omicsmart输出结果。一起来细细品读青贮发酵主题的两篇文章。





期刊 :Bioresource Technology  IF=5.8
合作单位:华南农业大学

研究背景

青贮发酵是将新鲜青绿饲料切碎后密闭发酵,青贮饲料营养丰富,可长期保存,还有利于动物吸收,减少寄生虫病。辣木叶因其丰富的营养价值等优势而成为高品质的牲畜饲料,紫苜蓿、柱花草也作为优良饲料,但不易进行高品质青贮。研究探讨如何通过简单可行的方法优化发酵微生物群落结构,提升青贮饲料品质。

研究方法



研究结果

1发酵品质分析

各类型乳酸菌的添加都显著降低了青贮饲料的pH和氨氮含量。贮藏于15℃的青贮饲料中,干重损失、乙酸和氨氮含量均显著低于30℃。而辣木叶添加的紫苜蓿或者柱花草青贮发酵中,干重损失、丁酸、氨氮含量、显著降低。研究成果暗示实验室接种乳酸菌、较低的环境温度、辣木叶添加可以有效提高青贮饲料的品质。
为进一步探究乳酸菌添加、温度、发酵原料配比影响发酵品质的驱动机制,研究进行了发酵微生物群落的差异分析。

2Omicsmart OTU/alpha多样性分析

首先,比较乳酸菌和温度对微生物OTU水平的影响。组间维恩图(图1)表明高温条件特有的OTU更多,暗示低温抑制微生物生长,降低了多样性;乳酸菌添加后Chao等alpha多样性指数降低,暗示优势属乳酸菌降低了pH,可能抑制了原料中不需要的微生物。PCA中不同温度、乳酸菌添加、空白组分散为不同的cluster,微生物群落差异与发酵品质差异对应。


图1 乳酸菌和温度(方案1)处理的OTU韦恩图和PCA图

3Omicsmart 物种分析

进一步分析两种处理下具体的物种特征。如图2,方案1辣木叶所有样品,乳酸菌属丰度普遍较高,揭示乳酸菌高丰度与辣木叶青贮发酵高品质的关联,暗示乳酸菌和辣木叶优化青贮发酵的潜能。低温条件,乳酸菌丰度增长,而高温条件相反,暗示高温减弱了乳酸菌的有益影响。假单胞菌属和微小杆菌属由于产生不利动物健康的生物胺而不受欢迎,二者在高温条件丰度较高。


图2 方案1物种堆叠图和lefse分析   如图3,方案2的紫苜蓿单独发酵后有较高比例的肠杆菌,柱花草单独发酵有较高比例的肠杆菌和梭状芽胞杆菌,二者由于竞争营养、致病等特点在发酵中不受欢迎,而随着辣木叶添加比例增大,二者丰度显著降低,乳酸菌丰度大幅增加。推测由于混合发酵中乳酸菌等其他厌氧微生物生长,影响pH、温度,进而抑制了肠杆菌。

图3 方案2(辣木叶添加)物种堆叠图、lefse和聚类热图

4Omicsmart 功能分析

那么物种变化是如何影响发酵品质的呢,我们可以进行Tax4Fun功能预测,初步了解不同菌群的功能特征与品质的联系。如图4,通过Omicsmart动态便捷的筛选调整,展示了方案1和方案2精氨酸等相关代谢的降低趋势,与氨氮含量降低一致,推测与梭状芽胞杆菌丰度降低相关。此外,氨基酸脱羧反应的降低有利于减少生物胺的积累。


图4 两种方案Tax4Fun功能分析

总结
虽然两篇文章样本多,分组复杂,但由于Omicsmart个性化动态筛选调整的功能,简单操作就能获得丰富满意的结果,直接用于文章发表。合作伙伴尝试不同方法,并在Omicsmart协助下高效探究机制,为提高青贮发酵品质提供科学可靠的参考,研究成果有利于优化农牧业饲料贮存。

由此可见,高效高质量的文章产出离不开专业的知识背景和好用的工具。来微生物培训班学习数据挖掘机巧的同时,还可以免费使用Omicsmart分析挖掘自己的数据哦!下方是培训班的信息,感兴趣的小伙伴们赶紧识别二维码报名吧~

课表


培训时间:2019.05.13- 05.17
培训地点:基迪奥公司(广州大学城青蓝街创智大厦C栋3楼)

扫描下方二维码参加培训班,领取Omicsmart免费使用权!


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参考文献

[1] Wang Y, He L, Xing Y, et al.Bacterial diversity and fermentation quality of Moringa oleifera leaves silageprepared with lactic acid bacteria inoculants and stored at differenttemperatures[J]. Bioresource Technology, 2019.[2] Wang C, He L, Xing Y, et al.Fermentation quality and microbial community of alfalfa and stylo silage mixedwith Moringa oleifera leaves[J]. Bioresource Technology, 2019.

本文作者:基迪奥小鱼儿

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帝王蝶

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发表于 2019.4.22 13:34:55 | 显示全部楼层
很棒。。。。。。。。。。
ggggggggggg国故光谷灌灌灌灌灌灌灌灌灌灌g
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中华鲟

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发表于 2019.4.23 08:22:29 | 显示全部楼层

很棒。。。。。。。。。。
把握好时间来签到
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中华鲟

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灌水之王


发表于 2020.4.20 11:46:36 | 显示全部楼层
学习了
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中华鲟

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灌水之王


发表于 2020.4.20 12:25:53 | 显示全部楼层
新的一天加油!
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