遗传育种第一弹 | 初识QTL

小瑶

去年基迪奥参与发表了一篇全基因选择育种（Genomics Selection，以下简称GS）的方法学讨论文章（没错，我们除了RNA-seq，还会做其他组学服务dā~）。

2015年某一天，帝都，一个微信粉丝问我：“你们公司是不是只会做RNA-seq项目，其他组学的业务都不精通呢？因为你们公司的微信文章似乎从来都是围绕RNA-seq，其他组学很少涉及。”

（这是天大的误会啊！！！！！！我们不止会做RNA-seq，我们也做蛋白啊，也做16s啊，也做遗传育种啊啊啊啊啊！）

真实情况是，RNA-seq实在太好玩了，可以研究到极致。

但同时，我们也不偏科啊。所以，right now，为了证明我们在其他组学也是很拿得出手的，我们开始分享一些其他组学的技术。

在分享这篇GS文章前，我们先给大家分享一下GS技术相关的背景内容。

我们或许都听说过GWAS分析、QTL定位等这样的概念。这些是做什么呢？

其实无非就是预测哪些分子标记是与性状相关的。当然，实际情况是由于一个分子标记附近存在一个与性状相关的基因，所以导致本身没有功能的分子标记与性状间存在相关性。

如上图，由于控制株高的等位基因座Q（q）存在，周围的连锁标记A也和性状相关等位基因Q间存在关联。

如果我们可以准确预测标记的效应，那么反过来，我们就也可以利用标记来预测个体的性状。打个比方（如下表），如果我们能够完全弄清决定人类身高的基因座是哪些（L1-Ln），并准确预测出每个基因座不同等位基因的效应（L1-Ln），那么就可以建立一个线性的预测模型。理论上一个小孩刚刚出生的时候，做个基因鉴定就可以预测将来他的身高了（Genetic value）。

好，到这里，一些内行的老师估计要开始喷了！这什么玩意儿?太小儿科了吧！！

这个理论说起来容易，做起来难。我们来看看，实现这样的工作难点在哪里？

对于建立这样的一个线性模型，其预测的难点在于：

1）如何建立一个有效的预测模型？

即如何最大程度的准确预测每个QTL位点的效应，以便用于预测一个性状表型值

2）不同的模型在什么样的情况下是适用的？

3）当模型从实验室走到大田（或养殖场），到底有多大的应用价值？

怒火凤凰

把你们全基因组选择育种的文章发来看看啊

朱强龙

非常期待 还有后文， 谢谢！

gefei511

后文等待

yuhang

这是要开新课的节奏啊

496071151

开讲了，期待中

chai1986

学习了，

风吹不走

亲，后续呢？

小瑶

风吹不走 发表于 2016.5.10 19:48
亲，后续呢？

在首页搜一下“遗传育种”就有啦

zhouqian2617

睡不着，来学习的

崔俊丽

涨知识了