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[转录组] DEseq与DEseq2有何区别?

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钵水母

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发表于 2018.12.11 14:15:05 | 显示全部楼层 |阅读模式

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各位大神,怎样使用DEseq2进行差异基因筛选?求详细代码!
!!!!!
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迅猛龙

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发表于 2018.12.11 14:59:23 | 显示全部楼层
这俩官网都有详细的代码哦
你可以去bioconductor官网http://www.bioconductor.org/直接搜这俩包:
http://www.bioconductor.org/pack ... /inst/doc/DESeq.pdf
http://www.bioconductor.org/pack ... nst/doc/DESeq2.html

DESeq2是DEseq的升级版,但是2只适用于有生物学重复的试验,而DEseq既可以做有生物学重复也可以做无重复(或部分重复的)试验;2者都基于负二项分布,算法有相似之处;DESeq2相比DESeq对于犯第一类错误卡的并不是那么严格。

所以,这个要看你的试验设计了。如果有重复,用2就行了。
新的一天加油!
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迅猛龙

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发表于 2018.12.11 15:01:00 | 显示全部楼层
platove 发表于 2018.12.11 14:59
这俩官网都有详细的代码哦
你可以去bioconductor官网http://www.bioconductor.org/直接搜这俩包: ...

而且还有个事哈,这种东西你最好在论坛或其它地方自行搜索下,一定会有所收获的。
新的一天加油!
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钵水母

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 楼主| 发表于 2018.12.11 17:55:11 | 显示全部楼层
platove 发表于 2018.12.11 14:59
这俩官网都有详细的代码哦
你可以去bioconductor官网http://www.bioconductor.org/直接搜这俩包: ...

谢谢,真棒!
!!!!!
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钵水母

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发表于 2018.12.14 16:58:44 | 显示全部楼层
真棒!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
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