不同处理样本的CHIP-seq数据，如何进行peak间的差异分析

transposon

    大家好，我打算测一个组蛋白H3K4me3修饰的CHIP-seq，有处理组和对照组。当然，无论处理组和对照组，我们都对应测了一个input样本。我们打算分析得到：在样本受到处理后（处理组）H3K4me3从头修饰或修饰加强的区域。
我现在的疑问是：
   处理组和input比较，会得到一个peak的列表；对照组和input样本比较也会得到一个peak的列表。那么处理组和对照组间，我该如何进行组蛋白修饰程度的比较呢？
请大家推荐一个软件进行分析，和分析策略。

虎式坦克

SCIER是一个设计用于CHIP-seq组蛋白分析的软件。如果你进行样本间差异分析的比较，建议可以考虑试试。
http://bioinformatics.oxfordjournals...ull/25/15/1952

http://home.gwu.edu/~wpeng/Software.htm

是否考虑用这个软件call peak，然后使用BEDtools比较位置的差异。

transposon

虎式坦克 发表于 2015-12-8 17:41
SCIER是一个设计用于CHIP-seq组蛋白分析的软件。如果你进行样本间差异分析的比较，建议可以考虑试试。
http ...

好像不对啊。SICER是个设计来用于识别peaks的软件，和MACS软件类似的。但不适合用于进行差异peak分析。我这里提到的意思是，我有两个CHIP的样本（处理组和对照组）。按照常规的做法，需要先CHIP vs Input 找打peaks位点，然后再进行 两个CHIP样本的比较。
但是有个问题：看起来好像使用peak查找的软件并不能给出一个良好的结果。因为，检测到的peak的数量很大程度上依赖于阈值（cutoffs）。而且，如果两个样本的peak有 overlap，也难以进行直接的比较（一个样本强于或弱于另一个样本）

基迪奥-周煌凯

    一些人也使用Deseq或edgeR来进行差异peak的分析。当然，这些软件最初被用于RNA-seq分析。但也有一些软件使用这个软件进行CHIP-seq的差异分析。例如：
Maze I, Feng J, Wilkinson MB, et al. Cocaine dynamically regulatesheterochromatin and repetitive element unsilencing in nucleus accumbens.
PNAS 2011;108(7):3035, http://www.pnas.org/content/108/7/3035.full

    当然RNA-seq分析的话，需要分析的区间都是已经定义好的了（基因编码区）。但CHIP-seq的差异比较区域却没有预先设定好。建议可以采取的策略有两种：

    （1）采用区间扫描的方法。如果将基因组分为一个个宽度为300bp区间，逐个进行区间差异比较。实际上，类似的软件有“Medips”。这个软件用于Medips数据分析，默认也是进行区间差异扫描（可选择edgeR进行差异分析）

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3892689/

    （2）以上策略1有个问题，这个区间的数量过多。例如人类的基因组是3G，那么300bp的区间就有10M个。那么，多重检验校正后，PDR很难得到显著的水准（就是存在过校正的问题）。所以建议的策略是事先找到候选的peakregion，然后进行treatment和 control的比较。

所以，我的建议是：

    1）使用Macs进行 CHIP sample和 input的比较，找到treatment和control各自的peak；

    2）将treatment和control的peaks区间合并。如果是overlap的peaks，则合并为一个peak。也就是找两个chipsample peaks区间的并集；

    3）以peaks区间的并集为基础，然后使用Deseq和edgeR进行差异分析。

备注：这个策略对有生物学重复或无生物学重复的数据，都是有效的。

球将军

用MACS直接可以完成peak的扫描，合并，以及差异peak分析，oh my god，难道我错了?

liuhai09

球将军 发表于 2015.12.10 23:52
用MACS直接可以完成peak的扫描，合并，以及差异peak分析，oh my god，难道我错了? ...

你说的没有错，是可以做的

基迪奥-周煌凯

球将军 发表于 2015.12.10 23:52
用MACS直接可以完成peak的扫描，合并，以及差异peak分析，oh my god，难道我错了? ...

MACS只是做peak 扫描和鉴定的。 peak 合并 和差异分析需要其他软件完成。

gabengdou

基迪奥-周煌凯 发表于 2015.12.9 14:10
一些人也使用Deseq或edgeR来进行差异peak的分析。当然，这些软件最初被用于RNA-seq分析。但也有一些软 ...

老师好，请问您最后说的这个使用edgeR的方法是用两个treatment中在各个合并peak区域的reads数，进行差异分析吗？

hmyh1202

基迪奥-周煌凯 发表于 2015.12.9 14:10
一些人也使用Deseq或edgeR来进行差异peak的分析。当然，这些软件最初被用于RNA-seq分析。但也有一些软 ...

无交集可以看做是特有的，也可以进行下游分析
并集的可以计算RPM算Fold判断是否差异

lvl_2001

认真学习了！

zhouyulu

认真学习了

dongjie.deng

MAnorm
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22424423

junjunjun

各位老师好，请问如何判断某一基因的组蛋白修饰水平在两个样品间的高低呢？修饰倍数是用与该基因关联上的差异peak的Fold change表示吗？

南岸微风

学学