查看: 5337|回复: 11

[软件使用] 如何用ImageJ对条带进行定量分析?

  [复制链接]
  • TA的每日心情

    2019.9.23 10:01
  • 签到天数: 101 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    392
    奥币
    1109
    积分
    5614
    注册时间
    2018.4.19
    在线时间
    896 小时

    推广达人宣传达人


    发表于 2018.7.24 09:21:49 | 显示全部楼层 |阅读模式
      ImgaeJ是一款比较常用的科研图片分析软件,在之前已介绍过用它来进行细胞计数、不同颜色通道的荧光照片的融合和不规则区域面积的测定等(参见 拓展阅读 部分)。其实,它被广泛用于胶图条带的定量分析,如下图这篇文章就是用Image J分析western-blot条带灰度值(Band density)进行相对定量。


    (Nature,2010)

    下面就介绍下如何用ImageJ 进行条带的灰度分析。 首先,通过 File\Open 打开要分析的胶图,如下图。



    接下来通过 Image\Type\8-bit(如下图)将图片转为为8位的灰度图,即从黑到白有256(0~255)种灰色的黑白图片。



    接下来,将胶图的灰色背景去掉,方法见下图。



    然后用矩形选框工具框选一个条带或泳道(先选最宽的),然后通过Analyze /gels / select first lane(快捷键ctrl+1)为泳道编号,移动编好的选区复制出新选区,接着通过 Analyze / gels / select second lane(快捷键ctrl+2)为其他泳道编号,方法见下图。



    完成之后,通过analyze/ gels / plot lanes (快捷键 ctrl+3)(如下图)绘制条带的峰图。



    接下来只需用魔棒工具(Wand tool)点击每个峰的中间区域即可逐一完成对峰面积的计算,计算的结果在Result 窗口显示,可通过File 导出为xls文件。最后用目标蛋白的面积值除以内参蛋白的面积值,即可得到相对表达量,进而可绘制柱状图。



    如过把所有条带选中,看作一个水平的泳道也可以分析(如下图),不过计算峰面积时需要用直线工具链接峰的底部形成闭合的峰之后才能用魔棒工具获取峰面积,也并不省时。



    更多ImageJ的的教程参见下文拓展阅读部分,今天的内容就到这里啦~

    拓展阅读


    《如何用ImageJ进行细胞计数?》
    《如何用ImageJ测量图片不规则区域面积?》
    《荧光显微镜照片的merge方法》

    参考文献

    Carvajal-Vergara X, Sevilla A, D’Souza S L,et al. Patient-specific induced pluripotent stem-cell-derived models of LEOPARDsyndrome[J]. Nature, 2010, 465(7299): 808.            

    本帖子中包含更多资源

    您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

    x
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    害羞
    2019.9.24 10:09
  • 签到天数: 33 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    迅猛龙

    Rank: 8Rank: 8

    主题
    161
    奥币
    1940
    积分
    1899
    注册时间
    2015.11.14
    在线时间
    78 小时

    发表于 2018.7.24 10:58:51 | 显示全部楼层
    很不错呀
    我的意中人是一个盖世英雄,有一天他会踩着七彩祥云来娶我……
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    昨天 11:19
  • 签到天数: 1109 天

    连续签到: 3 天

    [LV.10]以坛为家III

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    15
    奥币
    3571
    积分
    904
    注册时间
    2016.7.20
    在线时间
    501 小时

    发表于 2018.7.24 16:04:15 | 显示全部楼层
    还能计算峰面积666
    加油
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2020.5.27 13:25
  • 签到天数: 677 天

    连续签到: 1 天

    [LV.9]以坛为家II

    迅猛龙

    Rank: 8Rank: 8

    主题
    0
    奥币
    2531
    积分
    1132
    注册时间
    2016.1.15
    在线时间
    259 小时

    活跃会员


    发表于 2018.7.24 19:09:37 | 显示全部楼层
    谢谢分享!
    中午好!
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    2020.5.27 08:48
  • 签到天数: 512 天

    连续签到: 1 天

    [LV.9]以坛为家II

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    14
    奥币
    1264
    积分
    721
    注册时间
    2017.3.27
    在线时间
    139 小时

    发表于 2018.7.25 08:58:54 | 显示全部楼层
    魔棒工具获取峰面积那步,如果都是闭合的,那峰有高有低,那低的怎么办?
    早早早,
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    2020.5.27 08:48
  • 签到天数: 512 天

    连续签到: 1 天

    [LV.9]以坛为家II

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    14
    奥币
    1264
    积分
    721
    注册时间
    2017.3.27
    在线时间
    139 小时

    发表于 2018.7.25 09:23:11 | 显示全部楼层
    条带北景深的怎么办
    早早早,
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    2020.5.19 12:19
  • 签到天数: 173 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    199
    奥币
    5139
    积分
    3020
    注册时间
    2017.7.3
    在线时间
    483 小时

    活跃会员荣誉管理


    发表于 2018.7.25 12:31:36 | 显示全部楼层
    星空 发表于 2018.7.25 08:58
    魔棒工具获取峰面积那步,如果都是闭合的,那峰有高有低,那低的怎么办? ...

    同样的操作呀
    新的一天加油!
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    2020.5.19 12:19
  • 签到天数: 173 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    199
    奥币
    5139
    积分
    3020
    注册时间
    2017.7.3
    在线时间
    483 小时

    活跃会员荣誉管理


    发表于 2018.7.25 12:33:47 | 显示全部楼层
    星空 发表于 2018.7.25 09:23
    条带北景深的怎么办

    去背景是因为让峰从0开始,不去背景也可以,不过需要手动封闭峰
    新的一天加油!
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    3 天前
  • 签到天数: 1334 天

    连续签到: 1 天

    [LV.10]以坛为家III

    迅猛龙

    Rank: 8Rank: 8

    主题
    0
    奥币
    13718
    积分
    1071
    注册时间
    2016.5.6
    在线时间
    290 小时

    发表于 2018.7.25 21:03:49 | 显示全部楼层
    g 哦路由器测
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    2020.3.15 22:41
  • 签到天数: 20 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    1
    奥币
    529
    积分
    297
    注册时间
    2017.10.26
    在线时间
    29 小时

    活跃会员


    发表于 2019.7.13 23:24:53 | 显示全部楼层
    收藏了啊啊
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    昨天 08:42
  • 签到天数: 242 天

    连续签到: 50 天

    [LV.8]以坛为家I

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    1
    奥币
    1010
    积分
    475
    注册时间
    2019.10.24
    在线时间
    68 小时

    发表于 2019.11.12 09:14:41 | 显示全部楼层
    周三啦
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2020.6.27 21:01
  • 签到天数: 10 天

    连续签到: 1 天

    [LV.3]偶尔看看II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    4
    奥币
    22
    积分
    80
    注册时间
    2019.1.25
    在线时间
    6 小时

    发表于 2020.5.6 11:59:58 | 显示全部楼层
    赞一个
    回复

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表