请教，简化基因组测序能否应用于功能性标记开发？

逝瞳就是牛羊羊

我们研究的物种目前还没有参考基因组，估计以后也没有，之前看到很多大神们提供的资料，似乎简化基因组测序也可以应用于无参的物种。但很多具体的情况还是不太明白。而且我们的研究是偏应用向的，主要希望搞功能性标记开发，用于育种。
请问，简化基因组测序获得的结果，能否应用于特定功能性标记的开发？没有参考基因组的物种，利用混池可以做吗？实验该如何设计呢？

基迪奥-周煌凯

简化基因组只是个测序手段，主要用于开发标记，以及基因分型，只是个工具。具体的基因定位，还是看你的实验设计了。
注意，开发标记和开发功能标记是完全不同的概念，不能混淆。

如果是开发功能标记，意味:
（1）开发标记
   对作图群体、自然群体进行基因分型（简化基因组可以做到），
（2）标记分析和筛选
通过与性状进行相关性分析（这属于统计分析相关的内容），然后找到与性状相关的连锁标记。
（3）验证
使用更大的群体对连锁标记进行验证。

以上过程，我们可以看到，测序只是整个环节的一部分。那么问题来了，你的实验设计是什么呢？

逝瞳就是牛羊羊

基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.13 18:19
简化基因组只是个测序手段，主要用于开发标记，以及基因分型，只是个工具。具体的基因定位，还是看你的实验 ...

谢谢周老师的解答！

我有一个大致的思路了：
首先，我需要有一个群体，那么这个群体能否是F1代呢？群体的大小有要求吗？对于这个群体，我可以利用简化基因组进行基因分型，以及标记的开发。我感觉，是不是同时也能把遗传图谱构建出来了？（我感觉这一步已经做出来很多东西了）
接着，我对这个群体进行性状调查，通过连锁不平衡分析，关联性状与标记。
最后，我还要用一个更大的群体验证。。。说到这里，我突然感觉，好像没我什么事了。。。两年绝对做不完。。。

所以，我突然想换个思路。。。
而上面这个思路，似乎更合适交给老板。。。

yuzhe891

F1代怎么得来的？很少有用F1代的吧，不是F0就是F2设计啊，F1代一般不用吧？群体大小看实验设计，要是GWAS越多越好，要是连锁分析看家系设计了。
无参物种，利用简化测序建个遗传图谱，妥妥毕业啊。
性状不是随着群体的构建的同时就要采集表行数据么？
功能性标记？找一个够吃十年饭了，这个话题太大了，不要随随便便的讲

yulin

不明觉厉，虽然没看懂多少

基迪奥-周煌凯

yuzhe891 发表于 2016.4.14 08:56
F1代怎么得来的？很少有用F1代的吧，不是F0就是F2设计啊，F1代一般不用吧？群体大小看实验设计，要是GWAS越 ...

F1 应该也是可以的。在林木类、水产类，世代间隔太长的物种，或 亲本杂合率太高的物种，会使用F1代杂交的策略构建遗传图谱。由于此类物种亲本杂合率高，F1 代类似于测交，也可以发生性状分离，所以这种杂交策略被称为拟测交。

基迪奥-周煌凯

逝瞳就是牛羊羊 发表于 2016.4.13 21:53
谢谢周老师的解答！

我有一个大致的思路了：

（1）F1代理论上可以。就看你的物种的信息了？ 是林木，亲本高杂合？ 如果可以，我更推荐F2；
（2）群体大小建议 > 100；
（3）构建图谱，性状初步定位，对硕士毕业足够了。如果是大群体验证，基因精细定位，1个博士都不一定搞得完。

逝瞳就是牛羊羊

yuzhe891 发表于 2016.4.14 08:56
F1代怎么得来的？很少有用F1代的吧，不是F0就是F2设计啊，F1代一般不用吧？群体大小看实验设计，要是GWAS越 ...

谢谢！可是我们有一个硕士生因为没有搞出来功能标记整天被臭骂，差点不给毕业，我等做相似内容的很是怕怕啊~

逝瞳就是牛羊羊

基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.14 16:54
（1）F1代理论上可以。就看你的物种的信息了？ 是林木，亲本高杂合？ 如果可以，我更推荐F2；
（2）群体大 ...

谢谢！和老板讨论去了。。。看看他更想如何做吧~

sailor2016

学习了~

xulei00100

    简化基因组测序一般筛选的是SNP标记，筛选到与目标性状关联的标记后，再次设计引物进行验证，成功验证后，该标记可以应用于分子标记辅助选择育种等。具有一定的实用性。

基迪奥起馨

逝瞳就是牛羊羊 发表于 2016.4.14 18:38
谢谢！可是我们有一个硕士生因为没有搞出来功能标记整天被臭骂，差点不给毕业，我等做相似内容的很是怕怕 ...

师姐~你说的是雷神吗哈哈哈哈

基迪奥起馨

逝瞳就是牛羊羊 发表于 2016.4.13 21:53
谢谢周老师的解答！

我有一个大致的思路了：

其实前段时间培训的时候我就在思考了，我做了三年的实验，就为了一个遗传图谱，其实用一个简化基因组就可以搞定了，而且现在的价钱也挺便宜的，效果精度什么的比我的准确的多，省略了很多跑PCR和跑胶的事情，而且还能获得更多有用的东西，有了表型数据还能QTL定位，快去劝老板做吧~~~哈哈哈哈~~

基迪奥-周煌凯

基迪奥起馨 发表于 2016.8.6 09:31
其实前段时间培训的时候我就在思考了，我做了三年的实验，就为了一个遗传图谱，其实用一个简化基因组就可 ...

是的。老板如果打开思路，就应该让学生做一些更有原创性，更有意义的工作。 在有好的替代技术的背景下，依然电泳跑胶某种程度上是浪费时间。

zuo

风陵渡口

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思路越碰撞越开阔

逝瞳就是牛羊羊

基迪奥起馨 发表于 2016.8.6 09:19
师姐~你说的是雷神吗哈哈哈哈

啊咧，难道不是吗？不过现在轮到小师妹了，好担心她

逝瞳就是牛羊羊

基迪奥-周煌凯 发表于 2016.8.6 17:09
是的。老板如果打开思路，就应该让学生做一些更有原创性，更有意义的工作。 在有好的替代技术的背景下， ...

大大。。。老板严肃的拒绝了我，和我说SNP都是骗人的，一点也不准确。。。

基迪奥-周煌凯

逝瞳就是牛羊羊 发表于 2016.8.12 21:21
大大。。。老板严肃的拒绝了我，和我说SNP都是骗人的，一点也不准确。。。 ...

不能因为开过一辆旧车而抛锚，就认为汽车不如马车靠谱。

基迪奥起馨

逝瞳就是牛羊羊 发表于 2016.8.12 13:21
大大。。。老板严肃的拒绝了我，和我说SNP都是骗人的，一点也不准确。。。 ...

我都想象到了老板说这话的样子了