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[简化基因组] 请教,简化基因组测序能否应用于功能性标记开发?

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帝王蝶

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发表于 2016.4.12 18:39:02 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 逝瞳就是牛羊羊 于 2016.4.12 18:42 编辑

我们研究的物种目前还没有参考基因组,估计以后也没有,之前看到很多大神们提供的资料,似乎简化基因组测序也可以应用于无参的物种。但很多具体的情况还是不太明白。而且我们的研究是偏应用向的,主要希望搞功能性标记开发,用于育种。
请问,简化基因组测序获得的结果,能否应用于特定功能性标记的开发?没有参考基因组的物种,利用混池可以做吗?实验该如何设计呢?


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发表于 2016.4.13 18:19:13 | 显示全部楼层
简化基因组只是个测序手段,主要用于开发标记,以及基因分型,只是个工具。具体的基因定位,还是看你的实验设计了。
注意,开发标记和开发功能标记是完全不同的概念,不能混淆。

如果是开发功能标记,意味:
(1)开发标记
   对作图群体、自然群体进行基因分型(简化基因组可以做到),
(2)标记分析和筛选
通过与性状进行相关性分析(这属于统计分析相关的内容),然后找到与性状相关的连锁标记。
(3)验证
使用更大的群体对连锁标记进行验证。

以上过程,我们可以看到,测序只是整个环节的一部分。那么问题来了,你的实验设计是什么呢?
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2016.4.13 21:53:57 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.13 18:19
简化基因组只是个测序手段,主要用于开发标记,以及基因分型,只是个工具。具体的基因定位,还是看你的实验 ...

谢谢周老师的解答!

我有一个大致的思路了:
首先,我需要有一个群体,那么这个群体能否是F1代呢?群体的大小有要求吗?对于这个群体,我可以利用简化基因组进行基因分型,以及标记的开发。我感觉,是不是同时也能把遗传图谱构建出来了?(我感觉这一步已经做出来很多东西了)
接着,我对这个群体进行性状调查,通过连锁不平衡分析,关联性状与标记。
最后,我还要用一个更大的群体验证。。。说到这里,我突然感觉,好像没我什么事了。。。两年绝对做不完。。。

所以,我突然想换个思路。。。
而上面这个思路,似乎更合适交给老板。。。
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发表于 2016.4.14 08:56:52 | 显示全部楼层
F1代怎么得来的?很少有用F1代的吧,不是F0就是F2设计啊,F1代一般不用吧?群体大小看实验设计,要是GWAS越多越好,要是连锁分析看家系设计了。
无参物种,利用简化测序建个遗传图谱,妥妥毕业啊。
性状不是随着群体的构建的同时就要采集表行数据么?
功能性标记?找一个够吃十年饭了,这个话题太大了,不要随随便便的讲
哈哈
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钵水母

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发表于 2016.4.14 15:28:59 | 显示全部楼层
不明觉厉,虽然没看懂多少
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发表于 2016.4.14 16:52:26 | 显示全部楼层
yuzhe891 发表于 2016.4.14 08:56
F1代怎么得来的?很少有用F1代的吧,不是F0就是F2设计啊,F1代一般不用吧?群体大小看实验设计,要是GWAS越 ...

F1 应该也是可以的。在林木类、水产类,世代间隔太长的物种,或 亲本杂合率太高的物种,会使用F1代杂交的策略构建遗传图谱。由于此类物种亲本杂合率高,F1 代类似于测交,也可以发生性状分离,所以这种杂交策略被称为拟测交。
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发表于 2016.4.14 16:54:29 | 显示全部楼层
逝瞳就是牛羊羊 发表于 2016.4.13 21:53
谢谢周老师的解答!

我有一个大致的思路了:

(1)F1代理论上可以。就看你的物种的信息了? 是林木,亲本高杂合? 如果可以,我更推荐F2;
(2)群体大小建议 > 100;
(3)构建图谱,性状初步定位,对硕士毕业足够了。如果是大群体验证,基因精细定位,1个博士都不一定搞得完。
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2016.4.14 18:38:03 | 显示全部楼层
yuzhe891 发表于 2016.4.14 08:56
F1代怎么得来的?很少有用F1代的吧,不是F0就是F2设计啊,F1代一般不用吧?群体大小看实验设计,要是GWAS越 ...

谢谢!可是我们有一个硕士生因为没有搞出来功能标记整天被臭骂,差点不给毕业,我等做相似内容的很是怕怕啊~
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 楼主| 发表于 2016.4.14 18:53:59 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.14 16:54
(1)F1代理论上可以。就看你的物种的信息了? 是林木,亲本高杂合? 如果可以,我更推荐F2;
(2)群体大 ...

谢谢!和老板讨论去了。。。看看他更想如何做吧~
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钵水母

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发表于 2016.4.24 19:43:11 | 显示全部楼层
学习了~
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发表于 2016.4.28 11:04:59 | 显示全部楼层
    简化基因组测序一般筛选的是SNP标记,筛选到与目标性状关联的标记后,再次设计引物进行验证,成功验证后,该标记可以应用于分子标记辅助选择育种等。具有一定的实用性。
热热热热热热热热
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发表于 2016.8.6 09:19:35 | 显示全部楼层
逝瞳就是牛羊羊 发表于 2016.4.14 18:38
谢谢!可是我们有一个硕士生因为没有搞出来功能标记整天被臭骂,差点不给毕业,我等做相似内容的很是怕怕 ...

师姐~你说的是雷神吗哈哈哈哈
有点心累
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发表于 2016.8.6 09:31:47 | 显示全部楼层
逝瞳就是牛羊羊 发表于 2016.4.13 21:53
谢谢周老师的解答!

我有一个大致的思路了:

其实前段时间培训的时候我就在思考了,我做了三年的实验,就为了一个遗传图谱,其实用一个简化基因组就可以搞定了,而且现在的价钱也挺便宜的,效果精度什么的比我的准确的多,省略了很多跑PCR和跑胶的事情,而且还能获得更多有用的东西,有了表型数据还能QTL定位,快去劝老板做吧~~~哈哈哈哈~~
有点心累
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发表于 2016.8.6 17:09:40 | 显示全部楼层
基迪奥起馨 发表于 2016.8.6 09:31
其实前段时间培训的时候我就在思考了,我做了三年的实验,就为了一个遗传图谱,其实用一个简化基因组就可 ...

是的。老板如果打开思路,就应该让学生做一些更有原创性,更有意义的工作。 在有好的替代技术的背景下,依然电泳跑胶某种程度上是浪费时间。
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发表于 2016.8.7 11:20:33 | 显示全部楼层
加油
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发表于 2016.8.8 08:58:01 | 显示全部楼层
点个赞吧
思路越碰撞越开阔
我说今晚月光那么美,你说不是的
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 楼主| 发表于 2016.8.12 21:18:27 | 显示全部楼层
基迪奥起馨 发表于 2016.8.6 09:19
师姐~你说的是雷神吗哈哈哈哈

啊咧,难道不是吗?不过现在轮到小师妹了,好担心她
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 楼主| 发表于 2016.8.12 21:21:56 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.8.6 17:09
是的。老板如果打开思路,就应该让学生做一些更有原创性,更有意义的工作。 在有好的替代技术的背景下, ...

大大。。。老板严肃的拒绝了我,和我说SNP都是骗人的,一点也不准确。。。
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逝瞳就是牛羊羊 发表于 2016.8.12 21:21
大大。。。老板严肃的拒绝了我,和我说SNP都是骗人的,一点也不准确。。。 ...

不能因为开过一辆旧车而抛锚,就认为汽车不如马车靠谱。
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逝瞳就是牛羊羊 发表于 2016.8.12 13:21
大大。。。老板严肃的拒绝了我,和我说SNP都是骗人的,一点也不准确。。。 ...

我都想象到了老板说这话的样子了
有点心累
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