转录组测序出来两组样品之间的差异基因太少，该怎么处理

峭涯

通过RNA-seq测序，每个样品都设有三次生物学重复，且相关系数都大于0.8，我们选择的标准时FDR阀值为小于0.05，但是差异基因只有几十个。因为我的样品的表型差异是很明显的，请教各位大神都是怎么来处理这样的数据的？有人建议剔除相关系数最小的样品，保留相关系数最高的两个样品（ps：这些相关系数都是大于0.85的）？请问这样做合理吗？

yuzhe891

我觉得，差异基因少不一定是坏事吧，不能因噎废食吧，可以直接先看看其中的基因有没有你想要的啊，说不定就有呢，基因少还好看呢。

基因少了，聚类什么的的确不好做了。但是个人觉得，聚类，也只是为了找个通路讲故事什么的，里面的真相还是说不清道不明的。所以，要是为了发文章的话，为了基因多点，什么破格条件都是可以设置试试的~~

峭涯

yuzhe891 发表于 2016.4.11 19:10
我觉得，差异基因少不一定是坏事吧，不能因噎废食吧，可以直接先看看其中的基因有没有你想要的啊，说不定就 ...

因为两个不同品种差异基因只有几十个，总感觉不正常

基迪奥-周煌凯

峭涯 发表于 2016.4.12 08:50
因为两个不同品种差异基因只有几十个，总感觉不正常

可能还是个体差异比较大导致的，差异基因太少的确不好富集通路。可以考虑适当提高FDR的阈值看看，你想要的基因有没有增加。

峭涯

基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.12 09:11
可能还是个体差异比较大导致的，差异基因太少的确不好富集通路。可以考虑适当提高FDR的阈值看看，你想要 ...

已经将FDR阀值提高到0.05了，周老师会不会是有些基因的FPKM值太高（10000以上），导致差异基因减少了呢

基迪奥-周煌凯

峭涯 发表于 2016.4.13 10:16
已经将FDR阀值提高到0.05了，周老师会不会是有些基因的FPKM值太高（10000以上），导致差异基因减少了呢 ...

阈值可以再提高一些，试试0.1 或 0.2 。高fPKM基因一般不会导致差异基因减少。主要问题还是样本重复性不够好，或实验效应不够强。

gtchina

基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.13 14:39
阈值可以再提高一些，试试0.1 或 0.2 。高fPKM基因一般不会导致差异基因减少。主要问题还是样本重复性不 ...

周老师，提高阈值的话是不是一般只提高FPKM?是不是一般都不管P value？我的表达谱结果也不是很好，正好再考虑这个问题，所以特地请教一下。如果差异基因不多的话，Foldchange一般都怎么设置呢？谢谢！

doctor125

可以不用考虑FDR，只参考p_value值，看看结果如何

liaoting19

基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.13 14:39
阈值可以再提高一些，试试0.1 或 0.2 。高fPKM基因一般不会导致差异基因减少。主要问题还是样本重复性不 ...

周老师周老师，我的差异基因里面自己想要的很少。然后直接不考虑FDR了，FC降为1.5，然后多了那么几个，不知道那样子行不行。

liaoting19

我的也很少，降低了标准为，FC 1.5 p-value 0.05，不考虑FDR，最后挑选出来的进行qPCR验证，不知道可以不可以。

峭涯

liaoting19 发表于 2016.4.26 21:18
我的也很少，降低了标准为，FC 1.5 p-value 0.05，不考虑FDR，最后挑选出来的进行qPCR验证，不知道可以不可 ...

我的数据还在处理当中，个人觉得如果qPCR结果符合的话应该是可以的

liaoting19

峭涯 发表于 2016.4.27 21:34
我的数据还在处理当中，个人觉得如果qPCR结果符合的话应该是可以的

希望大家都有好结果

基迪奥-周煌凯

liaoting19 发表于 2016.4.26 21:17
周老师周老师，我的差异基因里面自己想要的很少。然后直接不考虑FDR了，FC降为1.5，然后多了那么几个，不 ...

关键是你Qpcr可以验证处出来，那么都好说。

chai1986

长知识，

MadOrange

基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.12 09:11
可能还是个体差异比较大导致的，差异基因太少的确不好富集通路。可以考虑适当提高FDR的阈值看看，你想要 ...

是不是一个处理组提高了阈值，其他组也要跟着提高阈值筛选差异基因？

生信萌新

基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.12 09:11
可能还是个体差异比较大导致的，差异基因太少的确不好富集通路。可以考虑适当提高FDR的阈值看看，你想要 ...

老师您好，我想问一下我的无参转录组里几个库的注释结果都一样，但是表达量的变化情况都不一致，应该怎么确定选哪一条呢？核酸序列长短？蛋白大小？我做环境胁迫对一个物种的影响，想知道某些酶表达升高还是降低，被转录组搞懵了，谢谢老师！

yyn1996