帝王蝶
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超级版主
yuzhe891 发表于 2016.4.11 19:10 我觉得,差异基因少不一定是坏事吧,不能因噎废食吧,可以直接先看看其中的基因有没有你想要的啊,说不定就 ...
管理员
峭涯 发表于 2016.4.12 08:50 因为两个不同品种差异基因只有几十个,总感觉不正常
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.12 09:11 可能还是个体差异比较大导致的,差异基因太少的确不好富集通路。可以考虑适当提高FDR的阈值看看,你想要 ...
峭涯 发表于 2016.4.13 10:16 已经将FDR阀值提高到0.05了,周老师会不会是有些基因的FPKM值太高(10000以上),导致差异基因减少了呢 ...
钵水母
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.13 14:39 阈值可以再提高一些,试试0.1 或 0.2 。高fPKM基因一般不会导致差异基因减少。主要问题还是样本重复性不 ...
liaoting19 发表于 2016.4.26 21:18 我的也很少,降低了标准为,FC 1.5 p-value 0.05,不考虑FDR,最后挑选出来的进行qPCR验证,不知道可以不可 ...
峭涯 发表于 2016.4.27 21:34 我的数据还在处理当中,个人觉得如果qPCR结果符合的话应该是可以的
liaoting19 发表于 2016.4.26 21:17 周老师周老师,我的差异基因里面自己想要的很少。然后直接不考虑FDR了,FC降为1.5,然后多了那么几个,不 ...
功夫熊猫
草履虫
迅猛龙
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