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Omicsmart RNA-seq在线报告全新升级!

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    发表于 2018.5.29 09:40:06 | 显示全部楼层 |阅读模式
    基迪奥Omicsmart RNA-seq在线报告,可实现RNA-seq项目数据的动态挖掘,包括差异分析、基因集分析、功能富集分析、趋势分析等。无需生物信息学基础,用户可以自主选择参数,一键生成分析结果,从而实现个性化分析项目数据。自今年4月份上线以来,已经为50多个项目带来便捷个性化分析服务。
    现在,RNA-seq在线报告新升级啦!实现了更丰富的交互式图表分析、加入了全新的高级功能,为用户带来更完美的产品体验,助力数据个性化分析与文章发表!下面就来看看本次的升级内容有哪些:

    升级的分析内容

    1.样本关系分析

    在“样本关系”模块下新增“样本关系分析”功能,在生成新的样本关系单时系统将自动完成样本关系的分析,包括PCA、相关性热图、样本聚类图和重复性散点图,这些结果有助于分析组内重复样本的重复性好坏,以及组间样本的差异。另外,这些图形是动态交互式的,可自主改变图形颜色、字体大小、图标题等,满足各种个性化需求。



    2.基因序列筛选

    基因序列筛选除了可以输出基因的碱基序列,还可以输出基因的CDS序列和蛋白氨基酸序列了,并提供序列下载,更加方便用户查找与下载相应序列。



    3.差异分析

    差异分析部分作为RNA-seq数据最核心的分析内容,这次的升级对差异分析模块的整体架构做了调整,使得结果展示更清晰,操作更便捷。柱状图、盒型图、火山图等各种图形实现了动态交互,可根据需要自主改变图形颜色、字体大小、图标题等,所得图片可以直接用于文章发表!






    差异基因雷达图可以根据需求选择使用前N个P值最小、或Q值最小、或差异倍数最大的基因来画了!更个性化了有没有!想展示什么数据就展示什么数据!




    新增的高级功能

    1.blast分析

    Blast是对两条序列进行相似性局部比对的分析工具,在数据分析和生物信息学研究中具有重要的作用,也是经常会用到的一种分析。因此我们将blast分析加入到RNA-seq在线报告中,方便老师随心所欲地blast~~

    可能你们会问了,omicshare tools里面也有blast工具呀,两者有什么区别呢?呵呵哒,区别在于下面两点:

    1)omicshare tools里的blast工具,需要自己上传subject序列数据库。通常数据库文件都会比较大,超过本地文件上传的限制(5M),需要先将序列文件上传到“我的文件”,然后再从云端文件选择。

    而RNA-seq在线报告中,系统已经上传好项目的序列数据库了,不需要用户自己上传,这就简化了一步,操作起来更简单快捷;

    2)比较实际的一点,omicsharetools里的blast工具需要花费奥币,而RNA-seq在线报告不需要奥币!在基迪奥完成的每个RNA-seq项目,都会自动生成一份在线报告。 下面我们来看一下blast分析功能的页面以及操作步骤。

    Blast分析的页面分为任务提交和结果展示两大部分,如下所示:



    可以选择使用默认参数进行blast,即只需要按要求输入或上传query序列的fasta文件、选择blast程序和数据库;或者可以根据需求设置更多的参数,参数的说明可以点击问号进行查看。

    举个栗子,我们想通过blast同源比对寻找我们的转录组数据中与月季转录因子MYB80同源的基因。将MYB80的fasta格式序列输入框中,选择blastn,数据库选择unigene(也可以选择CDS),然后任务编号自命名一个,方便之后查看。然后点击开始blast,任务就提交了,可在任务列表查看进度。



    Blast分析结果:

    该页面展示了blast分析的总体结果,以及详细序列比对结果。Blast分析结果表是可以根据identity, E value和Score进行筛选的,筛选出来的结果可以生成基因集,序列可以下载,方便后续对筛选结果进行进一步的分析。



    比如我们需要筛选identity>90%且Score值>100的比对结果,填好下面的筛选条件(可点击“+”号增加筛选条件),然后点击筛选就可以了。筛选出两条符合条件的序列,如下图所示。对筛选出来的结果,可以自命名生成基因集、下载相应表格与序列;也可以对筛选前的所有比对结果生成基因集、下载原始表格和所有序列。



    下面就是详细的序列比对结果了。可以具体查看每条序列的具体比对位置情况:



    2.基因组浏览

    对于有参考基因组的项目,可以在“基因组浏览”这个功能模块对基因组上的基因序列进行可视化。内嵌了JBrowse基因组浏览器,可展示mRNA、gene、exon和cds的基因组分布、位置、基因密度、正负链等信息;通过对基因组区域放大或缩小,选择感兴趣的基因来展示。



    点击具体某个基因,可查看该基因的信息,包括长度、位置、ID、碱基序列、exon序列、CDS序列等:



    可选择展示不同的染色体上的基因分布;也可输入具体感兴趣的基因ID,查看该基因的基因组分布:



    那么丰富的个性化分析内容,只要在基迪奥做RNA-seq项目就可以免费拥有了,还犹豫什么,赶紧把你的项目砸过来吧!   

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