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[Bisulfite] 关于全基因组甲基化测序几个小问题求教!

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    发表于 2018.3.20 17:05:53 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    最近想开展全基因组甲基化测序分析,但是有几个小问题一直纠缠不解,查了一些文献却还是不得其解,求教大侠赐教:
    1. 关于mapping rate的问题,一般mapping rate在什么范围就可以进行后续测序分析?如果处理组mapping rate 30%左右,control 在50%左右,这样比较是否有意义?实验还是否有必要进行下去?
    2. 一般现在推荐30* coverage,这个30*是指的有效数据还是就是测序数据30*即可?
    3. 样品混样还是不混:现在一般都是测三个生物学重复,但是每个生物学重复中,是否进行不同个体的混样?还是一个生物学重复就是一个个体?这个问题也是百思不得其解。
    4. 对于一些基因组拼接不太好的情况,对开展wgbs影响大不大?我看有的文献,就mapping了排在前2000长度的scaffold,cover了93%左右的基因组。这种分析方法是为啥呢?有什么好处么?

    困惑太多,菜鸟一个,还请大家不吝指教。谢谢
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  • TA的每日心情
    忙~
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    发表于 2018.3.20 22:17:57 | 显示全部楼层
    表示不懂帮你 @基迪奥-周煌凯 @Wuii   @西瓜 @wanglongxin @fzy

    事在人为~
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  • TA的每日心情
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    发表于 2018.3.21 08:38:25 | 显示全部楼层
    首先,我想确定一下,你测序的样本来源于哪一物种?一般像拟南芥、玉米这些基因组拼接质量好的数据库,一般的mapping rate都可以达到90%以上。对于拼接质量差的物种,mapping rate一般在50%也可以。
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  • TA的每日心情
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     楼主| 发表于 2018.3.21 08:45:52 | 显示全部楼层
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     楼主| 发表于 2018.3.21 08:47:24 | 显示全部楼层
    我试测过3G,mapping rate仅有30%多一点,查同种其他文献发表的mapping rate在50-80%
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    发表于 2018.3.21 08:48:04 | 显示全部楼层
    不知道你分析用的什么软件,有的会默认基因组上unique mapping,将多重复非特异的mapping过滤掉,我师兄玉米甲基组测序和你的mapping rate也差不多
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     楼主| 发表于 2018.3.21 08:53:19 | 显示全部楼层
    谢谢西瓜,具体软件我还真不清楚,我再问问去。
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     楼主| 发表于 2018.3.21 09:05:56 | 显示全部楼层
    其他问题有没有大侠给解惑一下啊
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    发表于 2018.3.21 09:08:26 | 显示全部楼层
    coverage 测序覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。指的是基因组上至少被检测到1次的区域,占整个基因组的比例。当然,有些文章中也会将测序深度称为Coverage,容易给我们带来混淆。因此,我们还是需要根据语境来推断Coverage的意思;三个生物学重复要单独测序,一个生物学重复虽然不同个体混样可以减少个体间的差异,但是最好是一个个体或者相同环境的同一种材料(例如拟南芥col野生型、玉米B73)。以玉米为例,一个玉米棒子的胚或胚乳就可以当做一个生物学重复样本。第四个问题,我没有看懂。请多看点甲基化测序的文献。
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     楼主| 发表于 2018.3.21 13:14:30 | 显示全部楼层
    @西瓜老师,我问过了,软件使用的是Bismark,后续分析只选用唯一比对上参考基因组上的reads,默认比对参数L,0,-0.2,
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