经常我们会在差异分析后,发现如果是四个基因,有两个表达量是上调的,两个表达量下调的。我们想给上调的基因标为红色,下调的基因标为绿色,该怎么办?什么鬼!不用怕,接前之前介绍的KEGG在线工具,今天跟大家分享其他工具。
今天我们给大家介绍一下给通路上色的KEGG Mapper工具哈~
我们以“生物素合成酶”为例。这个基因是一种酶,其信息涵盖了pathway,Module,brite等多个层次的信息。
当我们进行差异分析后,得到的代谢通路分析结果如下图,红色的基因为表达量上调,绿色的基因为表达量下调,那么这是如何实现批量上色的呢?
没错,就是利用mapper 配色。 进入页面
KEGG mapper配置好文件 K00652 green # 四个目标基因有上调(红)和下调(绿) K00833 green K01935 red K01012 red C19845 purple # 给代谢产物也标上紫色 C01063 purple C01092 purple C01037 purple C01909 purple C00120 yellow # 生物素标示为的黄色
备注:只要将鼠标移动到代谢物符号的上方,就可以显示这个代谢物的ID和化学结构 输入信息
找到相关通路
包含生物素代谢通路,打开看看。 进行比较
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