KEGG Mapper——给通路上色

小瑶 · 发表于 2016.4.8 17:38:51

经常我们会在差异分析后，发现如果是四个基因，有两个表达量是上调的，两个表达量下调的。我们想给上调的基因标为红色，下调的基因标为绿色，该怎么办？什么鬼！不用怕，接前之前介绍的KEGG在线工具，今天跟大家分享其他工具。

今天我们给大家介绍一下给通路上色的KEGG Mapper工具哈~

我们以“生物素合成酶”为例。这个基因是一种酶，其信息涵盖了pathway，Module，brite等多个层次的信息。

当我们进行差异分析后，得到的代谢通路分析结果如下图，红色的基因为表达量上调，绿色的基因为表达量下调，那么这是如何实现批量上色的呢？

没错，就是利用mapper 配色。

进入页面

KEGG mapper配置好文件

K00652 green # 四个目标基因有上调（红）和下调（绿）

K00833 green

K01935 red

K01012 red

C19845 purple # 给代谢产物也标上紫色

C01063 purple

C01092 purple

C01037 purple

C01909 purple

C00120 yellow # 生物素标示为的黄色

备注：只要将鼠标移动到代谢物符号的上方，就可以显示这个代谢物的ID和化学结构

输入信息

找到相关通路

包含生物素代谢通路，打开看看。

进行比较

yuzhe891 · 发表于 2016.4.8 18:50:26

赞一个，赞两个，赞三个！
中华鲟快游过来了，哈哈

dabaouc · 发表于 2016.4.8 22:12:01

顶楼主~~~

hyq · 发表于 2016.4.8 23:19:17

棒棒的留着

fengqiu · 发表于 2016.4.9 09:56:00

实用贴，顶楼主

张俊亚 · 发表于 2016.4.9 12:24:49

实用贴，收藏备用，多谢！

zlbiochem · 发表于 2016.4.9 18:12:27

收藏了！！！！

Isoforms · 发表于 2016.4.10 10:27:46

lishichunqiu2 · 发表于 2016.4.10 17:27:10

学习了，赞一个！

applepig · 发表于 2016.4.11 13:50:35

学习学习，

doctor125 · 发表于 2016.4.11 17:17:41

棒棒哒，学习了

开挂 · 发表于 2016.4.11 19:58:26

liaoting19 · 发表于 2016.4.12 09:35:51

楼主，配置好的文件只能是以K+……开头，不能直接用基因名称吗？比如拟南芥用AT……

maizemonom · 发表于 2016.4.12 09:44:54

这个挺实用

ly5253ly · 发表于 2016.4.12 09:45:58

还没学到这个程度来先标记一下

yulin · 发表于 2016.4.12 15:17:55

长知识了，kegg居然可以这样玩儿

xieying · 发表于 2016.4.13 11:46:54

好棒，一直想找的就是这个

蓝海豚 · 发表于 2016.4.14 09:26:54

学习了，一个知识一个点

yang80 · 发表于 2016.4.14 18:16:06

很好，学习。

chenSH · 发表于 2016.4.17 17:02:13

赞一个，虽然没怎么懂

[软件使用] KEGG Mapper——给通路上色