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[软件使用] KEGG Mapper——给通路上色

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宣传达人优秀版主


发表于 2016.4.8 17:38:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
经常我们会在差异分析后,发现如果是四个基因,有两个表达量是上调的,两个表达量下调的。我们想给上调的基因标为红色,下调的基因标为绿色,该怎么办?什么鬼!不用怕,接前之前介绍的KEGG在线工具,今天跟大家分享其他工具。

今天我们给大家介绍一下给通路上色的KEGG Mapper工具哈~
我们以“生物素合成酶”为例。这个基因是一种酶,其信息涵盖了pathway,Module,brite等多个层次的信息。

当我们进行差异分析后,得到的代谢通路分析结果如下图,红色的基因为表达量上调,绿色的基因为表达量下调,那么这是如何实现批量上色的呢?


没错,就是利用mapper 配色。
进入页面


KEGG mapper配置好文件
K00652  green    # 四个目标基因有上调(红)和下调(绿)
K00833  green
K01935  red
K01012  red
C19845  purple   # 给代谢产物也标上紫色
C01063  purple
C01092  purple
C01037  purple
C01909  purple
C00120  yellow   # 生物素标示为的黄色


备注:只要将鼠标移动到代谢物符号的上方,就可以显示这个代谢物的ID和化学结构
输入信息


找到相关通路


包含生物素代谢通路,打开看看。
进行比较






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发表于 2016.4.8 18:50:26 | 显示全部楼层
赞一个,赞两个,赞三个!
中华鲟快游过来了,哈哈
哈哈
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中华鲟

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发表于 2016.4.8 22:12:01 | 显示全部楼层
顶楼主~~~
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帝王蝶

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发表于 2016.4.8 23:19:17 | 显示全部楼层
棒棒的 留着
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中华鲟

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发表于 2016.4.9 09:56:00 | 显示全部楼层
实用贴,顶楼主
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帝王蝶

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发表于 2016.4.9 12:24:49 | 显示全部楼层
实用贴,收藏备用,多谢!
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钵水母

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发表于 2016.4.9 18:12:27 | 显示全部楼层
收藏了!!!!
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帝王蝶

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发表于 2016.4.10 10:27:46 | 显示全部楼层
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钵水母

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发表于 2016.4.10 17:27:10 | 显示全部楼层
学习了,赞一个!
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钵水母

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发表于 2016.4.11 13:50:35 | 显示全部楼层
学习学习,
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帝王蝶

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发表于 2016.4.11 17:17:41 | 显示全部楼层
棒棒哒,学习了
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中华鲟

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发表于 2016.4.11 19:58:26 | 显示全部楼层
更多的多多多
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钵水母

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发表于 2016.4.12 09:35:51 | 显示全部楼层
楼主,配置好的文件只能是以K+……开头,不能直接用基因名称吗?比如拟南芥用AT……
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钵水母

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发表于 2016.4.12 09:44:54 | 显示全部楼层
这个挺实用
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帝王蝶

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发表于 2016.4.12 09:45:58 | 显示全部楼层
还没学到这个程度来  先标记一下
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钵水母

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发表于 2016.4.12 15:17:55 | 显示全部楼层
长知识了,kegg居然可以这样玩儿
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钵水母

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发表于 2016.4.13 11:46:54 | 显示全部楼层
好棒,一直想找的就是这个
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钵水母

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发表于 2016.4.14 09:26:54 | 显示全部楼层
学习了,一个知识 一个点
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帝王蝶

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发表于 2016.4.14 18:16:06 | 显示全部楼层
很好,学习。
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帝王蝶

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发表于 2016.4.17 17:02:13 | 显示全部楼层
赞一个,虽然没怎么懂
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