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[转录组] 植物转录因子数据库

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钵水母

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发表于 2016.4.8 16:32:29 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近在做Oryza sativa subsp. japonica 的转录因子分析,从植物转录因子网站(http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/)下载到的只有转录本id和转录因子家族,求能找到对应转录因子名称及其家族的网站,O(∩_∩)O谢谢




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发表于 2016.4.9 10:29:10 | 显示全部楼层
第三列已经是基因转录组因子家族了。

至于如何从你表格中的locus ID(第一列),转换成基因注释(基因名称、基因symbol等),你应该去Ensemble plant 数据库下载 这些ID间的对应关系。
网址:http://plants.ensembl.org/biomart/martview/,biomart 的用法,可以参考基迪奥微信公众号 3月28号的文章。

下载后效果大概如下:


下载后,你可以使用perl 脚本合并表格,或者在我们OS-tool 网站,使用表格工具将你的原始表格和Ensemble下载的基因注释对应表合并。

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发表于 2016.4.9 11:13:01 | 显示全部楼层
喜欢这个,神贴
我来了
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帝王蝶

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发表于 2016.4.9 18:06:59 | 显示全部楼层
北大的,不错
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帝王蝶

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发表于 2016.4.9 23:13:38 | 显示全部楼层
根据基因ID可以直接从JGI中查找序列,ensembl plants里面的ID跟你的不一样
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发表于 2016.4.10 01:05:30 | 显示全部楼层
Isoforms 发表于 2016.4.9 23:13
根据基因ID可以直接从JGI中查找序列,ensembl plants里面的ID跟你的不一样

粳稻基因组就两个版本,1份是日本人更新的,一份是美国人的更新的。我查过,Ensemble的ID系统,包含了美国人的ID。而楼主的database source 是 TIGR6.1,就是美国人那个版本,应该是一致的。
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帝王蝶

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发表于 2016.4.10 10:13:31 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.10 01:05
粳稻基因组就两个版本,1份是日本人更新的,一份是美国人的更新的。我查过,Ensemble的ID系统,包含了美 ...

哦哦 JGI上是V7,ID类型比较一致。
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钵水母

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 楼主| 发表于 2016.4.10 12:52:32 | 显示全部楼层
谢谢大家,可能是我理解的问题,刚刚接触生信的小白,请谅解~图1第二列就是转录因子name?
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钵水母

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 楼主| 发表于 2016.4.10 12:56:38 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.9 10:29
第三列已经是基因转录组因子家族了。

至于如何从你表格中的locus ID(第一列),转换成基因注释(基因名称 ...

周老师 ,我是想找差异基因预测的转录因子结合位点(TFBS)及其对应的家族,用rsat网站得到的结果只有gene_ID 和TFBS,难道需要挨个去查找吗?
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钵水母

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 楼主| 发表于 2016.4.10 13:00:36 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.9 10:29
第三列已经是基因转录组因子家族了。

至于如何从你表格中的locus ID(第一列),转换成基因注释(基因名称 ...

取差异基因promoter区域预测得到转录因子结合位点的信息,如何对应其家族信息?求指教

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钵水母

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 楼主| 发表于 2016.4.10 13:08:58 | 显示全部楼层
kevin20 发表于 2016.4.10 12:52
谢谢大家,可能是我理解的问题,刚刚接触生信的小白,请谅解~图1第二列就是转录因子name? ...

动物的转录因子从网站下载下来一般都有symbol,之前我一直理解这个symbol才是转录因子name。是不是表格里的基因都是TFs,而这个symbol只是人为定义的一个名字而已?求指正,谢谢大家

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钵水母

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发表于 2016.4.11 21:08:51 | 显示全部楼层
不错的帖子。
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功夫熊猫

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发表于 2016.5.5 07:56:28 来自手机 | 显示全部楼层
收藏了,谢谢
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迅猛龙

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发表于 2016.5.19 05:31:21 来自手机 | 显示全部楼层
生物信息分析还能做这个吗?我的差异基因里面也有个大家族,可以通过分析转录因子结合位点的信息找出调控这个家族的转录因子?如果可以,怎么做?
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帝王蝶

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发表于 2016.5.19 08:11:32 | 显示全部楼层
好帖子,又多知道了一个转录因子网站。
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帝王蝶

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发表于 2016.5.19 09:48:12 | 显示全部楼层
很好,一直关注TF的帖子
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钵水母

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发表于 2016.5.20 11:06:33 | 显示全部楼层
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迅猛龙

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发表于 2016.5.20 13:30:31 来自手机 | 显示全部楼层
学习
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迅猛龙

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学习了了
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钵水母

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发表于 2016.6.26 17:33:32 | 显示全部楼层
你们好,如何找到特定转录因子的功能???在拟南芥中的也可以,只能看文献吗?有时搜索的文献全文只涉及一点点
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