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[多样性测序] 跪求真菌ITS序列测序后怎么分析

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中华鲟

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发表于 2016.4.7 20:56:12 | 显示全部楼层 |阅读模式

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谁做过,真菌ITS序列分析真菌多样性?后面分析怎么做?以前没做过,数据已到手,还在摸索中。求解答。多谢!
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活跃会员论坛元老


发表于 2016.4.7 22:53:53 | 显示全部楼层
这个问题好像问的有点大,别人不好回答。你应该自己去百度或谷歌一下,了解大概的分析过程再提问,便于别人帮助你。

这些数据的分析流程,你可以去查询一下QIIme或 Mother的用法。 Mu
新的一天加油!
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版主

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突出贡献论坛元老


发表于 2016.4.7 23:10:51 | 显示全部楼层
本帖最后由 hld8124 于 2016.4.7 23:12 编辑

这个是很基础的分析方法,Copy给你我原来论文里的方法

测序数据处理及分析(引自: 黄罗冬.冬虫夏草寄主蝠蛾分子系统发育研究,云南大学[D],硕士论文,2014)

对测得的原始序列N值和计算机误读的个别碱基进行人工校对和修饰,采用MEGA6软件中利用Clustal X进行多序列比对,去除测序起始质量不佳的部分,并剪切掉两端不整齐的冗余序列,使序列长度编辑一致。编辑后的序列再于NCBI中进行Blast相似性检索,以确定扩增出的片段是否为我们需要的目标片段以及序列的方向是否一致。利用MEGA6软件(Tamura et al.,2013)进行系统发育分析,对序列进行统计分析和分支分析,计算基因序列之间一级结构,计算序列间的Kimura2遗传距离,获得遗传距离矩阵,以遗传距阵为基础构建分子系统发育树,系统树的构建采用最大释然法(ML),用自展法(Bootstrap)检验系统树,自展数据集为1000次,并基于系统发育树利用基因替代速率估算相关物种序列分化时间。利用DnaSP v. 5.0软件计算各物种ITS序列单倍型数(number of haplotypes,Hap),单倍型多样性(haplotype diversity,Hd),核苷酸多态性(nucleotide diversity,Pi)等多样性指标,统计单倍型序列特征及各居群单倍型种类和数量。应用Arlequin v. 3.5软件包中的分子变异分析(Analysis of molecular variance, AMOVA)分别检测该研究物种在局部居群和整个分布区内的居群间和居群内遗传变异水平,以及单倍型分布的遗传分化系数Fst评价。

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中华鲟

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 楼主| 发表于 2016.4.9 10:42:16 | 显示全部楼层
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迅猛龙

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活跃会员突出贡献论坛元老


发表于 2016.5.8 22:20:10 来自手机 | 显示全部楼层
学习了!
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钵水母

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mark 一下
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帝王蝶

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发表于 2016.10.30 21:21:13 | 显示全部楼层
挺好 学习了!
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钵水母

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发表于 2017.1.2 13:24:45 来自手机 | 显示全部楼层
你好,我认为两端的冗余序列不能直接通过对齐来剪切,应该先找到引物的位置,两端引物中间夹的序列即是目的片段
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钵水母

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发表于 2017.1.3 20:37:12 来自手机 | 显示全部楼层
hld8124 发表于 2016.4.7 23:10
这个是很基础的分析方法,Copy给你我原来论文里的方法
测序数据处理及分析(引自: 黄罗冬.冬虫夏草寄主蝠蛾 ...

为什么要把序列剪到长度一致呢?
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钵水母

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发表于 2017.1.3 22:41:49 来自手机 | 显示全部楼层
请教一下拿到测序结果,如何去除两端的质量不佳的部分?
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中华鲟

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发表于 2018.1.27 12:34:22 | 显示全部楼层
这孩子,测序前就没搞清楚来龙去脉啊,要认真搞搞背景才好
把握好时间来签到
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中华鲟

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 楼主| 发表于 2018.2.3 10:57:46 | 显示全部楼层
shmilying 发表于 2018.1.27 12:34
这孩子,测序前就没搞清楚来龙去脉啊,要认真搞搞背景才好

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草履虫

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发表于 2018.4.10 08:36:30 来自手机 | 显示全部楼层
hld8124 发表于 2016.4.7 23:10
这个是很基础的分析方法,Copy给你我原来论文里的方法
测序数据处理及分析(引自: 黄罗冬.冬虫夏草寄主蝠蛾 ...

你好,可以分享一下你的论文么
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