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[动植物denovo] 小白求助,WIN10系统下KAKS_calculator使用时,怎么得到axt文件?

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帝王蝶

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发表于 2017.12.13 21:04:53 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我有一段目的序列(氨基酸序列),通过我的这个氨基酸序列BLAST到了多个物种的氨基酸序列(BLAST到共100多个序列)以及对应的CDS序列,通过muscle对比得到了对比序列文件CDS.FAS和PEP.FAS,我现在有了这些文件,然后怎么操作才能得到AXT格式的文件,KAKS_calculator需要输入axt格式的文件才能RUN,求大神解答。
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发表于 2017.12.14 08:33:57 | 显示全部楼层
用ParaAT可以输出ParaAT: ParaAT.pl-h test.homologs -n test.cds -a test.pep -p proc –f axt –k -o output
加油啦。
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2017.12.15 09:34:58 | 显示全部楼层
bioinfomics 发表于 2017.12.14 08:33
用ParaAT可以输出ParaAT: ParaAT.pl-h test.homologs -n test.cds -a test.pep -p proc –f axt –k -o out ...

您好,我现在有cds和pep这两个文件,怎么得到test.homologs这个文件呢?
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发表于 2017.12.15 10:37:32 | 显示全部楼层
a601617165 发表于 2017.12.15 09:34
您好,我现在有cds和pep这两个文件,怎么得到test.homologs这个文件呢?

就是你要计算的那些paralog对应的id用tab键分割的文件啊,那个程序里面有示例文件,你可以看一下,也可以自己写脚本进行转换
加油啦。
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钵水母

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发表于 2018.5.22 16:20:51 | 显示全部楼层
bioinfomics 发表于 2017.12.14 08:33
用ParaAT可以输出ParaAT: ParaAT.pl-h test.homologs -n test.cds -a test.pep -p proc –f axt –k -o out ...

你好 为什么我的用ParaAT 总是显示sh: Epal2nal.pl: command not found
好累啊
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发表于 2018.5.27 09:17:43 | 显示全部楼层
moon123 发表于 2018.5.22 16:20
你好 为什么我的用ParaAT 总是显示sh: Epal2nal.pl: command not found

脚本程序没有添加到环境变量里去。
加油啦。
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钵水母

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发表于 2019.7.9 09:16:45 | 显示全部楼层
bioinfomics 发表于 2018.5.27 09:17
脚本程序没有添加到环境变量里去。

Checking input parameters: [OK]
Use of uninitialized value $PATH[22] in concatenation (.) or string at C:\Users\493462440\Desktop\ParaAT2.0\ParaAT.pl line 470.
Checking Epal2nal.pl: [NA]
Please make sure Epal2nal.pl is executable (+X) and put into the global directoryy.

你好,请问我已经添加进Path了,为什么还显示这个????要疯掉了
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发表于 2019.7.9 16:41:01 | 显示全部楼层
M天空之海M 发表于 2019.7.9 09:16
Checking input parameters: [OK]
Use of uninitialized value $PATH[22] in concatenation (.) or strin ...

你有给这个脚本加执行权限吗?
加油啦。
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钵水母

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发表于 2019.7.10 17:56:39 | 显示全部楼层
bioinfomics 发表于 2019.7.9 16:41
你有给这个脚本加执行权限吗?

啊 具体怎么改执行权限呢
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发表于 2019.7.10 19:34:17 | 显示全部楼层
chmod +x Epal2nal.pl
加油啦。
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发表于 2019.7.10 19:34:37 | 显示全部楼层
M天空之海M 发表于 2019.7.10 17:56
啊 具体怎么改执行权限呢

chmod +x Epal2nal.pl
加油啦。
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钵水母

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发表于 2019.7.11 14:51:08 | 显示全部楼层

哦哦 我是不是要先下载安装 Cygwin,我没下载 之前
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草履虫

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发表于 2019.9.3 19:44:03 | 显示全部楼层

加了还是不行啊
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发表于 2019.9.3 21:30:11 | 显示全部楼层
chairui 发表于 2019.9.3 19:44
加了还是不行啊

解决了
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发表于 2020.5.17 23:16:02 | 显示全部楼层
您好!请问你咋解决的sh: Epal2nal.pl: command not found
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2020.5.22 09:16:09 | 显示全部楼层
苏威number1 发表于 2020.5.17 23:16
您好!请问你咋解决的sh: Epal2nal.pl: command not found

你应该是新手吧,仔细学一下linux吧,哪有直接用脚本做命令的,正确的做法:
perl Epal2nal.pl
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发表于 2020.7.7 12:51:06 | 显示全部楼层
楼主好!请问到给脚本添加执行权限那一步是如何解决的呢?我也是“Please make sure Epal2nal.pl is executable (+X) and put into the global directoryy.”
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发表于 2020.7.7 16:49:52 | 显示全部楼层

你好,请问windows下用cygwin直接运行“chmod +x Epal2nal.pl”可以么?我还是显示“Please make sure Epal2nal.pl is executable (+X) and put into the global directoryy.”
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钵水母

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发表于 2020.8.16 17:05:29 | 显示全部楼层
东方宇 发表于 2020.7.7 16:49
你好,请问windows下用cygwin直接运行“chmod +x Epal2nal.pl”可以么?我还是显示“Please make sure Ep ...

你好,你解决问题了吗?我现在也碰到这个问题,不知道怎么做???
加油干
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钵水母

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发表于 2020.8.17 09:53:54 | 显示全部楼层

你好,我用cygwin修改了权限,怎么还是不行啊,折腾了好久也搞不定
加油干
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