一款强大的motif预测分析工具

小瑶

今天推荐一款经典好用，我们都在用的motif预测分析程序。你可以在线分析，也可以下载软件在本地分析。
这款软件就是MEME，程序地址：http://meme.nbcr.net/meme/index.html

是这样的，最近在我们做一个细菌的转录组的课题，其中一个任务是寻找CRP依赖的基因和operon的promoter序列。其实Virtual Footprint可以实现一些功能。但是Virtual Footprint是利用大肠杆菌中motif的matrix来分析你的序列，而不能从一堆序列中，通过统计学规律寻找潜在的motif。所以这显得不科学啊。但是MEME这个软件可以做到。

比如，我们已经找到了一些潜在依赖CRP与cAMP复合物转录的基因和operon，于是提取operon前200bp的DNA序列，然后放到MEME中，他能自动寻找所有潜在的motif。

令人惊喜的是效果也不错，预测的motif和其他论文中报道的别的细菌CRP promoter序列基本一致。

当然他的显示效果也是不错的，上图是另外项目中，几个物种的蛋白结构域分析，发现不同蛋白亚家族由不同结构域构成。

下面是MEME官网上所有的programs：

我们这里讲的是MEME这个program，其他功能，大家可以去好好挖掘一下。同时MEME有在线分析版本和本地版本，如果序列比较大，只能减少序列或者下载本地版本。

使用完觉得不错，记得分享给你的科研小伙伴们噢。

开挂

好东西

徐新家

mark 一下

chai1986

谢楼主分享

bobo2

我有用过MEME做序列的motif分析，还不错，有时候在线获取会比较慢，可以留email地址，系统会发送结果的，一般保留结果2周~

tewank

请问这个图是怎么做出来的？我想做不同物种相同基因promoter的这种图

shuangmu

同楼上 问   怎么做出图中右边的结果的  

tangsha1986

太棒了 就是网页打不开 需要翻墙吗