今天推荐一款经典好用,我们都在用的motif预测分析程序。你可以在线分析,也可以下载软件在本地分析。
这款软件就是MEME,程序地址:http://meme.nbcr.net/meme/index.html
是这样的,最近在我们做一个细菌的转录组的课题,其中一个任务是寻找CRP依赖的基因和operon的promoter序列。其实Virtual Footprint可以实现一些功能。但是Virtual Footprint是利用大肠杆菌中motif的matrix来分析你的序列,而不能从一堆序列中,通过统计学规律寻找潜在的motif。所以这显得不科学啊。但是MEME这个软件可以做到。
比如,我们已经找到了一些潜在依赖CRP与cAMP复合物转录的基因和operon,于是提取operon前200bp的DNA序列,然后放到MEME中,他能自动寻找所有潜在的motif。
令人惊喜的是效果也不错,预测的motif和其他论文中报道的别的细菌CRP promoter序列基本一致。
当然他的显示效果也是不错的,上图是另外项目中,几个物种的蛋白结构域分析,发现不同蛋白亚家族由不同结构域构成。
下面是MEME官网上所有的programs:
我们这里讲的是MEME这个program,其他功能,大家可以去好好挖掘一下。同时MEME有在线分析版本和本地版本,如果序列比较大,只能减少序列或者下载本地版本。
使用完觉得不错,记得分享给你的科研小伙伴们噢。
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