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[软件使用] 一款强大的motif预测分析工具

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管理员

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宣传达人优秀版主


发表于 2016.3.29 22:22:06 | 显示全部楼层 |阅读模式
今天推荐一款经典好用,我们都在用的motif预测分析程序。你可以在线分析,也可以下载软件在本地分析。
这款软件就是MEME,程序地址:http://meme.nbcr.net/meme/index.html



是这样的,最近在我们做一个细菌的转录组的课题,其中一个任务是寻找CRP依赖的基因和operon的promoter序列。其实Virtual Footprint可以实现一些功能。但是Virtual Footprint是利用大肠杆菌中motif的matrix来分析你的序列,而不能从一堆序列中,通过统计学规律寻找潜在的motif。所以这显得不科学啊。但是MEME这个软件可以做到。

比如,我们已经找到了一些潜在依赖CRP与cAMP复合物转录的基因和operon,于是提取operon前200bp的DNA序列,然后放到MEME中,他能自动寻找所有潜在的motif。

令人惊喜的是效果也不错,预测的motif和其他论文中报道的别的细菌CRP promoter序列基本一致。


当然他的显示效果也是不错的,上图是另外项目中,几个物种的蛋白结构域分析,发现不同蛋白亚家族由不同结构域构成。

下面是MEME官网上所有的programs:


我们这里讲的是MEME这个program,其他功能,大家可以去好好挖掘一下。同时MEME有在线分析版本和本地版本,如果序列比较大,只能减少序列或者下载本地版本。

使用完觉得不错,记得分享给你的科研小伙伴们噢。

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中华鲟

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发表于 2016.4.8 13:12:42 | 显示全部楼层
好东西
更多的多多多
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钵水母

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发表于 2016.5.13 15:10:46 | 显示全部楼层
mark 一下
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功夫熊猫

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灌水之王


发表于 2016.5.14 08:35:23 来自手机 | 显示全部楼层
谢楼主分享
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钵水母

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发表于 2016.6.27 14:13:08 | 显示全部楼层
我有用过MEME做序列的motif分析,还不错,有时候在线获取会比较慢,可以留email地址,系统会发送结果的,一般保留结果2周~
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帝王蝶

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发表于 2016.6.28 10:13:56 | 显示全部楼层
请问这个图是怎么做出来的?我想做不同物种相同基因promoter的这种图

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中华鲟

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发表于 2016.10.23 00:46:08 | 显示全部楼层
同楼上 问   怎么做出图中右边的结果的  
好久好久 没来了
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帝王蝶

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发表于 2016.10.27 09:41:54 | 显示全部楼层
太棒了 就是网页打不开 需要翻墙吗
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