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第42期OmicShare在线交流“农学动植物环状RNA研究思路”

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    发表于 2017.10.26 17:15:25 | 显示全部楼层 |阅读模式
    第42期OmicShare在线交流“农学动植物环状RNA研究思路

                                                         交流时间:2017年11月2日 下午4点
                                                          报名地址:立即报名





    第35期omicshare在线课堂“环状RNA翻译和常用验证方法介绍”,主要关注于人和小鼠等模式生物,侧重于医学和生物学功能机制等方面,特别是对环状RNA翻译功能进行了介绍。

    这一期在线课堂将和大家分享下农学动植物环状RNA研究概况,为研究经济动植物环状RNA提供一些思路。
    本期的在线课堂主要思路有:


    一. 农学动植物环状RNA研究介绍
    总结已发表农学动植物环状RNA的数量和特点,了解目前研究进展和分析相关研究趋势。

    二. 农学动植物环状RNA研究内容
    1. 环状高通量测序和标准生物信息学分析:介绍样本设计,建库方法,生信软件鉴定和表达量计算中一些值得注意的细节。

    2. 个性化生物信息学分析
    1)可变剪切研究(AS):研究报道,许多来源基因可以产生多个circRNA的isoforms,并且不同isoforms在生物学进程中的表达模式不同;


    图1. CircRNA isoforms和表达研究

    2) 对于多样本的设计,可以通过WGCNA分析基因表达模式,并与特定生物学特征关联,辅助筛选目的基因;


    图2. WGCNA分析circRNA, mRNA表达模式

    3) 通过circRNA-miRNA-mRNA调控网络研究
    通过TargetScan和miRanda等软件预测circRNA−miRNA、miRNA−mRNA,进而构建三者关联网络,对circRNA和与其相关的基因进行功能学预测(GO和KEGG),找到生物学相关的分子调控机理。


    图3. 鸡circRNA-miRNA-gene network预测

    三. 环状RNA翻译研究的可行性方案梳理
    这一部分,我们结合了现有的项目经验,总结了一套从DNA、RNA、蛋白组多个层面挖掘环状RNA编码蛋白的方案,能够广泛的适用于不同物种环状RNA的翻译研究。


    图 4.利用组学技术进行环状RNA翻译研究

    四. 案例介绍
    最后通过分享几篇经典的文献,一方面回顾上述内容,另一方面从整体上分析目前发表该类文章的思路。

    第42期在线交流
    交流主题:农学动植物环状RNA研究思路
    交流时间:2017-11-2 (周四)下午4:00
    交流地址:http://www.omicshare.com/class/
    本期讲师:基迪奥-董博士

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