第15期在线交流“本地Blast的使用方法”【视频】

小圆 · 发表于 2016.3.24 14:55:04

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第15期在线交流本地Blast的使用方法

Blast是生物信息学中常用的工具，是一种序列比对的快速工具。比如转录组denovo的研究往往是关于一些基因信息未知的物种。那么很多基因的功能需要根据已知的信息来推断，比如模式生物中的同源基因的功能。那么我们又如何在转录组结果中的基因列表中，找到某类关心的基因？

其实这些都可以通过blast来实现。Blast又包括在线blast与本地blast，这次在线交流我们主要讲解本地blast的使用。

在线交流主要内容：
1）Blast简介
2）本地Blast 方法的意义
3）操作步骤（简单讲解）
Blast基本过程，基本命令格式，常用命令参数，配置文件
4）上机操作
软件下载，程序安装，生成目录，配置数据库等

本次在线交流将提前录制视频供大家学习，然后嘉宾集中线上答疑的形式。

交流时间：2016年3月30日晚上8点-9点

交流地点：基迪奥生物信息交流群①群67185986 ②群425346734
两个群同时进行，大家只要加入其中一个群即可

交流嘉宾：群里公布敬请期待

小圆 · 发表于 2016.3.24 14:56:10

本次在线交流的PPT下载：

第15期在线交流本地blast的使用.pdf (1.57 MB, 下载次数: 1166)

PPT讲解视频：

http://www.omicshare.com/class/Home/Index/singlev?id=10

小圆 · 发表于 2016.3.24 14:56:20

嘉宾实操案例中使用到的2个文件：

PF-Unigene.zip (18.72 MB, 下载次数: 1809)

nac019.txt (1.39 KB, 下载次数: 276)

本地Blast实操视频：

如果无法播放，请点击此处在新窗口打开

小圆 · 发表于 2016.3.28 15:58:05

小圆占楼，此处发问答整理~

zhouyulu · 发表于 2016.3.28 16:10:06

棒棒的，在学习

dqg · 发表于 2016.3.28 17:42:35

很好，很实用！

jianjian1105 · 发表于 2016.3.29 22:09:28

明了实用，非常棒棒

Sumrain · 发表于 2016.3.30 11:17:40

搬个沙发看视频，好！

martin1207 · 发表于 2016.3.30 15:14:27

一定要赶上进度，补充营养，又吃成长快乐了

午言 · 发表于 2016.3.30 20:23:13

为什么我下载下来的这个文件是空的？“PF-Unigene.fa”

梦中榴莲 · 发表于 2016.3.30 21:21:13

按照操作步骤一步步来的，比对之后没有结果啊，result_n.txt点开是空白。

土溪338 · 发表于 2016.3.31 10:54:40

好好学习，天天向上

卡戎3521 · 发表于 2016.4.1 00:02:39

支持！！

stoni · 发表于 2016.4.10 12:39:54

很好的方法，

源兮兮源 · 发表于 2016.4.11 18:55:35

全部操作了一遍，谢谢LZ分享

张俊亚 · 发表于 2016.4.14 13:46:32

有个问题，想请教一下，如果我有1000多万个核酸序列（reads，长度为100bp），我相比对个蛋白数据库，大概有3000个序列，想找出1000多万个reads中有多少个是属于这3000个中的序列，并对比对上的reads进行注释，这种计算量是不是特别大，还有就是一个reads可能同时比上多个蛋白序列，怎么优化选择？如果数据库是核酸数据库是不是就不存在这些问题？
另外，就是这种本地blast一般要比对多少序列的时候，普通的台式机就无法完成了？想知道一个大概的概念，非常感谢！

cowriegump · 发表于 2016.5.18 16:53:58

用Linux终端跑起来，一切妥妥的

fangsigong · 发表于 2016.5.19 19:27:53

比对出来的结果不止一条怎么办？

轻年 · 发表于 2016.5.20 18:02:35

本帖最后由轻年于 2016.5.20 18:08 编辑

老师您好！有一个问题想要请教。
我按照您视频当中的步骤用一段序列建立数据库，然后从中截取20个碱基作为查询序列，然后使用blastn命令进行比对，但是得到的比对结果为没有匹配序列，请问这是什么情况？但是切换成tblastx命令比对的话就会有比对结果。