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[动植物重测序] GWAS结果里,什么叫马赛克关联模式?

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  • TA的每日心情

    2017.10.11 17:40
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    发表于 2017.1.22 18:36:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
    老师好,我想问个问题?在一片PG的文章里看到这么一句话:The haplotype region shows a mosaic pattern of association typical for purebred dogs, thus it is not possible from this data to define a shorter associated haplotype.配合解释的图附见下面。前文大概意思是,做了GWAS分析,然后找到了top two SNP,并以r2>0.8为条件,在topSNP周边控制出一片haplotype,这个单倍型块长1.5Mb,含有19个超过显著阈值(这里文章说的阈值是top SNP周边r2>0.8的条件筛选的)的SNP位点,但同时包含许多未达到阈值的SNP点。然后就是上面这句话。我想问的问题是:
    1.啥叫马赛克关联模式?这句话我翻译的准么?是特指显著SNP中间还有很多不显著的点吗?
    2.为什么这种模式在纯种狗里是typical的?是什么原因造成的这种镶嵌模式呢?我自己分析的数据里也有这种类似结果,我想知道是什么育种过程或者进化过程造成了这种情况?
    3.之前一个帖子里,周老师说r2条件设定为0.1,这篇文章设定的是0.8,我现在的GWAS结果也需要设定,那这个参数到底怎么选,才比较科学,并且将来不会被审稿人argue呢?因为我下面要筛基因了,区段的设定对于基因的确定影响较大,所以很关心这个细节参数。


    希望老师给予指导。顺便给群里的老师和小伙伴们拜个早年!


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    发表于 2017.1.23 19:14:07 | 显示全部楼层
    (1)关联分析的显著区域,并非一个标准的峰。这是因为这个区域内SNP出现的历史不同,它们有性状相关性的程度也不同。一般而言,新出现的SNP与周边的LD较强。
        所以,这些关联信号 在一定区域呈现离散式分布;
    (2)0.1 是连锁的最低标准, 0.8 是强连锁的标准(最保守)。标准是人定的。
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  • TA的每日心情

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    发表于 2017.2.15 16:00:37 | 显示全部楼层
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    发表于 2017.3.9 17:50:39 | 显示全部楼层
    您这个图 是 手动画的吗?还是有现成的软件,配色很漂亮啊
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    发表于 2017.3.9 17:51:30 | 显示全部楼层
    主要是曼哈顿图下面的基因
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  • TA的每日心情

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    发表于 2018.1.10 22:03:56 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2017.1.23 19:14
    (1)关联分析的显著区域,并非一个标准的峰。这是因为这个区域内SNP出现的历史不同,它们有性状相关性的程 ...

    现在很多研究standing variation的,我认为这些不关联的SNP是由于soft sweep引起的,育种的原始群体里,本身就带着很多种单倍型。育种的速度是远远超过SNP的突变速度的,所以我觉得育种过程中新出现的SNP应该不多。
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    发表于 2018.5.4 21:53:24 | 显示全部楼层
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