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[多样性测序] 16s数据分析中weight和unweight有什么不同?

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中华鲟

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发表于 2017.1.1 16:11:41 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在16s数据分析中,pca和样品聚类分析中都用到了weight和unweight的不同计算方法来比较,这两个参数具体说明什么,体现什么差异呢?在线等。
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钵水母

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发表于 2017.1.5 10:59:43 | 显示全部楼层
weight和unweight是加权和非加权的意思:利用非加权的计算方法,主要考虑的是物种的有无,即如果两个群体的物种类型都一致,表示两个群体的β多样性最小。而加权方法,则同时考虑物种有无和物种丰度两个问题。如果A群体由3个物种a和2个物种b组成,B群体由2个物种a和3个物种b组成,则通过非加权方法计算,因为A群体与B群体的物种组成完全一致,都只由物种a和b组成,因此它们之间的β多样性为0。但通过加权方法计算,虽然A与B群体的组成一致,但物种a和b的数目却不同,因此两个群体的β多样性则并非一致。
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中华鲟

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 楼主| 发表于 2017.1.5 13:45:26 | 显示全部楼层
好详细的解释,灰常感谢
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中华鲟

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 楼主| 发表于 2017.1.5 13:45:58 | 显示全部楼层
麦克柴 发表于 2017.1.5 10:59
weight和unweight是加权和非加权的意思:利用非加权的计算方法,主要考虑的是物种的有无,即如果两个群体的 ...

感谢
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发表于 2017.1.16 16:16:57 | 显示全部楼层
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钵水母

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发表于 2017.3.21 17:58:34 | 显示全部楼层
感谢分析,这个问题终于明白了
加油加油
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