楼主: 小圆

第2期“命令行版Blast2GO的安装使用与演示”【视...

  [复制链接]
  • TA的每日心情
    no
    2018.4.27 08:38
  • 签到天数: 197 天

    连续签到: 3 天

    [LV.7]常住居民III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    2
    奥币
    984
    积分
    206
    注册时间
    2016.6.28
    在线时间
    89 小时

    发表于 2016.6.30 11:37:32 | 显示全部楼层
    感谢分享,互相学习
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.29 11:46
  • 签到天数: 21 天

    连续签到: 2 天

    [LV.4]偶尔看看III

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    1
    奥币
    394
    积分
    31
    注册时间
    2016.7.4
    在线时间
    11 小时

    发表于 2016.7.4 11:32:16 | 显示全部楼层
    很实用。非常棒
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.28 08:53
  • 签到天数: 3 天

    连续签到: 1 天

    [LV.2]偶尔看看I

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    1
    奥币
    431
    积分
    47
    注册时间
    2016.3.29
    在线时间
    7 小时

    发表于 2016.7.7 15:56:01 | 显示全部楼层
    谢谢 刚刚学习。。
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    yes!
    4 小时前
  • 签到天数: 809 天

    连续签到: 15 天

    [LV.10]以坛为家III

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    7
    奥币
    2855
    积分
    964
    注册时间
    2016.4.8
    在线时间
    336 小时

    最佳新人


    发表于 2016.7.8 20:05:02 | 显示全部楼层
    赞赞赞
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.13 22:18
  • 签到天数: 5 天

    连续签到: 2 天

    [LV.2]偶尔看看I

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    382
    积分
    10
    注册时间
    2016.6.23
    在线时间
    2 小时

    发表于 2016.7.9 11:22:44 | 显示全部楼层
    表示没有实际操作,很多不懂。。。
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.9.2 08:31
  • 签到天数: 40 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    1
    奥币
    685
    积分
    47
    注册时间
    2016.6.28
    在线时间
    19 小时

    发表于 2016.7.29 13:47:38 | 显示全部楼层
    very good~~
    回复

    使用道具 举报

    该用户从未签到

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    323
    积分
    13
    注册时间
    2016.7.15
    在线时间
    11 小时

    发表于 2016.8.15 12:32:19 | 显示全部楼层
    谢谢,分享!
    回复

    使用道具 举报

    该用户从未签到

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    1
    奥币
    981
    积分
    462
    注册时间
    2015.12.21
    在线时间
    304 小时

    发表于 2016.8.22 14:33:50 | 显示全部楼层
    本帖最后由 基迪奥_罗玥 于 2016.11.1 16:51 编辑

    官网有提供旧版的blast2go 2,目前已停止更新,最后一个版本为v2.8。2.8版的主程序无法下载到本地保存了,必须通过网络启动。相比3.x版的好处是完全不需要注册账号(免费,无试用期限制),但同样可以使用本地化的blast2go database。
    https://www.blast2go.com/start-blast2go-2-8

    另外这里有一个可下载的版本,v2.5。虽然软件版本比较老,但同样可以使用本地化的数据库。适合没有网络或不希望建立网络连接的环境,并且支持纯命令行。
    http://www.blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip

    补充2.5的使用方法,和2.3.5不太一样:
    b2gPipe.properties的修改就不多说了,基本上和2.3.5是一样的。

    1. 默认的使用方法
    首先,cd 到 blast2go.jar 所在的目录(*确保 ext 文件夹在也在这个目录下)。再使用以下命令:
    java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in <input.xml> -out <outputdir/output-prefix> -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim

    2. 绝对路径法,前提是目录结构不变
    注意:<path-to-jar> 为blast2go.jar所在的绝对路径
    java -cp <path-to-jar>/*:<path-to-jar>/ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in <input.xml> -out <outputdir/output-prefix> -prop <path-to-jar>/b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim
    是的,看着不怎么优雅,建议写个shell,把路径存到一个变量里;windows则是写bat。


    最后关于结果输出,output-dir可以是绝对路径,但文件夹似乎要事先创建好。output-prefix是所有输出文件的前缀。
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.10.25 16:19
  • 签到天数: 1 天

    连续签到: 1 天

    [LV.1]初来乍到

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    314
    积分
    14
    注册时间
    2016.7.27
    在线时间
    8 小时

    发表于 2016.8.24 09:53:41 | 显示全部楼层
    真是太赞了
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.12.25 16:12
  • 签到天数: 9 天

    连续签到: 1 天

    [LV.3]偶尔看看II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    1
    奥币
    245
    积分
    97
    注册时间
    2016.9.11
    在线时间
    53 小时

    发表于 2016.9.11 10:05:35 | 显示全部楼层
    幸亏奥比要的不多啊 嘻嘻
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.11.16 08:52
  • 签到天数: 27 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    3
    奥币
    297
    积分
    198
    注册时间
    2016.3.18
    在线时间
    92 小时

    发表于 2016.9.11 18:50:24 | 显示全部楼层
    基迪奥_罗玥 发表于 2016.8.22 14:33
    官网有提供旧版的blast2go 2,目前已停止更新,最后一个版本为v2.8。2.8版的主程序无法下载到本地保存了, ...

    请问,这个程序没有更新,这里更新的是功能还是数据库,会影响到blast结果吗,我用了很好用太喜欢啦,就是担心结果会不会有差
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

    该用户从未签到

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    1
    奥币
    981
    积分
    462
    注册时间
    2015.12.21
    在线时间
    304 小时

    发表于 2016.9.12 13:53:59 | 显示全部楼层
    阳光 发表于 2016.9.11 18:50
    请问,这个程序没有更新,这里更新的是功能还是数据库,会影响到blast结果吗,我用了很好用太喜欢啦,就 ...

    这里只是blast2go主程序版本,3.0之后就收费了(限时试用不算)。
    blast2go数据库 以及 blast本地化数据库有各自的维护方法,至少数据库目前为止是免费的。。。
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    2019.1.26 20:47
  • 签到天数: 121 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    1560
    积分
    120
    注册时间
    2016.8.10
    在线时间
    74 小时

    发表于 2016.9.20 14:11:13 | 显示全部楼层
    谢谢分享
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    no
    2019.3.21 11:36
  • 签到天数: 93 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    6
    奥币
    457
    积分
    603
    注册时间
    2016.5.22
    在线时间
    100 小时

    发表于 2016.9.22 09:47:44 | 显示全部楼层
    太感谢了,不错
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.12.25 16:12
  • 签到天数: 9 天

    连续签到: 1 天

    [LV.3]偶尔看看II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    1
    奥币
    245
    积分
    97
    注册时间
    2016.9.11
    在线时间
    53 小时

    发表于 2016.9.29 10:34:23 | 显示全部楼层
    谢谢 分享
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    好棒
    2018.6.30 18:23
  • 签到天数: 45 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    4
    奥币
    555
    积分
    310
    注册时间
    2016.11.13
    在线时间
    18 小时

    发表于 2016.11.13 19:16:14 | 显示全部楼层
    阿斯顿飞过
    常想一二,共勉之!!!!
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    2019.7.24 09:49
  • 签到天数: 115 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    4
    奥币
    1086
    积分
    135
    注册时间
    2016.11.14
    在线时间
    59 小时

    发表于 2016.11.16 15:37:02 来自手机 | 显示全部楼层
    有windows版本的吗?
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.6.11 12:42
  • 签到天数: 15 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    186
    积分
    49
    注册时间
    2016.11.27
    在线时间
    37 小时

    发表于 2016.11.27 20:46:45 | 显示全部楼层
    太好了
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.7.30 08:58
  • 签到天数: 82 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    4
    奥币
    816
    积分
    399
    注册时间
    2016.7.15
    在线时间
    39 小时

    发表于 2016.11.28 23:08:55 | 显示全部楼层
    太棒了!!!!!
    回复

    使用道具 举报

    该用户从未签到

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    1
    奥币
    981
    积分
    462
    注册时间
    2015.12.21
    在线时间
    304 小时

    发表于 2016.11.29 18:06:31 | 显示全部楼层
    penta 发表于 2016.11.16 15:37
    有windows版本的吗?

    这个问得太简略了吧。。。blast2go主程序是java写的,本身就可以在windows下运行,而mysql也有windows版的。
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表