R语言ggplot2画图教程之——火山图

生物信息学

# 需要安装的包：ggplot2

install.packages("ggplot2")

# 导入包

# 帮助文档链接：http://docs.ggplot2.org/current/

library(ggplot2)

# 改变工作路径，将工作路径改变到数据存放的文件夹下

# 火山图

# 读取数据：R0-vs-R3.isoforms.filter.tsv

data =read.table("R0-vs-R3.isoforms.filter.tsv",header=T,row.names=1)

# 画图

r03 = ggplot(data,aes(log2FC,-1*log10(FDR)))

r03 + geom_point()

# 如何改变点的颜色

r03 + geom_point(color="red")

r03 +geom_point(aes(color="red"))

r03 + geom_point(aes(color=significant))

# 设置坐标轴范围和标题

# xlim()，ylim()函数，labs(title=“..”,x=“..”,y=“..”)函数

r03xy = r03 +geom_point(aes(color=significant)) + xlim(-4,4) + ylim(0,30)

r03xy + labs(title="Volcanoplot",x="log2(FC)")

r03xy + labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC)), y=expression(-log[10](FDR)))

# 自定义颜色

r03xyp = r03xy + labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC)), y=expression(-log[10](FDR)))

r03xyp + scale_color_manual(values =c("green","black", "red"))

volcano = r03xyp +scale_color_manual(values = c("#00ba38","#619cff","#f8766d"))

# 添加阈值线

volcano+geom_hline(yintercept=1.3)+geom_vline(xintercept=c(-1,1))

volcano+geom_hline(yintercept=1.3,linetype=4)+geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype=4)

# 保存图片

ggsave("volcano.png")

ggsave("volcano8.png",volcano,width=8,height=8)

Miss甄

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lishichunqiu2

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taojun7054602

太漂亮了，请问箱图的代码是什么呢？那个分享的我做了不对

小圆

taojun7054602 发表于 2016.1.16 21:37
太漂亮了，请问箱图的代码是什么呢？那个分享的我做了不对

具体是哪里不对可以说具体点嘛亲

chenSH

，太好了，谢谢楼主！

suny

漂亮

suny

不错

chenSH

帮助文档链接，不是在网页直接输入的吗?我把网址输入，打不开。

chenSH

好吧，谢谢周老师，你能再给我回答一下，怎么改变工作路径吗？那天看完你录的视频，没记下来。想用你的传的数据，试一下这个火山图，结果没法读取数据。

qh2012

请教一下，数据里面的FC，用的是R3/R0还是R3-R0计算的呢，两种计算方法有区别吗？谢谢

生物信息学

qh2012 发表于 2016.1.19 17:30
请教一下，数据里面的FC，用的是R3/R0还是R3-R0计算的呢，两种计算方法有区别吗？谢谢 ...

FC = Fold Change， 算的是倍数变化，所以是R3/R0

xk995

太赞了  大顶

yukaifan

您好，可以帮忙看看什么原因吗。运行到设置坐标轴时出现，
> r03 + geom_point(aes(color=significant))
> r03xy = r03 +geom_point(aes(color=significant)) + xlim(-4,4) + ylim(0,30)
> r03xy + labs(title="Volcanoplot",x="log2(FC)")
Warning message:
Removed 6353 rows containing missing values (geom_point).
> r03xy + labs(title="Volcanoplot",x=expression(log[2](FC)), y=expression(-log[10](FDR)))
Warning message:
Removed 6353 rows containing missing values (geom_point).
>

生物信息学

yukaifan 发表于 2016.2.21 09:58
您好，可以帮忙看看什么原因吗。运行到设置坐标轴时出现，
> r03 + geom_point(aes(color=significant))
>  ...

首先这个只是个warning，并不会影响程序执行。

warning的内容就会告诉你，在你设置了坐标轴范围之后，会有多少点被过滤掉（即不在你设置的坐标范围之内）

yukaifan

生物信息学 发表于 2016.2.23 09:12
首先这个只是个warning，并不会影响程序执行。

warning的内容就会告诉你，在你设置了坐标轴范围之后，会 ...

哦，谢谢

xk995

大赞，输入data的格式只能是tsv的么？

生物信息学

xk995 发表于 2016.3.17 15:50
大赞，输入data的格式只能是tsv的么？

tsv是一种用来表示纯文本的表格文件的后缀，其中你叫其他的名字也可以，只要内容符合要求即可。

dabaouc

生物信息学 发表于 2016.4.12 11:31
tsv是一种用来表示纯文本的表格文件的后缀，其中你叫其他的名字也可以，只要内容符合要求即可。 ...

制表分隔符的txt也行呗？

生物信息学

dabaouc 发表于 2016.4.13 10:02
制表分隔符的txt也行呗？

是的，其实是一种格式