第12期在线交流 R语言入门——软件简介与实操【视频】

生物信息学 · 发表于 2016.1.14 15:51:21

platove 发表于 2016.1.14 15:42
还有一个问题，ggplot画热图如何修改legend，怎么使legend表达具体的含义，比如X相关系数R2，中的2如何改为 ...

上下标问题可以通过expression函数来实现，具体可以自己查看下帮助文档。或者百度需求更详细的解答。

犬夜× · 发表于 2016.1.14 15:51:28

我想问你们公司分析流程中图形都是使用R语言绘制的吗？
什么时候会给我们具体讲解用R绘图

生物信息学 · 发表于 2016.1.14 15:52:54

huixiong2011 发表于 2016.1.14 15:43
想要请教一下，在这个命令：fig.data= boxplot(len~supp,data=ToothGrowth,col="red") 里面，图片会自动保 ...

并不会，boxplot返回的是一些统计值，图片会显示在图片框，需要重新保存。

大熊 · 发表于 2016.1.14 15:53:08

生物信息学发表于 2016.1.14 15:40
添加新的列: data$add = add_array
添加新的行: data[last_index+1,] = add_array
定义行名: rownames(d ...

好的我现在试试看

生物信息学 · 发表于 2016.1.14 15:53:50

taojun7054602 发表于 2016.1.14 15:43
老师如何做火山图

火山图就是散点图，需要做的话就是如何理解火山图的含义，理解好了就好画了，稍后可以另开一贴共享下火山图的代码。

platove · 发表于 2016.1.14 15:54:03

生物信息学发表于 2016.1.14 15:51
上下标问题可以通过expression函数来实现，具体可以自己查看下帮助文档。或者百度需求更详细的解答。 ...

谢谢老师

生物信息学 · 发表于 2016.1.14 15:55:29

carol 发表于 2016.1.14 15:44
大神，我想问一下：
绘图和统计的输入数据，都需要整理成和范例文件的格式一致吗？
例如，boxplot(len~ dos ...

不熟悉R语言的话，最高效的方法就是再Excel里面自己准备好，或者用其他的语言转换好。然后用R读取后直接使用。

platove · 发表于 2016.1.14 15:57:13

本帖最后由 platove 于 2016.1.14 15:58 编辑

KEGG富集的多因子（p值，基因数目，还有其他的哦）散点图/气泡图是怎么画的？谢谢老师

生物信息学 · 发表于 2016.1.14 15:58:02

犬夜× 发表于 2016.1.14 15:51
我想问你们公司分析流程中图形都是使用R语言绘制的吗？
什么时候会给我们具体讲解用R绘图
...

绘图是一门大的学问，公司分析的结果里面有一大部分是用R语言做的，也有一部分是使用其他语言绘制的。想更深入了解可以参加我们的线下培训班。

chenSH · 发表于 2016.1.14 15:59:01

今天是在这里交流吗？怎么没反应呀

qh2012 · 发表于 2016.1.14 15:59:06

老师您好，有一个关于heatmap的问题，在heatmap的展示的时候，通常会有一个色块的标识，有的是从负数到正数，如-5 0 5，有的是0-1.这两种方法有区别吗，我知道第一种是规一化处理后的，能否说一下后一种的原理，谢谢

Arya · 发表于 2016.1.14 15:59:20

生物信息学发表于 2016.1.14 15:52
并不会，boxplot返回的是一些统计值，图片会显示在图片框，需要重新保存。
...

也就是说fig.data的作用就是用来查看分析数据的？

王思聪老公 · 发表于 2016.1.14 15:59:26

为什么R软件是免费的啊？唉，有钱都不赚。。。

生物信息学 · 发表于 2016.1.14 16:00:46

platove 发表于 2016.1.14 15:57
KEGG富集的多因子（p值，基因数目，还有其他的哦）散点图/气泡图是怎么画的？谢谢老师
...

就是散点图，只不过是填充了颜色，改变了大小，把二维的散点图添加了另外两个维度的展示。稍后也可以另开一贴共享这个代码。

platove · 发表于 2016.1.14 16:03:58

生物信息学发表于 2016.1.14 16:00
就是散点图，只不过是填充了颜色，改变了大小，把二维的散点图添加了另外两个维度的展示。稍后也可以另开 ...

好的谢谢

生物信息学 · 发表于 2016.1.14 16:04:45

qh2012 发表于 2016.1.14 15:59
老师您好，有一个关于heatmap的问题，在heatmap的展示的时候，通常会有一个色块的标识，有的是从负数到正数 ...

就是均一化的方法不同，-5,0,5这种你可以参见下zscore的方法，0,1就是(x-min(x))/(max(x)-min(x))

生物信息学 · 发表于 2016.1.14 16:05:20

王思聪老公发表于 2016.1.14 15:59
为什么R软件是免费的啊？唉，有钱都不赚。。。

因为R语言的作者跟我一样善良

platove · 发表于 2016.1.14 16:06:28

生物信息学发表于 2016.1.14 16:00
就是散点图，只不过是填充了颜色，改变了大小，把二维的散点图添加了另外两个维度的展示。稍后也可以另开 ...

对了老师顺便把go富集的条形图也讲一讲谢谢

DNA · 发表于 2016.1.14 16:07:11

生物信息学发表于 2016.1.14 16:05
因为R语言的作者跟我一样善良

不信啊( ⊙ o ⊙ )啊！腹黑~~~

生物信息学 · 发表于 2016.1.14 16:08:58

platove 发表于 2016.1.14 16:06
对了老师顺便把go富集的条形图也讲一讲谢谢

就是一个条形图，Excel都可以画，当然推荐使用R语言，尤其是ggplot2，公司的图现在是用svg画的，如果你想画的跟公司一样那就有点难了。