楼主: 小圆

第12期在线交流 R语言入门——软件简介与实操【视频】

  [复制链接]

版主

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
5
注册时间
2015.12.21
在线时间
71 小时

突出贡献论坛元老


发表于 2016.1.14 15:51:21 | 显示全部楼层
platove 发表于 2016.1.14 15:42
还有一个问题,ggplot画热图如何修改legend,怎么使legend表达具体的含义,比如X相关系数R2,中的2如何改为 ...

上下标问题可以通过expression函数来实现,具体可以自己查看下帮助文档。或者百度需求更详细的解答。
回复 支持 反对

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
161
注册时间
2015.11.14
在线时间
78 小时

发表于 2016.1.14 15:51:28 | 显示全部楼层
我想问你们公司分析流程中图形都是使用R语言绘制的吗?
什么时候会给我们具体讲解用R绘图
我的意中人是一个盖世英雄,有一天他会踩着七彩祥云来娶我……
回复 支持 反对

使用道具 举报

版主

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
5
注册时间
2015.12.21
在线时间
71 小时

突出贡献论坛元老


发表于 2016.1.14 15:52:54 | 显示全部楼层
huixiong2011 发表于 2016.1.14 15:43
想要请教一下,在这个命令:fig.data= boxplot(len~supp,data=ToothGrowth,col="red") 里面,图片会自动保 ...

并不会,boxplot返回的是一些统计值,图片会显示在图片框,需要重新保存。
回复 支持 反对

使用道具 举报

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
7
注册时间
2015.11.24
在线时间
15 小时

发表于 2016.1.14 15:53:08 | 显示全部楼层
生物信息学 发表于 2016.1.14 15:40
添加新的列: data$add = add_array
添加新的行: data[last_index+1,] = add_array
定义行名: rownames(d ...

好的 我现在试试看  
回复 支持 反对

使用道具 举报

版主

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
5
注册时间
2015.12.21
在线时间
71 小时

突出贡献论坛元老


发表于 2016.1.14 15:53:50 | 显示全部楼层

火山图就是散点图,需要做的话就是如何理解火山图的含义,理解好了就好画了,稍后可以另开一贴共享下火山图的代码。
回复 支持 反对

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
27
注册时间
2016.1.8
在线时间
453 小时

发表于 2016.1.14 15:54:03 | 显示全部楼层
生物信息学 发表于 2016.1.14 15:51
上下标问题可以通过expression函数来实现,具体可以自己查看下帮助文档。或者百度需求更详细的解答。 ...

谢谢 老师
新的一天加油!
回复 支持 反对

使用道具 举报

版主

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
5
注册时间
2015.12.21
在线时间
71 小时

突出贡献论坛元老


发表于 2016.1.14 15:55:29 | 显示全部楼层
carol 发表于 2016.1.14 15:44
大神,我想问一下:
绘图和统计的输入数据,都需要整理成和范例文件的格式一致吗?
例如,boxplot(len~ dos ...

不熟悉R语言的话,最高效的方法就是再Excel里面自己准备好,或者用其他的语言转换好。然后用R读取后直接使用。
回复 支持 反对

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
27
注册时间
2016.1.8
在线时间
453 小时

发表于 2016.1.14 15:57:13 | 显示全部楼层
本帖最后由 platove 于 2016.1.14 15:58 编辑

KEGG富集的多因子(p值,基因数目,还有其他的哦)散点图/气泡图是怎么画的?谢谢老师
新的一天加油!
回复 支持 反对

使用道具 举报

版主

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
5
注册时间
2015.12.21
在线时间
71 小时

突出贡献论坛元老


发表于 2016.1.14 15:58:02 | 显示全部楼层
犬夜× 发表于 2016.1.14 15:51
我想问你们公司分析流程中图形都是使用R语言绘制的吗?
什么时候会给我们具体讲解用R绘图
...

绘图是一门大的学问,公司分析的结果里面有一大部分是用R语言做的,也有一部分是使用其他语言绘制的。想更深入了解可以参加我们的线下培训班。
回复 支持 反对

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
1
注册时间
2015.12.29
在线时间
20 小时

发表于 2016.1.14 15:59:01 | 显示全部楼层
今天是在这里交流吗?怎么没反应呀

点评

交流已经开始了,嘉宾正在跟帖回答大家的问题 嘉宾ID“生物信息学”  发表于 2016.1.14 16:00
回复 支持 反对

使用道具 举报

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
3
注册时间
2016.1.8
在线时间
27 小时

发表于 2016.1.14 15:59:06 | 显示全部楼层
老师您好,有一个关于heatmap的问题,在heatmap的展示的时候,通常会有一个色块的标识,有的是从负数到正数,如-5 0 5,有的是0-1.这两种方法有区别吗,我知道第一种是规一化处理后的,能否说一下后一种的原理,谢谢
回复 支持 反对

使用道具 举报

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
0
注册时间
2015.12.8
在线时间
9 小时

发表于 2016.1.14 15:59:20 | 显示全部楼层
生物信息学 发表于 2016.1.14 15:52
并不会,boxplot返回的是一些统计值,图片会显示在图片框,需要重新保存。
...

也就是说fig.data的作用就是用来查看分析数据的?
回复 支持 反对

使用道具 举报

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
0
注册时间
2015.12.17
在线时间
4 小时

发表于 2016.1.14 15:59:26 | 显示全部楼层
为什么R软件是免费的啊? 唉,有钱都不赚。。。

点评

思聪你肘开……  发表于 2016.1.14 16:08
哥有钱,哥任性!
回复 支持 反对

使用道具 举报

版主

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
5
注册时间
2015.12.21
在线时间
71 小时

突出贡献论坛元老


发表于 2016.1.14 16:00:46 | 显示全部楼层
platove 发表于 2016.1.14 15:57
KEGG富集的多因子(p值,基因数目,还有其他的哦)散点图/气泡图是怎么画的?谢谢老师
...

就是散点图,只不过是填充了颜色,改变了大小,把二维的散点图添加了另外两个维度的展示。稍后也可以另开一贴共享这个代码。
回复 支持 反对

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
27
注册时间
2016.1.8
在线时间
453 小时

发表于 2016.1.14 16:03:58 | 显示全部楼层
生物信息学 发表于 2016.1.14 16:00
就是散点图,只不过是填充了颜色,改变了大小,把二维的散点图添加了另外两个维度的展示。稍后也可以另开 ...

好的 谢谢
新的一天加油!
回复 支持 反对

使用道具 举报

版主

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
5
注册时间
2015.12.21
在线时间
71 小时

突出贡献论坛元老


发表于 2016.1.14 16:04:45 | 显示全部楼层
qh2012 发表于 2016.1.14 15:59
老师您好,有一个关于heatmap的问题,在heatmap的展示的时候,通常会有一个色块的标识,有的是从负数到正数 ...

就是均一化的方法不同,-5,0,5这种你可以参见下zscore的方法,0,1就是(x-min(x))/(max(x)-min(x))
回复 支持 反对

使用道具 举报

版主

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
5
注册时间
2015.12.21
在线时间
71 小时

突出贡献论坛元老


发表于 2016.1.14 16:05:20 | 显示全部楼层
王思聪老公 发表于 2016.1.14 15:59
为什么R软件是免费的啊? 唉,有钱都不赚。。。

因为R语言的作者跟我一样善良

评分

参与人数 2奥币 +4 收起 理由
小圆 + 2 善良值2个奥币……
基迪奥-周煌凯 + 2

查看全部评分

回复 支持 3 反对 0

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
27
注册时间
2016.1.8
在线时间
453 小时

发表于 2016.1.14 16:06:28 | 显示全部楼层
生物信息学 发表于 2016.1.14 16:00
就是散点图,只不过是填充了颜色,改变了大小,把二维的散点图添加了另外两个维度的展示。稍后也可以另开 ...

对了 老师 顺便把go富集的条形图也讲一讲 谢谢
新的一天加油!
回复 支持 反对

使用道具 举报

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
0
注册时间
2015.12.21
在线时间
12 小时

发表于 2016.1.14 16:07:11 | 显示全部楼层
生物信息学 发表于 2016.1.14 16:05
因为R语言的作者跟我一样善良

不信啊( ⊙ o ⊙ )啊!    腹黑~~~
消灭零回复
回复 支持 反对

使用道具 举报

版主

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
5
注册时间
2015.12.21
在线时间
71 小时

突出贡献论坛元老


发表于 2016.1.14 16:08:58 | 显示全部楼层
platove 发表于 2016.1.14 16:06
对了 老师 顺便把go富集的条形图也讲一讲 谢谢

就是一个条形图,Excel都可以画,当然推荐使用R语言,尤其是ggplot2,公司的图现在是用svg画的,如果你想画的跟公司一样那就有点难了。
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

快速回复 返回顶部 返回列表