第12期在线交流 R语言入门——软件简介与实操【视频】

砸牛顿的苹果

我想问：R分析的结果的输出，例如write.table 必须是 数据框格式的数据吗？如果分析结果的数据不是数据框格式的该怎么办？

故事的诗

老师们~ Window 系统下的R脚本，在linux系统下可以运行的么？

Flier

请问我使用R语言分析数据，如何保存我的操作历史。这样下次重开软件的时候，不需要重新设置工作路径，同时可以翻阅之前的分析记录。

ligwsaas

周老师 有用R做主成分分析的程序吗？谢谢

platove

生物信息学 发表于 2016.1.14 15:35
建议使用pheatmap或者heatmap.2来画热图，ggplot2画的热图不支持聚类。
关于用R语言画热图可以参见：http ...

啊啊啊 好激动 谢谢老师

楼主请留步

大神，请问我在使用write.table的时候怎么总是出现下面的报错，错误于scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings。大神，求解答

生物信息学

大熊 发表于 2016.1.14 15:33
老师老师~~我应该怎样在已有的数据框加入一个新的列 或者 新的行，还有定义行名或列名？ ...

添加新的列: data$add = add_array
添加新的行: data[last_index+1,] = add_array
定义行名: rownames(data) = names_array
定义列名: colnames(data) = names_array

注意下数组的长度要保持一致，不然会报错

1152648966

今天不出视屏了吗？

platove

还有一个问题，ggplot画热图如何修改legend，怎么使legend表达具体的含义，比如X相关系数R2，中的2如何改为上标？

生物信息学

砸牛顿的苹果 发表于 2016.1.14 15:35
我想问：R分析的结果的输出，例如write.table 必须是 数据框格式的数据吗？如果分析结果的数据不是数据框格 ...

必须是frame或者matrix格式，不是的话就转成这两种格式。

huixiong2011

想要请教一下，在这个命令：fig.data= boxplot(len~supp,data=ToothGrowth,col="red") 里面，图片会自动保存在变量 fig.data 里吗。谢谢了。

生物信息学

故事的诗 发表于 2016.1.14 15:35
老师们~ Window 系统下的R脚本，在linux系统下可以运行的么？

可以运行的，R语言是跨平台的，但是要注意版本，有时候版本变动会总成一些函数的参数或者用法发生改变。

taojun7054602

老师如何做火山图

carol

大神，我想问一下：
绘图和统计的输入数据，都需要整理成和范例文件的格式一致吗？
例如，boxplot(len~ dose, data = ToothGrowth,col="red")
画盒形图，一定需要将格式整理成范例数据 ToothGrowth的格式吗？
如何高效地将格式整理为范例文件一样的格式？

生物信息学

Flier 发表于 2016.1.14 15:35
请问我使用R语言分析数据，如何保存我的操作历史。这样下次重开软件的时候，不需要重新设置工作路径，同时 ...

你再退出R语言的时候，R语言就会提醒你保存你的操作历史，如果你选择yes，在你的工作目录就会生成一个RHistory的文件，你下次就可以直接使用了。
还有就是养成脚本编写的习惯，提高代码的使用效率。

生物信息学

ligwsaas 发表于 2016.1.14 15:36
周老师 有用R做主成分分析的程序吗？谢谢

R做PCA分析的脚本稍后会再开一贴共享代码。

sky

周老师，如何画位置分布图？谢谢

故事的诗

生物信息学 发表于 2016.1.14 15:43
可以运行的，R语言是跨平台的，但是要注意版本，有时候版本变动会总成一些函数的参数或者用法发生改变。 ...

好的，谢谢老师

基迪奥-周煌凯

生物信息学 发表于 2016.1.14 15:29
周老师是看着我的代码长大的，所以周老师不在也可以问的。

正解，我看着艾鹏同学的代码学会R的。今天出差，大家就向我师傅学习就ok了。

生物信息学

楼主请留步 发表于 2016.1.14 15:38
大神，请问我在使用write.table的时候怎么总是出现下面的报错，错误于scan(file, what, nmax, sep, dec, qu ...

你的输入数据有些特殊的字符，或者分隔符设置的不对。

经常遇到的问题是分隔符，因为R语言默认是空格和制表符都分隔，但是我们的通常的需求是只要按照制表符来分隔（尤其是注释的表格），如果用sep="\t"来设置好对应的分隔符即可。

另外还要检查下数据是不是行列都对齐的，不对齐就会报错。暂时回答这么多。