楼主: 小圆

第12期在线交流 R语言入门——软件简介与实操【视频】

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钵水母

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发表于 2016.1.14 15:35:16 | 显示全部楼层
我想问:R分析的结果的输出,例如write.table 必须是 数据框格式的数据吗?如果分析结果的数据不是数据框格式的该怎么办?
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钵水母

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发表于 2016.1.14 15:35:31 | 显示全部楼层
老师们~ Window 系统下的R脚本,在linux系统下可以运行的么?
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钵水母

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发表于 2016.1.14 15:35:45 | 显示全部楼层
请问我使用R语言分析数据,如何保存我的操作历史。这样下次重开软件的时候,不需要重新设置工作路径,同时可以翻阅之前的分析记录。
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钵水母

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发表于 2016.1.14 15:36:56 | 显示全部楼层
周老师 有用R做主成分分析的程序吗?谢谢
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迅猛龙

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发表于 2016.1.14 15:38:42 | 显示全部楼层
生物信息学 发表于 2016.1.14 15:35
建议使用pheatmap或者heatmap.2来画热图,ggplot2画的热图不支持聚类。
关于用R语言画热图可以参见:http ...

啊啊啊 好激动 谢谢老师
新的一天加油!
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钵水母

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发表于 2016.1.14 15:38:47 | 显示全部楼层
大神,请问我在使用write.table的时候怎么总是出现下面的报错,错误于scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings。大神,求解答
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突出贡献论坛元老


发表于 2016.1.14 15:40:22 | 显示全部楼层
大熊 发表于 2016.1.14 15:33
老师老师~~我应该怎样在已有的数据框加入一个新的列 或者 新的行,还有定义行名或列名? ...

添加新的列: data$add = add_array
添加新的行: data[last_index+1,] = add_array
定义行名: rownames(data) = names_array
定义列名: colnames(data) = names_array

注意下数组的长度要保持一致,不然会报错
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草履虫

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发表于 2016.1.14 15:42:15 | 显示全部楼层
今天不出视屏了吗?

点评

视频已在沙发中公布,你看下哈~  发表于 2016.1.14 15:43
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迅猛龙

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发表于 2016.1.14 15:42:22 | 显示全部楼层
还有一个问题,ggplot画热图如何修改legend,怎么使legend表达具体的含义,比如X相关系数R2,中的2如何改为上标?
新的一天加油!
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发表于 2016.1.14 15:42:22 | 显示全部楼层
砸牛顿的苹果 发表于 2016.1.14 15:35
我想问:R分析的结果的输出,例如write.table 必须是 数据框格式的数据吗?如果分析结果的数据不是数据框格 ...

必须是frame或者matrix格式,不是的话就转成这两种格式。
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钵水母

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发表于 2016.1.14 15:43:00 | 显示全部楼层
想要请教一下,在这个命令:fig.data= boxplot(len~supp,data=ToothGrowth,col="red") 里面,图片会自动保存在变量 fig.data 里吗。谢谢了。
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发表于 2016.1.14 15:43:02 | 显示全部楼层
故事的诗 发表于 2016.1.14 15:35
老师们~ Window 系统下的R脚本,在linux系统下可以运行的么?

可以运行的,R语言是跨平台的,但是要注意版本,有时候版本变动会总成一些函数的参数或者用法发生改变。
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帝王蝶

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发表于 2016.1.14 15:43:51 来自手机 | 显示全部楼层
老师如何做火山图
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钵水母

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发表于 2016.1.14 15:44:49 | 显示全部楼层
大神,我想问一下:
绘图和统计的输入数据,都需要整理成和范例文件的格式一致吗?
例如,boxplot(len~ dose, data = ToothGrowth,col="red")
画盒形图,一定需要将格式整理成范例数据 ToothGrowth的格式吗?
如何高效地将格式整理为范例文件一样的格式?
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发表于 2016.1.14 15:45:10 | 显示全部楼层
Flier 发表于 2016.1.14 15:35
请问我使用R语言分析数据,如何保存我的操作历史。这样下次重开软件的时候,不需要重新设置工作路径,同时 ...

你再退出R语言的时候,R语言就会提醒你保存你的操作历史,如果你选择yes,在你的工作目录就会生成一个RHistory的文件,你下次就可以直接使用了。
还有就是养成脚本编写的习惯,提高代码的使用效率。
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发表于 2016.1.14 15:46:17 | 显示全部楼层
ligwsaas 发表于 2016.1.14 15:36
周老师 有用R做主成分分析的程序吗?谢谢

R做PCA分析的脚本稍后会再开一贴共享代码。
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钵水母

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发表于 2016.1.14 15:47:04 | 显示全部楼层
周老师,如何画位置分布图?谢谢
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钵水母

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发表于 2016.1.14 15:47:08 | 显示全部楼层
生物信息学 发表于 2016.1.14 15:43
可以运行的,R语言是跨平台的,但是要注意版本,有时候版本变动会总成一些函数的参数或者用法发生改变。 ...

好的,谢谢老师
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活跃会员论坛元老


发表于 2016.1.14 15:47:47 | 显示全部楼层
生物信息学 发表于 2016.1.14 15:29
周老师是看着我的代码长大的,所以周老师不在也可以问的。

正解,我看着艾鹏同学的代码学会R的。今天出差,大家就向我师傅学习就ok了。
新的一天加油!
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发表于 2016.1.14 15:48:41 | 显示全部楼层
楼主请留步 发表于 2016.1.14 15:38
大神,请问我在使用write.table的时候怎么总是出现下面的报错,错误于scan(file, what, nmax, sep, dec, qu ...

你的输入数据有些特殊的字符,或者分隔符设置的不对。

经常遇到的问题是分隔符,因为R语言默认是空格和制表符都分隔,但是我们的通常的需求是只要按照制表符来分隔(尤其是注释的表格),如果用sep="\t"来设置好对应的分隔符即可。

另外还要检查下数据是不是行列都对齐的,不对齐就会报错。暂时回答这么多。
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