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[转录组] 如何用RNA-seq的数据检测micro-RNA和lncRNA

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钵水母

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发表于 2016.1.7 09:38:35 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本人用RNA-seq找了2组间的差异表达基因,想找一下micro-RNA和lncRNA,请问哪位大神可以说一下分析micro-RNA和lncRNA的流程和所用到的软件啊?
大家加油哇
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钵水母

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优秀版主


发表于 2016.1.7 17:31:52 | 显示全部楼层
1、由于mRNA与miRNA的长度不同,RNA-seq和miRNA的建库方式不一样。因此,一般情况下,在RNA-seq数据中应该不存在miRNA的数据。

2、而对于lncRNA而言,如果你当初的RNA-seq是基于普通文库进行建库的,而lncRNA与mRNA本身具有很高的相似性,那么分析lncRNA可能会出现比较高的假阳性;假如你当初的RNA-seq项目是基于链特异性文库的话,那么是可以分析lncRNA数据的,已知的lncRNA可以根据物种对应的gtf文件获得(比如说人),而对于lncRNA的预测,可以采用cpc和cnci两个软件。


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钵水母

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 楼主| 发表于 2016.1.26 20:16:17 | 显示全部楼层
谢谢您的回答
大家加油哇
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钵水母

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发表于 2016.10.1 23:04:18 | 显示全部楼层
灰常专业,目前还不知道CPC和CNCI,慢慢学习lncRNA中,无从下手
来了来了
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