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第7期在线交流“重测序基因定位思路解析——QTL定位"

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发表于 2016.1.4 13:13:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
第7期在线交流“重测序基因定位思路解析”回顾


2015年11月4日,基迪奥在信息交流群(QQ群:67185986)举办了重测序基因定位思路解析交流会,交流的问答整理如下:



问1:SLAF与2D-RAD哪种好?
答:没有什么区别。两个技术的建库策略和分析策略都是类似的,只是不同公司的命名规则不同而已。

问2:GBS和2D-RAD有什么区别?
答:其实不同公司取的名字,其实2D-RAD 就是双酶切RAD,其实就是GBS,如果两端是酶切位点就是GBS。
关键是你需要得到多少标记,需要多大测序量。一般RAD得到的分子标记会多一点,但是一般来说对后续分析是没有什么本质区别的。

问3:全基因组也需要连接tag吗?
答:不涉及到加标签的问题,所以不需要。

问4:BSA-seq 需要有参吧?
答:是的,需要参考基因组。

问5:BSA-seq非等量混合池引起的误差大吗
答:有一定影响,但其实如果有适当控制(做好定量工作),影响不是很大。

问6:BSA-seq 对RIL群体数量性状哪一代比较好?
答:如果是RIL群体,意味着自交6代以上了,应该不会有区别。
混合池值计算,是计算与隐性亲本相同的SNP频率吗?
其实计算显性基因型频率和隐性基因型频率是等效的。建议计算目标性状相关亲本的基因型频率。

问7:数量性状的话,环境的影响呢?
答:可以算一下遗传力,比如你的遗传力只有50%的话,那么QTL的影响最大也不会超过50%

问8:数量性状F2代构建图谱,F2代群体没办法重复,影响大不大?
答:F2确是存在这样一个问题,因为F2代是一个临时群体。今年研究了明年就没有办法重复验证。如果F2代你研究的是单一性状,比如高和低的性状,那么可以直接选择极端个体,做选择基因型分析的方法,找到一个QTL位点。明年再做极端个体,验证一下这个QTL位点。如果是永久群体,建议用全基因型分析。如果是多个性状,就只能选择基因型分析了。

问9:数量性状是不是RIL要好与NIL?
答:这是看你的选择,NIL是近等基因系。RIL是完全没有经过回交的, 所以信息较全,如果是是初步分析这个性状,当然用RIL最好,因为他没有经过任何的回交跟选择,保留的信息最全;如果做精细定位的话,用NIL可能更好。

问10:数量性状的话用什么群体的材料好?用什么策略好呢?
答:如果有RIL群体最好了,因为可以重复验证,但最少要自交6代。如果比较确定有主效基因,可以选择BSA做一个筛选,如果不确定,可以考虑选择基因型分析,定位更加精细。。选择什么策略,还要看性状的特点而定。比如你做抗病的,一般都有一个主效位点,比如R基因,可以识别一个效应蛋白,所以这时当然可以做个BSA了。

问11:RAD和GBS么区别?对于材料家系的选择是如何选择?F1还是BC1或者F2好?如果是种间杂交,需要挑选哪种家系材料以及选择哪种策略?
答:基本原理一样,GBS是对标签进行检测,检测两端都是酶切位点,按照经验一般将会检测基因组1%-3%的区域,测得区域更小;RAD一端是酶切位点,一端是超声波打断,所以它测到的位点数更大。但同时,测到的区域多也是一把双刃剑,因为价格也更贵,而且也不是说标签多就好,也考虑成本,够用就可以了。

问12:如果你有永久群体就更好,如果没有那么用F2代也可以。
答:杂交后代得到F1已经有亲本基因型分离了,这类技术策略称之为拟测交,比较特殊,一般用在林木、鱼类等亲本基因型高度杂合,而又不便于多代杂交的材料。BC群体主要可以考虑后续的精细定位,一般定位的临时群体,建议用F2,所以如果是QTL定位用F2代会更好一点。

问13:没办法重复对基因定位影响不大吧?
答:比较大,最好要验证一下,就是今年跟明年的基因定位结果有可能是不一样的。

问14:请问RNA-Seq无参的话可以研究SNP吗?
答:可以,但是SNP可靠性比较差

问15:分蘖遗传力只有46%,GWAS有比较适用的模型吗?如何令GWAS更准确?
答:植物用得比较多的模型是混合实验模型,一般使用混合线性模型。这样会减少假阳性率。


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 楼主| 发表于 2016.1.4 13:49:48 | 显示全部楼层
问16:遗传力低的农艺性状,如何更准确定位到基因?
答:遗传力低意味着环境对性状影响非常大。既然做遗传力的话,那么要让环境更加稳定,因为环境不稳定,那么环境的效应会非常大, 基因的效应会被压制。所以要想办法控制环境。

问17:极端混合池:可以取样时先把等量叶片混合好,然后再提取DNA就成了混合池了;或者个体提取DNA然后再混合DNA。哪个方法好?
答:按照经验,用混合池的方法,如果有主效基因的话,可以用叶片等量混合的方法,再提取DNA,当然叶片最好也比较均一。比如不能一些一些叶片快要腐败,一些又很新鲜,如果样本差不多,就可以这样操作。毫无疑问,肯定是先提DNA在等量混合比较好,误差比较小但是工作量会比较大。

问18:BC5F6可以对用BSA定位一些效应小的QTL么?
答:这样的材料已经回交5代了,遗传背景已经非常类似了,是可以定位一些效应小的QTL的。

问19:小麦数量性状定位怎么解决好呢?
答:目前没有特别好的思路。因为小麦基因组比较差,大部分染色体都在scaffold水平,小麦基因组装的水平都是一些碎片,所以可以做些QTL分析吧,但是要做精细定位比较困难。

问20:mutmap 方法可以鉴定T-DNA获得的突变体吗?
答:应该不理想的,mutmap是利用野生型的突变池之间的差别来做定位的,但T-DNA虽然会引入SNP突变, 但是SNP突变的密度是不够的,所以是T-DNA的话我不建议你用mutmap。使用不同品种杂交的方法更好。

问21:那如果是自然突变体呢,可以用mutmap吗?
答:也不能。建议用QTL-seq ,虽然思路大同小异,但是有细微差别。


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帝王蝶

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钵水母

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thank you,下载学习了
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帝王蝶

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发表于 2016.4.10 12:40:36 | 显示全部楼层
解答很详细
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钵水母

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学习了!
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非常感谢
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谢谢分享!
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发表于 2016.9.7 10:17:44 | 显示全部楼层

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加油!
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钵水母

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感谢分享,努力学习
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钵水母

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发表于 2016.9.30 15:45:53 | 显示全部楼层
要是有视频就更好了~~
然后呢,一起加油吧。
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 楼主| 发表于 2016.9.30 17:32:26 | 显示全部楼层
dai_dai_ 发表于 2016.9.30 15:45
要是有视频就更好了~~

第8期开始录视频的,前期都没有视频
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钵水母

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小瑶 发表于 2016.9.30 17:32
第8期开始录视频的,前期都没有视频

哦哦哦 好的,了解了
然后呢,一起加油吧。
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钵水母

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好好学习下!很不错
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发表于 2016.12.4 11:38:08 | 显示全部楼层
错过了
我要看看,我到底有多么的喜欢你!
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钵水母

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