2015年11月4日，基迪奥在信息交流群（QQ群：67185986）举办了重测序基因定位思路解析交流会，交流的问答整理如下：
问1：SLAF与2D-RAD哪种好？ 答：没有什么区别。两个技术的建库策略和分析策略都是类似的，只是不同公司的命名规则不同而已。
问2：GBS和2D-RAD有什么区别？ 答：其实不同公司取的名字，其实2D-RAD 就是双酶切RAD，其实就是GBS，如果两端是酶切位点就是GBS。 关键是你需要得到多少标记，需要多大测序量。一般RAD得到的分子标记会多一点，但是一般来说对后续分析是没有什么本质区别的。
问3：全基因组也需要连接tag吗？ 答：不涉及到加标签的问题，所以不需要。
问4：BSA-seq 需要有参吧？ 答：是的，需要参考基因组。
问5：BSA-seq非等量混合池引起的误差大吗 答：有一定影响，但其实如果有适当控制（做好定量工作），影响不是很大。
问6：BSA-seq 对RIL群体数量性状哪一代比较好？ 答：如果是RIL群体，意味着自交6代以上了，应该不会有区别。 混合池值计算，是计算与隐性亲本相同的SNP频率吗？ 其实计算显性基因型频率和隐性基因型频率是等效的。建议计算目标性状相关亲本的基因型频率。
问7：数量性状的话，环境的影响呢？ 答：可以算一下遗传力，比如你的遗传力只有50%的话，那么QTL的影响最大也不会超过50%
问8：数量性状F2代构建图谱，F2代群体没办法重复，影响大不大？ 答：F2确是存在这样一个问题，因为F2代是一个临时群体。今年研究了明年就没有办法重复验证。如果F2代你研究的是单一性状，比如高和低的性状，那么可以直接选择极端个体，做选择基因型分析的方法，找到一个QTL位点。明年再做极端个体，验证一下这个QTL位点。如果是永久群体，建议用全基因型分析。如果是多个性状，就只能选择基因型分析了。
问9：数量性状是不是RIL要好与NIL？ 答：这是看你的选择，NIL是近等基因系。RIL是完全没有经过回交的， 所以信息较全，如果是是初步分析这个性状，当然用RIL最好，因为他没有经过任何的回交跟选择，保留的信息最全；如果做精细定位的话，用NIL可能更好。
问10：数量性状的话用什么群体的材料好？用什么策略好呢？ 答：如果有RIL群体最好了，因为可以重复验证，但最少要自交6代。如果比较确定有主效基因，可以选择BSA做一个筛选，如果不确定，可以考虑选择基因型分析，定位更加精细。。选择什么策略，还要看性状的特点而定。比如你做抗病的，一般都有一个主效位点，比如R基因，可以识别一个效应蛋白，所以这时当然可以做个BSA了。
问11：RAD和GBS么区别？对于材料家系的选择是如何选择？F1还是BC1或者F2好？如果是种间杂交，需要挑选哪种家系材料以及选择哪种策略？ 答：基本原理一样，GBS是对标签进行检测，检测两端都是酶切位点，按照经验一般将会检测基因组1%-3%的区域，测得区域更小；RAD一端是酶切位点，一端是超声波打断，所以它测到的位点数更大。但同时，测到的区域多也是一把双刃剑，因为价格也更贵，而且也不是说标签多就好，也考虑成本，够用就可以了。
问12：如果你有永久群体就更好，如果没有那么用F2代也可以。 答：杂交后代得到F1已经有亲本基因型分离了，这类技术策略称之为拟测交，比较特殊，一般用在林木、鱼类等亲本基因型高度杂合，而又不便于多代杂交的材料。BC群体主要可以考虑后续的精细定位，一般定位的临时群体，建议用F2，所以如果是QTL定位用F2代会更好一点。
问13：没办法重复对基因定位影响不大吧？ 答：比较大，最好要验证一下，就是今年跟明年的基因定位结果有可能是不一样的。
问14：请问RNA-Seq无参的话可以研究SNP吗？ 答：可以，但是SNP可靠性比较差
问15：分蘖遗传力只有46%，GWAS有比较适用的模型吗？如何令GWAS更准确？ 答：植物用得比较多的模型是混合实验模型，一般使用混合线性模型。这样会减少假阳性率。
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发表于 2016.1.4 13:13:51
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千斤顶
楼主
发表于 2016.1.5 17:51:50
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发表于 2016.12.4 11:38:08
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