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给气泡换个色~绘制赏心悦目的富集差异气泡图!

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管理员

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发表于 2022.9.23 09:42:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
在OmicShare Tools中的富集分析工具中,上传含差异表达倍数的目的基因表格时,可以选择生成富集差异气泡图


图中,纵坐标为-log10(Pvalue),纵坐标越大,说明P值越小。例如:结合右边的前20的GO term列表,可以看出“extracellular region part”这个GO term最显著;

横坐标则为up-down normalization,即上调基因数目与下调基因数目的差值占总差异基因的比例;这里坐标越往右,则该GO term中上调基因较多,往左,则下调基因较多。

用点的大小表示GeneCount;图中的橙色线,则为P值=0.05的阈值线,在阈值线以上的气泡是显著的。

除了通过富集分析工具“一键”生成富集差异气泡图,如果已经获得富集统计表,还可以通过富集差异气泡图绘制了,运用动态工具,还可以自由调整气泡大小、颜色,让图形更美观~


数据准备


富集差异气泡图工具适用于GO/KEGG/DO/Reactome四种数据类型,我们仅需要将富集结果统计表稍作整理即可。这里以常用的KEGG为例:

第一列为一级分类,DO/Reactome的数据可以直接以DO或Reactome填充;第二类则为GO/KEGG/DO/Reactome注释ID号;第三列为pathway名称等;第四列,该通路的差异上调基因数;第五列,该通路差异下调基因数;第六列为P值或者Q值。


注意:最终绘制的图中,横坐标up-down normalization=(差异上调基因数-差异下调基因数)/(差异上调基因数+差异下调基因数),因此,数据顺序不能调换。

参数选择

输入文件后,我们可以根据需求选择P值或Q值作图,也可以选择GO/KEGG/DO/REACTOME数据类型绘图。


结果下载及调整

提交后稍等片刻即可出图!我们可以通过第一个小图标下载图片,动态富集差异气泡图点击第三个小图标“跳转查看”进入修改图形界面。


动态工具的调整界面,我们可以进行文本的一些基本调整,也可以自定义调整气泡的大小以及颜色。


最后,在下载栏,调整合适的图形宽高,就可以下载高清的svg或pdf图了,也可以选择png图形哦~~


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中华鲟

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发表于 2022.9.24 09:16:15 | 显示全部楼层
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中华鲟

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钵水母

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哇,get新技能
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迅猛龙

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迅猛龙

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中华鲟

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