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[软件使用] 分享一个绘制漂亮Venn图的小工具

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
在文献中经常看到下图这种样式的Venn图,一直以为是用R包绘制的,可花了很长时间查看了很多R包的绘制效果后,也没找到相应的R包。
ZhangHao, et al.,2021)

不过,最终还是找到了一个不知如何称呼的在线小工具,如下图,可以轻松完成这样韦恩图。


工具链接:http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

首先,准备好练习数据,如下图,表格中每列数据对应单个样本(分组)中的基因(蛋白、OUT等)。


在这个Venn图工具页面,主要有两种方式输入可我们自己的数据,如下图。第一种,上传本地文本文件。其中,每个文件只有一列数据,分别对应一组数据。不过以这种方式,整理数据比较费时,并不推荐。而另一种方式是,直接将每组数据逐一复制粘贴到不同的list框中。


工具的用法很简单,接下来就以上面的的范例数据为例,看下不同分组Venn图的绘制效果。

二组

将范例表格前两列的数据分别复制粘贴到list 1 和list 2的数据框中,list 3数据框中保持空着即可,如下图,然后添加分组名称(如这里的CK-1、TK-1)。在OUTPUT control选项中,Venn Diagram Shape选择默认的Symmetric(对称),VennDiagram Fill 选择默认的 Colored。然后,点击 Submit 按钮进行绘图。


绘制的结果如下图,结果除了Venn图也给出了不同比较组的元素(elements)数量,如CK-1组包含88个元素,TK-1组包含87个元素。


如果在 OUTPUT control 选项中,Venn Diagram Shape 选择 Non-Symmetric(非对称),则得到的Venn图如下。


此外,也给出了Venn图不同区域中所包含的元素(数量),如下图,我们可以点击 Save text result 按钮下载数据。


三组

同样的方法,将范例表格前3列的数据分别复制粘贴到list 1 、list2和list 3的数据框中,点击 Submit 按钮可得到下图的效果。


同样在 OUTPUTcontrol 选项中,当 Venn Diagram Shape 选择 Non-Symmetric时,得到的效果如下。


四组

如果分组数超过4个组数,可以点击 Add Another List 按钮继续添加,如下图。


点击 Submit 按钮后,即可得到4个分组的Venn图,如下图,与文献中的例图一模一样。点击 Save Image As SVG 按钮,以矢量图的格式保存图片,方便用于后前调整。


而在 OUTPUT control 选项中,当 Venn Diagram Fill 选择 No fill, lines only 时,可得到没有填充颜色只有描边颜色的Venn图。


同样,在 OUTPUTcontrol 选项中,Venn Diagram Shape 选择 Non-Symmetric时,得到的Venn图如下。



五组


而当分组数为5时,可以绘制出下图这样的花瓣韦恩图。


同样,VennDiagram Shape 选择 Non-Symmetric 时,得到的Venn图效果如下。


六组

但是,当分组数为6时,不能绘制出对称(Symmetric)的Venn图,如下图,只能绘制非对称(Non-Symmetric)的Venn图。


这时,在OUTPUTcontrol选项中,Venn Diagram Shape选择Non-Symmetric时,可得到6组数据的Venn图,如下。


当然,这个在线小工具绘图倒是简单,难点是如何在准备数据阶段筛选出各组中的元素。我这里推荐使用OmicShare的动态丰度维恩图和维恩图工具,如下图,除了绘制组数更多的花瓣Venn图,也可以直接上传原始的数据表格,自动指定阈值进行筛选数据并绘制Venn图。



工具链接:https://www.omicshare.com/tools/

好啦,本次的分享就到这里啦!

参考文献
Zhang, Hao, et al. "Comprehensive analysis of gene expression changes and validation in hepatocellular carcinoma." OncoTargets and therapy 14 (2021): 1021.


本文作者:基迪奥-莫北     

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