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云平台GO富集使用的背景基因文件制作

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帝王蝶

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发表于 2016.5.14 13:49:36 | 显示全部楼层 |阅读模式

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想咨询一下各位大侠,使用云平台GO富集分析时,背景文件自己怎么制作?一般有基因组的物种,所有基因的GO注释文件能够从哪儿直接下载下来用于背景文件的制作么?谢谢
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迅猛龙

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发表于 2016.5.14 15:16:21 | 显示全部楼层
是不是转录组测完之后就会有一个基因功能注释的文件,直接用那个作为富集时候的背景文件就好了?
搞定搞定!!
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发表于 2016.5.14 15:32:11 | 显示全部楼层
我个人建议是 模式生物或者基因组非常好的,注释文件可直接用
否则,还是自己重新拿组装出来的序列注释一次
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发表于 2016.5.14 15:32:42 | 显示全部楼层
XMU-WXW 发表于 2016.5.14 15:16
是不是转录组测完之后就会有一个基因功能注释的文件,直接用那个作为富集时候的背景文件就好了? ...

测完分析完就有了,总的来说,对的
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发表于 2016.5.14 15:33:26 | 显示全部楼层
XMU-WXW 发表于 2016.5.14 15:16
是不是转录组测完之后就会有一个基因功能注释的文件,直接用那个作为富集时候的背景文件就好了? ...

测完分析完就有了,总的来说,对的
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迅猛龙

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发表于 2016.5.14 15:48:33 | 显示全部楼层
Wuii 发表于 2016.5.14 15:33
测完分析完就有了,总的来说,对的

这边有一个问题,比如我测的unigene有7万多个,但是公司给的GO或者KO注释的只有2万个左右,那么我的背景文件用那个只有2万多个的文件可以么?如果不行的话,那是不是我还得找那个7万多个的文件然后自己把那2万多个有注释到的自己复制上去?
搞定搞定!!
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发表于 2016.5.14 22:09:03 | 显示全部楼层
XMU-WXW 发表于 2016.5.14 15:48
这边有一个问题,比如我测的unigene有7万多个,但是公司给的GO或者KO注释的只有2万个左右,那么我的背景 ...

7w个基因2w个有GO注释,正常,这些注释全部当背景就可以了
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迅猛龙

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发表于 2016.5.14 23:58:47 | 显示全部楼层
Wuii 发表于 2016.5.14 22:09
7w个基因2w个有GO注释,正常,这些注释全部当背景就可以了

好的,就是没注释到的就不需要了?
搞定搞定!!
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发表于 2016.5.15 00:01:15 | 显示全部楼层
XMU-WXW 发表于 2016.5.14 23:58
好的,就是没注释到的就不需要了?

嗯,没注释的,暂时也没办法。
只用有注释的就可以了
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迅猛龙

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发表于 2016.5.15 00:08:03 | 显示全部楼层
Wuii 发表于 2016.5.15 00:01
嗯,没注释的,暂时也没办法。
只用有注释的就可以了

好的,谢谢!~
搞定搞定!!
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功夫熊猫

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发表于 2016.5.15 00:16:35 来自手机 | 显示全部楼层
学习了,
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发表于 2016.5.15 06:06:31 | 显示全部楼层
如果是模式生物,这个物种的官网 或 GO 官网可以下载到GO注释。否者需要自己重新注释了。
如果你在测序公司测序和分析的,可以要求测序公司提供一份 OS-tools 范例文件格式的注释文件。提供这个文件对一个分析员来说,是很简单的事情。
新的一天加油!
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发表于 2016.5.15 06:08:11 | 显示全部楼层
XMU-WXW 发表于 2016.5.14 23:58
好的,就是没注释到的就不需要了?

即使没有注释,文件中也需要写上(那一行只有GeneID,但没有注释)。否则程序匹配的时候,找不到对应的基因ID可能会报错。
新的一天加油!
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迅猛龙

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发表于 2016.5.15 12:45:41 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.5.15 06:08
即使没有注释,文件中也需要写上(那一行只有GeneID,但没有注释)。否则程序匹配的时候,找不到对应的基 ...

好的,谢谢!~
搞定搞定!!
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钵水母

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sus scrofa,自己做注释背景基因文件(GO and KO),如何做?在哪个网站可以在线做吗,谢谢
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钵水母

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学习学习~
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中华鲟

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发表于 2016.11.23 13:55:37 | 显示全部楼层
学习中啊
新的一天加油!
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