云平台GO富集使用的背景基因文件制作

fishredcn · 发表于 2016.5.14 13:49:36

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想咨询一下各位大侠，使用云平台GO富集分析时，背景文件自己怎么制作？一般有基因组的物种，所有基因的GO注释文件能够从哪儿直接下载下来用于背景文件的制作么？谢谢

XMU-WXW · 发表于 2016.5.14 15:16:21

是不是转录组测完之后就会有一个基因功能注释的文件，直接用那个作为富集时候的背景文件就好了？

Wuii · 发表于 2016.5.14 15:32:11

我个人建议是模式生物或者基因组非常好的，注释文件可直接用
否则，还是自己重新拿组装出来的序列注释一次

Wuii · 发表于 2016.5.14 15:32:42

XMU-WXW 发表于 2016.5.14 15:16
是不是转录组测完之后就会有一个基因功能注释的文件，直接用那个作为富集时候的背景文件就好了？ ...

测完分析完就有了，总的来说，对的

Wuii · 发表于 2016.5.14 15:33:26

XMU-WXW 发表于 2016.5.14 15:16
是不是转录组测完之后就会有一个基因功能注释的文件，直接用那个作为富集时候的背景文件就好了？ ...

测完分析完就有了，总的来说，对的

XMU-WXW · 发表于 2016.5.14 15:48:33

Wuii 发表于 2016.5.14 15:33
测完分析完就有了，总的来说，对的

这边有一个问题，比如我测的unigene有7万多个，但是公司给的GO或者KO注释的只有2万个左右，那么我的背景文件用那个只有2万多个的文件可以么？如果不行的话，那是不是我还得找那个7万多个的文件然后自己把那2万多个有注释到的自己复制上去？

Wuii · 发表于 2016.5.14 22:09:03

XMU-WXW 发表于 2016.5.14 15:48
这边有一个问题，比如我测的unigene有7万多个，但是公司给的GO或者KO注释的只有2万个左右，那么我的背景 ...

7w个基因2w个有GO注释，正常，这些注释全部当背景就可以了

XMU-WXW · 发表于 2016.5.14 23:58:47

Wuii 发表于 2016.5.14 22:09
7w个基因2w个有GO注释，正常，这些注释全部当背景就可以了

好的，就是没注释到的就不需要了?

Wuii · 发表于 2016.5.15 00:01:15

XMU-WXW 发表于 2016.5.14 23:58
好的，就是没注释到的就不需要了?

嗯，没注释的，暂时也没办法。
只用有注释的就可以了

XMU-WXW · 发表于 2016.5.15 00:08:03

Wuii 发表于 2016.5.15 00:01
嗯，没注释的，暂时也没办法。
只用有注释的就可以了

好的，谢谢！~

chai1986 · 发表于 2016.5.15 00:16:35

学习了，

基迪奥-周煌凯 · 发表于 2016.5.15 06:06:31

如果是模式生物，这个物种的官网或 GO 官网可以下载到GO注释。否者需要自己重新注释了。
如果你在测序公司测序和分析的，可以要求测序公司提供一份 OS-tools 范例文件格式的注释文件。提供这个文件对一个分析员来说，是很简单的事情。

基迪奥-周煌凯 · 发表于 2016.5.15 06:08:11

XMU-WXW 发表于 2016.5.14 23:58
好的，就是没注释到的就不需要了?

即使没有注释，文件中也需要写上（那一行只有GeneID，但没有注释）。否则程序匹配的时候，找不到对应的基因ID可能会报错。

XMU-WXW · 发表于 2016.5.15 12:45:41

基迪奥-周煌凯发表于 2016.5.15 06:08
即使没有注释，文件中也需要写上（那一行只有GeneID，但没有注释）。否则程序匹配的时候，找不到对应的基 ...

好的，谢谢！~

yukaifan · 发表于 2016.5.16 14:44:23

sus scrofa，自己做注释背景基因文件(GO and KO)，如何做？在哪个网站可以在线做吗，谢谢

qzk8606 · 发表于 2016.11.11 09:38:33

学习学习~

shuangmu · 发表于 2016.11.23 13:55:37

学习中啊