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[动植物重测序] admixture分析K值问题

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帝王蝶

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发表于 2020.7.4 10:48:59 | 显示全部楼层 |阅读模式
我的重测序品种有702份,但是这些材料均来自于东北地区的栽培品种,遗传背景比较相似,不知道是不是因为这个原因,在进行admixture分析时,K值都已经到达15了,但是CV error还是在一直下降,这种情况应该怎么处理?

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中华鲟

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发表于 2020.7.15 09:00:21 | 显示全部楼层
你这个时直接用全部SNP跑的么?可以用plink 滤除一部分高LD的标记,反正admixture不考虑ld的。
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钵水母

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发表于 2020.10.18 18:02:45 | 显示全部楼层
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