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[动植物重测序] 遗传育种第二弹 | 交叉验证法

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管理员

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宣传达人优秀版主


发表于 2016.4.21 15:46:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
在另一个帖子我们分享了遗传育种研究QTL相关知识,有些同学说“差评”,因为“看完跟没看一样一样的”,呃,上期文章只是个引子啊喂,后面我们会陆续丢出精彩干货。当然,以下内容比较专业,如果你看不懂,实属正常哈~(不必怀疑自己智商……)

查看第一弹的内容请用手指猛戳这里:遗传育种第一弹 | 初识QTL

ok,上一篇帖子的最后,周老师丢出了3个问题:

1)如何建立一个有效的预测模型?
即如何最大程度的准确预测每个QTL位点的效应,以便用于预测一个性状表型值
2)不同的模型在什么样的情况下是适用的?
3)当模型从实验室走到大田(或养殖场),到底有多大的应用价值?

在讲解最优模型前,我们需要先介绍一个最经常用于模型验证的方法——交叉验证(cross validation)。

在统计建模中,如何我们建立了一个模型,那么要判断一个模型是否准确,那么该怎么办?

实践是检验真理的唯一标准。交叉验证的思想就是:

  • 在给定的群体中,将群体分为两份,一份为建模群体(training population),另一份为验证群体(validation population)。
  • 利用建模群体构建模型,并在验证群体中进行验证,以评估模型的可靠性。常用的策略就是计算预测表型值和真实表型值的相关系数,来评估模型的准确度。


思路如下图:


交叉验证有几种不同的建模群体和验证群体分类策略,最常见的一种是k折交叉验证(K-fold cross-validation)。以5折交叉验证为例,初始采样分割成5个子样本,一个单独的子样本被保留作为“验证群体”,其他4个样本混合作为建模群体,进行模型训练。交叉验证重复5次,每个子样本验证一次,平均5次的结果或者使用其它结合方式,最终得到一个单一估测。

这个方法的优势在于,同时重复运用随机产生的子样本进行训练和验证,每次的结果验证一次。示意图如下图,这样的过程为重复5次。


嗯,这就是交叉验证法了。如果大家看到这里还是一头雾水,请往上滑,再重新看3遍…

今天周老师就分享这些,如果大家还不懂,请在下面评论让周老师看到~哈哈, 关于如何建立一套有效的预测模型,我们下期再来讲解~嗯,就酱~

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迅猛龙

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发表于 2016.4.21 22:01:01 | 显示全部楼层
有收获,虽然还是不太明白
早上好!
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钵水母

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发表于 2016.4.23 13:35:18 | 显示全部楼层
训练集讲的很好啊
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中华鲟

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发表于 2016.10.6 21:56:09 | 显示全部楼层
没看太明白
新的一天加油!
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钵水母

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发表于 2016.12.6 13:51:19 | 显示全部楼层
好难,感觉
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版主

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发表于 2017.12.6 11:01:00 | 显示全部楼层
。。。。。。
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草履虫

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发表于 2019.10.4 08:43:56 | 显示全部楼层
每个子样本验证一次  不是应该是四次么   为啥是五次
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功夫熊猫

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发表于 2021.1.27 14:30:43 | 显示全部楼层
加油,加油!
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迅猛龙

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灌水之王


发表于 2021.2.1 11:17:31 | 显示全部楼层
新的一天加油!
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迅猛龙

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发表于 2021.3.16 13:28:18 | 显示全部楼层
坚持就是胜利!
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草履虫

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发表于 2021.10.16 17:31:31 | 显示全部楼层
看了三遍了,还没懂。。。
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