楼主: hht0529

【主题帖】OS-tools 趋势分析图工具使用教程和参数详解

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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.9.16 11:53:01 | 显示全部楼层
    请问,如果想做趋势分析但是没有FPKM/RPKM这样的表达量数据,只有DEseq得到的表达值可不可以做
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  • TA的每日心情

    2016.10.22 20:55
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    发表于 2016.9.17 09:51:53 | 显示全部楼层
    可是我做出来来以后,有的趋势图不显示啊,比如出来了7个profile,excle表格都有,但是PNG格式的图片,酯显示了profile0跟profile1的,在网站上看也是,后面几个的图片打开失败

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    发表于 2016.10.2 16:32:48 | 显示全部楼层
    非常不错
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.10.15 22:03:17 | 显示全部楼层
    请问,用log2标准化这个参数可以放read counts得到的FC值吗,rpkm不是最好不要用来计算差异表达吗
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    发表于 2016.10.29 23:12:16 | 显示全部楼层
    感谢分享!
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    发表于 2016.10.30 00:29:15 | 显示全部楼层
    感谢感谢
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.10.30 13:56:48 | 显示全部楼层
    谁在用这个软件,做的效果怎么样?
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    发表于 2016.10.30 17:05:43 | 显示全部楼层
    输入源表格文件: 基因表达量表,是基因表达量总表吗还是单个的基因表达量表?趋势表达结果出来后,结合表达量、KECG、Go分类就找到某个基因的表达趋势,可用于real-time PCR验证码?
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    发表于 2016.10.30 17:15:52 | 显示全部楼层
    输入源表格文件中的基因表达量表,是要自己总结整理再传到云平台,才能做趋势分析?
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    发表于 2016.10.30 18:05:45 | 显示全部楼层
    输入源表格文件中的基因表达量表,是要自己总结整理再传到云平台,才能做趋势分析把?基因表达量表在公司给我的数据里对应的是哪个表啊?后缀或名称是什么样的表格啊?
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    2016.12.30 22:15
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    发表于 2016.10.31 15:10:53 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.19 23:10
    1. 背景介绍和原理  我们趋势分析的方法,其实参照一款非常有名软件STEM(Short Time-series Expression Mi ...

    是否有办法找到随着时间推移,表达量没有变化的基因呢?
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    发表于 2016.10.31 21:31:58 | 显示全部楼层
    naturehunger 发表于 2016.10.31 15:10
    是否有办法找到随着时间推移,表达量没有变化的基因呢?

    计算变异系数,然后取变异系数最小的那一部分基因。例如,最小的10%。
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    发表于 2016.11.1 19:59:07 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2016.10.31 21:31
    计算变异系数,然后取变异系数最小的那一部分基因。例如,最小的10%。

    谢谢!你是说把每个基因的变异系数都算出来,然后进行排序,把变异系数排在后面10%的基因当做表达量没有变化的基因list?
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    发表于 2016.11.7 01:41:35 | 显示全部楼层
    [img=6,5][/img]请叫一个问题。我做完多表格合并后,我的目的是要做趋势分析。但多表格合并后结果里出现缺省的行,如图所示   还能做趋势分析吗?是不是要把缺省用0.001代替?
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    发表于 2016.11.7 02:36:02 | 显示全部楼层
    缺省就是在某个时间点没有这个基因的表达
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    发表于 2016.12.23 10:26:44 | 显示全部楼层
    好不容易找到的讲解贴,收藏
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    发表于 2016.12.24 10:37:10 | 显示全部楼层
    讲得很详细了,学习了
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    2017.6.19 09:49
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    发表于 2017.1.4 16:58:57 | 显示全部楼层
    zenglpbio@gmail 发表于 2016.8.19 13:00
    请问可以用log2fold的值吗?
    例如我的时间点是0h, 3h, 6h, 9h。
    文件格式可以如下吗?

    请问的到回复了吗 可以做吗
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  • TA的每日心情

    2017.2.10 11:07
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    发表于 2017.2.15 10:00:08 | 显示全部楼层
    你好,我想请教一个问题:
    最近我也在用STEM,也看了STEM的manual,其中它说对于Repeat Data Files 中的 The same time period 参数的解释是取平均值再比值log2,但我检查了我的数据后发现,其实只是取了中位数再比值log2,不知道我的理解对不对
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    发表于 2017.3.11 21:20:11 | 显示全部楼层
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