为什么二代测序需要考虑GC含量在35-65%

fzyyy · 发表于 2018.3.16 15:04:43

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我是小白，请教论坛大神们，为什么二代测序要考虑GC含量再35-65%，求解答。

fzy · 发表于 2018.3.16 15:19:58

当GC含量大于65%或小于35%时测序难度均会增加（使测序过程中出现偏向性，导致某些区域的覆盖率太低，从而影响后续的拼接和注释），需要构建不同长度测序文库，并通过加大测序量才能够达到组装标准。 ——来自google

jasonVV · 发表于 2018.3.17 07:35:27

fzy 发表于 2018.3.16 15:19
当GC含量大于65%或小于35%时测序难度均会增加（使测序过程中出现偏向性，导致某些区域的覆盖率太低，从而 ...

你俩的ID真有缘哈哈

小圆 · 发表于 2018.3.19 10:34:50

我主要从PCR扩增的角度理解，PCR扩增对最终的测序结果有较大影响，一是在扩增的过程中可能存在偏向性,使得基因不能被均匀地测序，最终导致基因的覆盖度出现偏差；二是PCR反应在GC含量较高的区域容易出现问题,使得测序结果在这一区域产生空白,最终组装时也会将这一区域的两端识别为两个转录本。

三代测序不需要PCR扩增，也不需要考虑GC含量咯~~

西班 · 发表于 2018.4.12 21:15:14

三代测序是什么测序啊？

daipengbo1988 · 发表于 2019.10.30 20:09:30

优秀！

daipengbo1988 · 发表于 2019.11.27 08:34:21

支持楼主一下。

wangyankun · 发表于 2021.1.9 10:38:52

yyn1996 · 发表于 2022.4.13 09:35:42

森淼 · 发表于 2022.4.28 10:18:38

技术影响，35-65才更准确

南苑潇大王 · 发表于 2022.5.30 14:45:05

当GC含量大于65%或小于35%时测序难度均会增加（使测序过程中出现偏向性，导致某些区域的覆盖率太低，从而影响后续的拼接和注释），需要构建不同长度测序文库，并通过加大测序量才能够达到组装标准。 ——来自google

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