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[动植物denovo] 关于同一物种不同发育阶段的SNP分析问题

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中华鲟

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发表于 2016.4.8 10:17:43 | 显示全部楼层 |阅读模式

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     同一物种,两个不同发育阶段的SNP数目不同、涉及的unigenes也不同,请问对其中发生了非同义突变的这些unigenes进行GO、KEGG富集分析有意义么?能说明什么问题?
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发表于 2016.4.8 12:36:14 | 显示全部楼层
这里的SNP,是没有意义的。
因为你的关心的问题是实验处理对个体的影响。而实验处理只会影响基因的表达,而不会让DNA发生变异。
这里的SNP来源于个体本身的遗传背景差异(随机的),和实验处理无关。
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中华鲟

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 楼主| 发表于 2016.4.8 14:55:58 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.8 12:36
这里的SNP,是没有意义的。
因为你的关心的问题是实验处理对个体的影响。而实验处理只会影响基因的表达,而 ...

(⊙o⊙)额
周老师,那如果我把两组中所有涉及氨基酸突变的SNP放在一起分析呢?
后面能说是由于环境压力选择导致某类基因的变异增多么?
哎,在写毕业论文,感觉内容不够,想找点东西凑凑....
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发表于 2016.4.8 16:13:49 | 显示全部楼层
你的意思是,一个人今天受到阳光沐浴,就突变了一点,明天受到雨露沐浴,又突变了一点。一个人活着真不容易,没准哪天就突变成隔壁老王了,啥也说不清楚了···

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基迪奥-周煌凯 + 4 这个解释给力!

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迅猛龙

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发表于 2016.4.8 16:47:08 | 显示全部楼层
SNP数目也会随着发育阶段而改变呀?
新的一天加油!
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中华鲟

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 楼主| 发表于 2016.4.8 17:03:32 | 显示全部楼层
yuzhe891 发表于 2016.4.8 16:13
你的意思是,一个人今天受到阳光沐浴,就突变了一点,明天受到雨露沐浴,又突变了一点。一个人活着真不容易 ...

提取的RNA是一批个体,而不是一个个体啊
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中华鲟

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 楼主| 发表于 2016.4.8 17:05:40 | 显示全部楼层
yuzhe891 发表于 2016.4.8 16:13
你的意思是,一个人今天受到阳光沐浴,就突变了一点,明天受到雨露沐浴,又突变了一点。一个人活着真不容易 ...

http://xueshu.baidu.com/s?wd=pap ... 498047&ie=utf-8
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发表于 2016.4.8 18:07:46 | 显示全部楼层
开挂 发表于 2016.4.8 17:03
提取的RNA是一批个体,而不是一个个体啊

你哥和你,谁沐浴成隔壁老王,你父母都不干啊!
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发表于 2016.4.8 18:27:29 | 显示全部楼层

plos one的水,估计现在也不能这么灌了。
哥们你应该是RNAseq中毒太深了吧。
首先,RNA水平的SNP,虽然从理论上来讲,call call无伤大雅,但是大牛们可都不太认可啊,RNA水平的SNP一般基本不再往下深究了,否则打自己脸了。
其次,文章里的那些比较,都是基于他们由于转录本不同导致的SNP的检出差别,数目啊基因啊不一样和SNP基本上半毛钱关系木有。
最后,想凑啥就凑啥吧,祝你顺利毕业!

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话糙理不糙。RNA-seq call SNP的假阳性往往大于50%。  发表于 2016.4.8 23:33
哈哈
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发表于 2016.4.8 23:36:33 | 显示全部楼层
yuzhe891 发表于 2016.4.8 18:27
plos one的水,估计现在也不能这么灌了。
哥们你应该是RNAseq中毒太深了吧。
首先,RNA水平的SNP,虽然从 ...

的确,RNA-seq call SNP的假阳性率非常高,所以发毕业论文凑个篇幅还好,发SCI就不靠谱了。关键是call SNP无法解释,你想说明什么问题? 选择压力?那还是算了。实验处理不会在短期内产生 如此多变异。
新的一天加油!
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发表于 2016.4.9 17:24:18 | 显示全部楼层
一般不建议通过RNA-seq数据找SNV,特别是不同发育时期的这种,突变不会在短时期能就形成的,这种纯粹是为了充数
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中华鲟

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 楼主| 发表于 2016.4.11 10:31:06 | 显示全部楼层
yuzhe891 发表于 2016.4.8 18:07
你哥和你,谁沐浴成隔壁老王,你父母都不干啊!

你妹哦,有才华也不能这么说话任性啊!
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中华鲟

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 楼主| 发表于 2016.4.11 10:31:42 | 显示全部楼层
yuzhe891 发表于 2016.4.8 18:27
plos one的水,估计现在也不能这么灌了。
哥们你应该是RNAseq中毒太深了吧。
首先,RNA水平的SNP,虽然从 ...

意思我懂了,多谢!
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中华鲟

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 楼主| 发表于 2016.4.11 10:33:56 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.8 23:36
的确,RNA-seq call SNP的假阳性率非常高,所以发毕业论文凑个篇幅还好,发SCI就不靠谱了。关键是call SN ...

还是周老师说话文雅!!
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发表于 2016.4.11 11:05:15 来自手机 | 显示全部楼层
开挂 发表于 2016.4.11 10:31
你妹哦,有才华也不能这么说话任性啊!

嗯嗯,我公开承认错误!
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发表于 2016.4.11 11:58:20 | 显示全部楼层
yuzhe891 发表于 2016.4.11 11:05
嗯嗯,我公开承认错误!

大家都是为了学习进步嘛,偶尔有思想碰撞比较激动也是可以理解的。都多多包涵
新的一天加油!
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中华鲟

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 楼主| 发表于 2016.4.11 20:02:29 | 显示全部楼层
yuzhe891 发表于 2016.4.11 11:05
嗯嗯,我公开承认错误!

言重了...
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钵水母

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发表于 2016.4.12 15:09:04 | 显示全部楼层
好贴,必须好好学习,长见识了,这么高大上的知识点不能错过
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帝王蝶

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发表于 2016.4.12 20:59:53 | 显示全部楼层
相互交流,大家共同进步
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钵水母

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发表于 2016.4.23 16:12:01 | 显示全部楼层
这个知识点学到了! 好贴。
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