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[动植物重测序] 基因组重测序怎么做NJ树?

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    发表于 2016.4.7 22:42:12 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    基于重测序call的SNP首先转换成类似fasta的假序列格式,然后用clusterX转换成phylip的输入格式,用phylip计算遗传距离,构树,最后生成ourtree文件,接下来用什么软件将结果展示成漂亮的有颜色的发射状图呢?求助
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    发表于 2016.4.7 22:46:26 | 显示全部楼层
    ourtree 文件是可以导入mega的。如果要进一步美化,可以将mega的结果导入到在线进化树绘制网站:http://itol.embl.de/
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     楼主| 发表于 2016.4.7 22:54:59 | 显示全部楼层
    EL2:0.00250):0.00000):0.00002,(WZ32:0.00126,
    为什么我做的树不是100为单位,而是0呢?
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    发表于 2016.4.8 02:05:26 | 显示全部楼层
    雪纷飞712 发表于 2016.4.7 22:54
    EL2:0.00250):0.00000):0.00002,(WZ32:0.00126,
    为什么我做的树不是100为单位,而是0呢? ...

    把树文件传上来看看。
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     楼主| 发表于 2016.4.12 09:10:59 | 显示全部楼层
    这是seqboot的报错,在做phylip输入文件的时候还要比对吗?ERROR: sequences out of alignment at site 19699624 of species 2
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    发表于 2016.4.13 17:36:11 | 显示全部楼层
    雪纷飞712 发表于 2016.4.12 09:10
    这是seqboot的报错,在做phylip输入文件的时候还要比对吗?ERROR: sequences out of alignment at site 196 ...

    phylip的输入文件应该是比对后对齐的。你SNP的假序列没有对齐吧。philip的结果才是可以使用mega可视化。
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     楼主| 发表于 2016.4.21 11:56:31 | 显示全部楼层
    我用clusterW比对,文件太大,比对不完啊,求简单的方法比对好,谢谢啦
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    发表于 2016.4.21 15:46:21 | 显示全部楼层
    你从各个样本的SNP位点提取一致性序列,根本就不需要聚类啊。换句话说,群体样本中SNP位点的基因型提取出来,因为所有样本的位点数是相同的,所以不需要多序列聚类就已经是对齐的了。你是不是文件提取有问题?
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    发表于 2016.4.21 15:49:20 | 显示全部楼层
    你把 phylip 的输出文件用附件发出来看看。
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    2018.12.7 09:06
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    发表于 2018.5.7 18:59:42 | 显示全部楼层
    我也想学啊
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