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一篇RNA测序文章，你需要画哪些图？
比如我们完成RNA测序后，判断数据是否可靠，一般的文章的常用做法都有两种，①重复样本的重复性；②样本关系是否符合预期。
通常的做法是，重复样本的重复性用散点图来体现，样本关系是否符合预期用PCA聚类及热图来实现。
其实，散点图与PCA、热图可以说是生物信息分析图的老三样儿啊！ 所以，画一个漂亮的散点图、热图是我们的必备技能啊啊啊啊。
比如这个散点图 （图左）重复性较差的两个重复样本，点分布较离散，相关系数较低。 （图右）重复性较好的两个重复样本，点分布集中在对角线，相关系数高。
然后PCA图也是SCI必备 PCA图可以直观表现样本聚类关系（与预期是否一致），也可以发现异常样本（离群样本)，必要时把离群样本舍去再做后续分析。
热图 在文章中太普遍了，所以会画热图也是一个科研人员的必备素养有木有。 颜色代表表达量高低，直观展示某类基因的整体表达模式特点
另一方面，很多老师对RNA测序的后续差异性分析有着强大需求。 但差异统计的常用图形你会画吗。
条形图 比较简单，不多说。
频率直方图 理想状态下，所有基因的差异倍数，接近标准正态分布（图左） 差异巨大的样本间或受外源RNA污染的样本，差异倍数分布可能会出现偏离（图右真是不能忍）
唯恩图
直观展示不同基因集的交集和并集。
当然还有更漂亮的维恩图 这个维恩图在基迪奥生物信息小工具网站上也有。
还有盒形图 展示若干组值（例如不同基因家族差异表达倍数）的均值，四分位数和分布情况。利用盒形图，可以直观展现某组值（某转录组因子，某些人群）的均值和分布不同于其他值。
这些图很基本，但用来发文章又很实用。那么问题来了，这些图怎么画的？我都不会啊。呵呵哒，近期我们将推出新的生物工具云平台，敬请关注~
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发表于 2016.3.16 22:24:55
置顶卡
千斤顶
发表于 2016.3.17 15:47:28
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发表于 2016.3.17 18:07:38
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听说过你们要推在线分析平台了，waiting~
楼主
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发表于 2016.4.9 16:03:27
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