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[软件使用] 干货|自已如何在线做LEfSe分析?

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  • TA的每日心情

    2017.11.10 13:58
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    发表于 2017.8.8 10:52:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
    LEfSe分析,可以分析组间菌群差异,可以找出各组间特异的主要菌群,有助于开发biomaker等研究。其实我们自己也可以进行Lefse分析,只需要按照要求整理好相应的表格即可,下文是具体步骤及示例数据,大家可以自行进行尝试。

    数据准备
    输入文件环境样本丰度表,处理的格式如下图所示:



    数据摘抄于网上。
    第一行:以氧含量区分的名字
    第二行:以组织部位的样本名字
    第三行:代表编号
    第四行:是分类水平的最高级,依次往下推,不断的增加分类水平,不同的分类水平需要用|隔开
    注:第一行:就是以分析完成后的样本名称(所有),第二行:分组别(将重复合成一组)

    在线分析平台

    登陆网址:http://huttenhower.sph.harvard.e ... d=PICRUSt_normalize

    网站界面如下图:



    该网站可以进行16s一些分析,具体的分析工具如上图的右手边所示,相当是一个云平台。具体操作步骤

    1. 上传需要分析的数据

    点击Get Data。



    这里有各种上传数据的方式,可以从本地电脑上传,也可以从UCSC网上直接下载等,现在我们需要从本地电脑上传因此点击Upload File 。



    在加载本地数据的时候要注意本地数据的格式,一般16s分析丰度表都是以table键来分割的,因此可以选择格式为tabular,当上传完 本地数据,开始就可以点击Execute网页就开始运行,也会看到如下界面:



    只有等到右边图画的那块数据变成绿色后说明你的数据已经上传完成,可以对你的数据进行编辑和修改。

    2. 进行LEfSe分析

    当点击LEfSe后出现如下菜单,有六个选项,分别为:



    因此可以依次点击A,B,C,D,E,F按钮,进行依次数据的处理和分析。

    A、当点击A时:



    可以根据上面的提示进行参数的设计,一般需要设定是class(数据准备第一行),和subclass(数据准备第二行),其它都可以采用默认参数。分析如下图。



    右手边就是提示已经做了什么分析,可以点击眼睛的图标就可以看到数据的具体结构。

    B、LDA分析

    点击B) LDA Effect Size (LEfSe) 就会对数据进行在线的LDA分析,如下图:



    同样可以进行参数的修改,主要是修改p值(默认的是0.05)。

    计算的结果可以在右手边的工具栏查找,如下图:



    点击可以查看数据LDA计算的结果,做到这一步整个分析已经算是完成了,以下就是对结果进行图像的展示。

    C、图形展示LEfSe分析结果



    可以根据需求对展示图片进行设置,主要是像素和图片格式,分析结果同样可以在网页的右边显示,结果如下:



    可以将结果进行保存。



    不同样本中biomaker的LDA情况。

    D、绘制 Cladogram 图

    点击 Plot Cladogram 出现的页面如下:



    同样可以设置不同的参数,主要是图片像素和格式。结果如下:




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    发表于 2017.8.9 18:25:09 | 显示全部楼层
    干货,赞!
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  • TA的每日心情

    2018.4.29 15:03
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    发表于 2017.8.9 21:24:57 | 显示全部楼层
    为啥我上传的文件会提示找不到可用作分组的行,后面的图片是我上传的数据,求解答!

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    发表于 2017.8.15 10:34:34 | 显示全部楼层
    已经学会,感谢平台,后续需要分析的小伙伴可以联系我
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  • TA的每日心情

    2019.3.19 23:20
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    发表于 2018.1.24 10:12:11 | 显示全部楼层
    有谁知道,为什么我在线上传数据的时候,会出现Failed: Gateway Time-out (504)错误的?有人知道怎么处理吗
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    发表于 2018.3.22 17:32:06 | 显示全部楼层
    jinxing 发表于 2017.8.9 21:24
    为啥我上传的文件会提示找不到可用作分组的行,后面的图片是我上传的数据,求解答!
    ...

    请问是怎么处理的,我的也是一直碰到这个情况
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  • TA的每日心情
    好棒
    2 小时前
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    发表于 2018.10.22 15:18:17 | 显示全部楼层
    为什么最近每次上传完数据,开始第一步,就显示:
    “Traceback (most recent call last):
      File "/shed_tools/testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/george-weingart/lefse/a6284ef17bf3/lefse/format_input.py", line 435, in <module>
        feats = numerical_values(feats,params['norm_v'])”
    之前还做成功过。
    我上传的表格已经清除了所有的空格,用“_”代替
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  • TA的每日心情

    2017.8.16 20:16
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    发表于 2019.2.9 22:02:20 | 显示全部楼层
    小蓝僧 发表于 2018.10.22 15:18
    为什么最近每次上传完数据,开始第一步,就显示:
    “Traceback (most recent call last):
      File "/shed_to ...

    同问!后来您怎么解决的?
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  • TA的每日心情
    好棒
    2 小时前
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    发表于 2019.2.11 22:47:25 | 显示全部楼层
    飞飞 发表于 2019.2.9 22:02
    同问!后来您怎么解决的?

    没解决,后来没再分析。
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