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按条件筛选出的差异蛋白,怎么进行下一步分析?

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草履虫

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发表于 2017.6.27 10:48:08 | 显示全部楼层 |阅读模式

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上下调蛋白都已找出来,对于这些蛋白,怎么跟块茎形成关联起来,我怎么可以找到这些蛋白在块茎形成中的作用
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草履虫

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发表于 2017.6.27 17:10:11 | 显示全部楼层
这个关联就看你的生物学意义啊,比如上调基因有没有细胞分裂,与细胞生长、增殖和分化有关的信号转导途径有没有响应,这个需要你自己去挖掘
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草履虫

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 楼主| 发表于 2017.6.28 09:36:38 | 显示全部楼层
我现在是一个一个蛋白,查相关文献,找与块茎形成的关系,太多了,还找不到,一团糟
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草履虫

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发表于 2017.6.30 15:43:42 | 显示全部楼层
不知道有没有找到好方法啊,我现在也是一团糟
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迅猛龙

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发表于 2017.7.4 10:10:28 | 显示全部楼层
同意一楼,首先做GO富集分析和KEGG富集分析,关注其中显著富集到的term和pathway,估计也比较多,十几条左右,然后就要拿出生物学意义这一条了,两者结合,选择特定的pathway和蛋白再深入分析
新的一天加油!
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草履虫

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 楼主| 发表于 2017.7.4 15:53:56 | 显示全部楼层
qinyuan 发表于 2017.7.4 10:10
同意一楼,首先做GO富集分析和KEGG富集分析,关注其中显著富集到的term和pathway,估计也比较多,十几条左 ...

谢谢
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钵水母

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发表于 2017.8.25 13:49:58 | 显示全部楼层
可以通过GO注释,或者自己意义查unipro,了解这些蛋白的基本功能,进行分类,然后从与要研究的生物学意义最接近的那类蛋白质开始(或者激酶类),一个个的查文献,在查文献的过程中,关注与你查的蛋白质相关的其他蛋白质,同时看一下那些相关蛋白质是否被你鉴定到,这样一步一步的把零散的节点构建出一个网络,推测假说,最后进行实验验证。
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钵水母

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发表于 2017.11.24 12:15:37 来自手机 | 显示全部楼层
楼主你好,我也做蛋白质组的分析,目前也在做差异蛋白的下一步分析,可以加QQ交流吗?我的QQ1245240840,谢谢
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钵水母

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发表于 2017.11.25 20:18:18 | 显示全部楼层
qinyuan 发表于 2017.7.4 10:10
同意一楼,首先做GO富集分析和KEGG富集分析,关注其中显著富集到的term和pathway,估计也比较多,十几条左 ...

请问你们的差异蛋白的表格跟GO KEGG 注释的结果是否在同一个Excel表格里面?
公司给我的差异蛋白的表格和GO KEGG注释的结果分别在不同的EXCEL表格里面,现在分析特别不方便,比如我在差异蛋白的表里面看到了一个蛋白上调,是我比较感兴趣的,我还要再分别去GO 和KEGG 的表格里面一一查找,但这样我觉得工作量特别大,不知道您们有没有什么好的方法呀,求赐教,非常感谢。
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迅猛龙

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发表于 2017.11.26 09:40:15 | 显示全部楼层
dhh2016102102 发表于 2017.11.25 20:18
请问你们的差异蛋白的表格跟GO KEGG 注释的结果是否在同一个Excel表格里面?
公司给我的差异蛋白的表格和 ...

利用云平台的表格筛选工具,可以批量调取你想要的数据。
新的一天加油!
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钵水母

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发表于 2017.11.27 14:53:00 | 显示全部楼层
qinyuan 发表于 2017.11.26 09:40
利用云平台的表格筛选工具,可以批量调取你想要的数据。

好的,多谢了。
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钵水母

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发表于 2019.6.4 20:24:03 | 显示全部楼层
qinyuan 发表于 2017.7.4 10:10
同意一楼,首先做GO富集分析和KEGG富集分析,关注其中显著富集到的term和pathway,估计也比较多,十几条左 ...

请问,微生物的蛋白组可以用什么平台做GO和KEGG富集分析,微生物不像人类那样,很多平台都没办法做分析
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中华鲟

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发表于 2019.11.5 08:58:23 | 显示全部楼层
感谢楼主分享
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草履虫

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发表于 3 天前 | 显示全部楼层
请问一下,我现在得到了差异蛋白的id了,我能用蛋白的id对应的基因id去做富集分析吗?这种蛋白id做KEGG和GO富集分析是用的那种方法做的呢?
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