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5月OmicShare在线课堂安排

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发表于 2017.5.4 16:18:34 | 显示全部楼层 |阅读模式
5月份,OmicShare在线课堂将举办四期,每周四下午约定你~~具体课程安排见下图:




第32期OmicShare课堂:DNA甲基化与多组学贯穿分析

2017年5月4日 下午4点
                                                      报名地址:立即报名



在上一期的培训中,我们给大家介绍了5mC DNA甲基化的形成机制和高通量检测方法。在这一期的课程中,我们就要真真正正地介绍5mC 甲基化在生物体内是如何起到调控作用了。

尽管DNA甲基化是一种普遍存在,是发现最早的DNA修饰机制。大家对其功能多少都有所耳闻,例如,启动子区的DNA甲基化通常会抑制基因转录。但DNA甲基化的功能又不是如此简单,大家对其功能的了解多多少少是片面的。

例如,DNA甲基化一般不是直接抑制基因转录,而是强化已有的转录抑制。DNA甲基化一般不会单独起作用,而是总是伴随组蛋白修饰的变化,共同调控染色体的结构。发生在编码区的DNA甲基化,并不一定会抑制基因表达,而是可能会促进转录本的延伸或调控可变剪切。


图1 DNA甲基化与其他组学的互作

以上这些DNA甲基化的功能,本质上都离不开其与他组学(组蛋白、小RNA、转录组)的互作。因为DNA甲基化参与机体调控的多样性,我们甚至可以认为DNA甲基化是中心法则其外的另外一个中心(图1)。第32期OmicShare在线课堂,我们将从以下两个方面开展讲解:

1. DNA甲基化与其他组学互作的生物学机理;
    a)DNA甲基化与组蛋白(H3K4me3、H3K27me3等)的互作
    b)DNA甲基化对转录的调控作用
    c)DNA甲基化与小RNA的互作

2. DNA甲基化与多组学贯穿分析       
    a)常见分析思路;      
    b)图形呈现方法;

第33期OmicShare在线课堂:微生物基因组研究之群体研究策略

   交流时间:2017年5月11日 下午4点
                                                      报名地址:立即报名




基因组研究主要关注于物种进化、基因功能以及变异信息等,微生物基因组研究也不例外。微生物基因组一般很小,从几十K到几百M不等,但它们基因组的利用率极高,以大多数细菌为例,它们的利用率能够达到90%以上。因此与高等真核生物基因组研究相比,微生物基因组研究价格更为便宜,而研究内容却更为高效。
与此同时,微生物具有多个自己的特点,包括:
1.碱基变异速度极快,就算同种之间基因组差异也可达到30%。
2.生活环境多样,例如古细菌等,能够生活在高温、高盐等极端地区。
3.数量巨大、与人类和环境关系密切。
4.种类丰富,物种类型繁多。

这些特点,使微生物基因组不单是一个包含重要进化信息的历史库,同时也是一个蕴含多种未知基因的工具库,这些特点使它们在引领基础生物学研究和指导生产应用上有着重要意义。



关于微生物基因组研究,我们往往只知道可应用的测序技术有2代和3代,也知道基因组的分析会有组分分析、功能注释和进化分析等。但实际项目中,会有很多不知道如何利用基因组测序结果来构建一篇文章。

本次微生物基因组研究专题中,我们主要分为两期,以细菌、真菌为切入点,重点介绍微生物基因组测序之后,如何进行分析以及如何整理发文章思路。

1.微生物基因组研究——群体研究策略
1)基因组分析主要内容介绍;
2)基因组数据挖掘及研究思路探讨;
3)经典案例解读


第34期OmicShare在线课堂:代谢组在疾病研究方面的应用

   交流时间:2017年5月18日 下午4点
                                                      报名地址:立即报名


代谢组是指生物体在某一特定时空内产生的参与生物体新陈代谢、维持生物体生命活动的所有内源性小分子化合物,包括糖类、氨基酸、脂质等初级代谢物和酚类、萜类、含氮化合物等次级代谢物。与基因组、转录组和蛋白组相比,代谢组反映的是某一时刻下正在发生的生命活动,能直接体现环境变化或生理病理变化对机体产生的影响。因此研究代谢物的含量变化、代谢物与生理病理变化间的关系,能够帮助寻找疾病生物标记物、研究疾病致病机理、应用于疾病的早期诊断、个性化治疗、药物靶点筛选、药物疗效与毒性评价等医学研究的各个领域。

本课程我们将为您介绍代谢组在医学研究中的应用,包括以下几点内容:

1.通过文献案例说明代谢组在疾病研究方面的应用。主要包括医学代谢组和药物代谢组:


2.代谢组实验设计
1)明确实验目的:
根据实验目的设置实验比较组、确定样本类型和取样部位、生物学重复数目、需要检测哪些物质
2)选择合适的检测平台与方法:
根据实验目的选择平台(NMR、GC、LC)与检测方法(普筛、靶向)
3)选择合适的分析方案:
单一的物质定性定量、还是需要筛选差异代谢物、代谢通路分析、或者多组学关联分析


第35期OmicShare在线课堂:环状RNA翻译模式介绍

   交流时间:2017年5月25日 下午4点
                                                      报名地址:立即报名




随着环状RNA研究的不断发展,我们对环状RNA功能的认识已经从早期的“暗物质”,到前几年“miRNA海绵吸附”和转录调控,再到如今很热的蛋白编码。环状RNA翻译功能的发现并不是横空出世的,对其研究也有一个过程或阶段。在生物信息学和NGS技术推动下,更是从外源性人工合成小环状RNA的表达研究,转变为内源性核糖体相关环状RNA(ribo-circRNA)的高通量预测和功能验证研究。



图1. 环状RNA翻译的几种模式

本期Omicshare在线课堂,将与大家分享环状RNA编码的相关内容,主要从以下几点进行交流:

1. 环状RNA翻译研究介绍
    1) 滚环扩增翻译模式(RCA);
    2) IRSE介导的环状RNA翻译;
    3) 非IRSE介导的环状RNA翻译;
    4) 真核生物中m6A修饰的环状RNA翻译

2.结合文献解读讨论,环状RNA翻译的论证方法总结
    1) 生物信息学:阅读框预测,IRSE预测,核糖体印记(RFP)挖掘ribo-circRNAs等方法
    2)  功能学:
        a) 外源性(Minigene,3 × Flag标签,报告基因);
        b) 内源性(翻译产物的Western blot,过表达和敲低/敲除,质谱鉴定,多核糖体谱)

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突出贡献优秀版主论坛元老


发表于 2017.5.4 17:36:38 | 显示全部楼层
赞赞赞。。。虽然每次我都只能看录播。。。
哈哈哈
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迅猛龙

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发表于 2017.5.5 08:30:25 | 显示全部楼层
多好的安排,计划全参加!
早上好!
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发表于 2017.5.7 19:35:17 | 显示全部楼层
。。。。。。
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迅猛龙

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中华鲟

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发表于 2017.5.8 13:24:06 | 显示全部楼层
等待 和希望
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中华鲟

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发表于 2017.5.8 15:17:13 | 显示全部楼层
不错不错,有用
早上好
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钵水母

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帝王蝶

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发表于 2017.5.9 08:36:07 | 显示全部楼层
有录播吗?错过直播了
加油
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迅猛龙

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帝王蝶

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发表于 2017.5.9 09:57:17 | 显示全部楼层
特别好的平台,传播知识,让生信不在神秘,希望能越办越好
加油加油
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迅猛龙

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发表于 2017.5.9 10:16:58 | 显示全部楼层
zuo 发表于 2017.5.9 08:36
有录播吗?错过直播了

每一期都会录视频的,然后放在对应的帖子里,以后可以无限次看。
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发表于 2017.5.10 16:42:06 | 显示全部楼层
这个好,我喜欢这个
不用回家了
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钵水母

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发表于 2017.5.19 13:07:44 | 显示全部楼层
良心课程!
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钵水母

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发表于 2020.9.23 05:31:25 | 显示全部楼层
Thank you, very much.
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钵水母

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发表于 2021.4.4 20:35:06 | 显示全部楼层
可以学到很多只是哦
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