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[lncRNA] 为什么lncRNA测序要链特异性文库?

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推广达人宣传达人论坛元老


发表于 2016.8.1 10:59:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
                                                                        
在做lncRNA测序的时候,很多老师会跟我们纠结到底要不要链特异性文库的问题。之所以纠结是因为链与不链,价格是有区别的。从我们技术的专业角度看,完全没有必要纠结,如果你想要得到准确的数据来做分析,就应该果断链特异性(况且也没差几块钱)那为什么要链特异性文库呢?技术咖是这样说的:

链特异性文库链特异性文库是指在构建测序文库时,利用Illumina高保真Taq酶将mRNA链的方向信息保存到测序文库中。就是在合成第一链的时候,用了尿嘧啶U,然后后面又用UDG把这条U链给处理了。测序后的数据分析可确定转录本是来自正义还是反义DNA链。与普通文库相比,它更能准确地统计转录本的数量和确定基因的结构,准确区分出来得到的转录本是来自基因组的哪条链。目前被广泛地应用于研究基因结构和基因表达调控等领域范围。

具体流程


技术优势精确度高:文库制备和测序过程中保留了RNA方向信息,有效数据增多,从而使基因表达定量更加准确。与基因组和参考基因组的比对结果,其链特异的结果均相近或稍高于非特异性结果。丰富度高:准确区分出来得到的转录本是来自基因组的哪条链。获得更多转录本相关信息,进行鉴定分析。

那么乃们可能要问了,为什么要区分转录本来自哪条链呢?



上图的lncRNA来源就是编码蛋白(mRNA)基因的反义链,是传说中的天然反义lncRNA(NAT-antisense LncRNA )。如果做普通文库,测序得到的这段序列是mRNA还是对应的NAT-antisense LncRNA,傻傻都分不清了。

可能有人又问,那对于其他类型的lncRNA是否就没影响了呢,我做普通文库,只关注其他的lncRNA不行了么,比如lincRNA(基因间区的lncRNA)?

答案也是NO!道理是一样的,对于测到的双链序列,如果都没有编码能力,如何判定哪一条是真正转录的,即真正的lncRNA的序列呢?
所以经过上面的阐述,即使链特异性文库价格会稍贵(其实也没贵几块钱),但你还有什么理由不链特异性文库呢?




                    

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钵水母

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发表于 2016.8.1 11:03:01 | 显示全部楼层
那非链特异性的RNA-seq测序感觉就像是一个过渡产品,为了烘托出链特异性测序的好处,都是套路么。。。。
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迅猛龙

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发表于 2016.8.1 15:26:31 | 显示全部楼层
知道啦
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帝王蝶

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发表于 2016.8.1 16:18:39 | 显示全部楼层
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迅猛龙

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发表于 2016.8.24 09:02:19 | 显示全部楼层
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钵水母

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钵水母

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发表于 2018.11.13 15:54:03 | 显示全部楼层
还是不太懂
迷茫
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草履虫

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发表于 2020.10.27 18:13:42 | 显示全部楼层
就是在合成第二条链。。。(第二段第二句)。图文矛盾,不过笔者你这一操作加深了我的印象
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